Met veel tamtam hebben 22 ‘experts’ een verzoek ingediend om het eerste wetenschappelijke artikel waarin een PCR-test voor het coronavirus wordt voorgesteld in te trekken. Volgens dit clubje, aangevoerd door moleculair bioloog en creationist Pieter Borger, is er van alles mis met deze test. Die test is ontworpen door internationaal vooraanstaande wetenschappers als Christian Drosten en “onze” Marion Koopmans. Dus om aan te tonen dat ie niet deugt zul je met je argumenten van goeden huize moeten komen, maar dat valt hier nogal tegen.
De aandachttrekkerij voor hun actie die op sociale media al geruime tijd aan de gang was voor het daadwerkelijk indienen van hun ‘retraction paper’ heeft in zoverre succes dat het Russische propagandakanaal RT het heeft opgepikt en FvD Tweedekamerlid Wybren van Haga er kamervragen over heeft gesteld. Het Reformatorisch Dagblad, waarin Borger met enige regelmaat creationistische stukjes publiceerde, besteedde er ook aandacht aan, maar niet op een manier waar hij op gerekend had: “PCR-test overleeft stortvloed aan kritiek“. Volgens Borger had de journalist hem er achter de rug van de wetenschapsredactie om ingeluisd.
De kritiek op de ‘Corman-Drosten paper‘ (Victor Corman is de eerste auteur van het artikel) is vrij technisch van aard en voor iemand die geen expertise op het gebied van PCR in huis heeft, vaak lastig op waarde in te schatten. Ik heb die kennis zeker niet, dus zal me bescheiden opstellen. De club van 22 wordt door Borger onomwonden wel als experts voorgesteld (zie zijn tweet hierboven), terwijl dat duidelijk maar hooguit voor enkelen van hen opgaat. Een ondertekenaar, de Nederlandse kwaadsprekende neuroloog Jan Bonte, geeft het ruiterlijk toe op Twitter:
Aan het slot van dit stuk zal ik nog wat namen laten passeren van de lijst, zoals ik ook op Twitter al deed. Kritiek van (veelal anonieme) tweeps op dat commentaar is dat ik angstvalig zou vermijden op de inhoud van de kritiek van Borger c.s. in te gaan. Dat is aantoonbare onzin, maar een blog als deze leent zich wat beter om mijn opmerkingen op een rijtje te zetten.
Kritiek op Corman-Drosten et al. Eurosurveillance 2020
In het retraction paper (waarvoor ze een eigen website hebben ingericht [gearchiveerde kopie]) staan 10 punten van kritiek, ‘major scientific flaws’ in hun woorden. Die variëren van wobbly primers en problemen met annealing temperatures tot het ontbreken van een voorgeschreven afbreekpunt voor het aantal cycles. Het voert te ver om hier in detail uit te leggen hoe zo’n RT-qPCR test precies werkt, lees dat maar na op Wikipedia en lees bijvoorbeeld een interessant draadje van de Australische viroloog Ian Mackay op Twitter die uitlegt hoe je de procedure nu in de praktijk uitvoert.
Veel van de punten van kritiek komen er op neer dat de primers en probes die in het Corman-Drosten artikel worden voorgesteld niet goed gekozen zouden zijn. Het zijn juist die elementen die in de test (delen) van het rna van het coronavirus moeten herkennen en vermenigvuldigen en rna van andere bronnen links moeten laten liggen. Volgens Borger is de test ‘volledig aspecifiek’:
Dat de patiënten in de ziekenhuizen en op de IC’s met Covid-19 eigenlijk griep zouden hebben, is wat vreemd, gegeven het feit dat griep helemaal niet rondgaat op het moment zoals uit de NIVEL surveillance valt op te maken. Dat de Covid test zo aspecifiek zou zijn dat die ook bij influenza positief kan uitslaan, bedoelt Borger volgens mij ook weer niet.
In een eerder stuk op LinkedIn maakte Borger er wel een punt van dat de Corman-Drosten test ook positief uitslaat bij SARS-CoV (het SARS-virus dat in 2002/2003 opdook) en enkele andere (vleermuis)coronavirussen. Waarom dat precies een probleem zou zijn, kon hij mij toen niet uitleggen (screenshot van deel van de discussie, kort hierna werd Borgers LinkedIn-account verwijderd). De test is juist speciaal zo ontworpen dat hij ook positief is bij SARS-CoV, want materiaal van dat virusmateriaal was makkelijk verkrijgbaar voor laboratoria en kon dus als positieve controle gebruikt worden. Fout positieven levert het niet op aangezien dat virus niet meer is aangetroffen bij mensen sinds 2003, en die vleermuisvirussen natuurlijk ook niet. Drosten legde dat ook al eerder dit jaar helder uit in de media:
Andere risico’s op vals positieven?
Een van de primers zou ook precies matchen met een bacterie, Pantoea agglomerans. Die zou je kunnen aantreffen bij personen met een niet goed functionerend immuunsysteem. Is dat dan iets om je zorgen over te maken? Dat lijkt me niet. Als je opzoekt hoe dat zit met die bacterie kom je er al snel achter dat het gaat om een bacterie die bij planten voorkomt. Als je je bijvoorbeeld prikt aan een besmette plant, zou je een lokale infectie kunnen oplopen. Met een slecht functionerend immuunsysteem kan zo’n infectie uit de hand lopen en zelfs tot sepsis lijden. Dit komt echter zelden voor. En voor je de bacterie in neus of keel aantreft, is het met de persoon in kwestie waarschijnlijk al ernstig gesteld [*], zo iemand gaat niet voor een coronatest naar de teststraat.
Nog een probleempje: sommige primers zouden deels op elkaar kunnen plakken. Theoretisch vast ongewenst, maar levert het in de praktijk ook problemen op? Als ik de volgende paragraaf lees in het artikel van Corman, Drosten e.a., dan lijkt me dat ze dat getest hebben en uitgesloten als probleem:
Maar goed, zoals al gezegd, ik ben geen expert op dit gebied. Wat ik er wel uit opmaak is dat eigenlijk al dit soort kritiekpunten erop neerkomen dat de specificiteit van de Corman-Drosten test niet zo hoog zou zijn. Dat zou dan betekenen dat je veel vals positieven vindt. Dat is echter niet zo, zie daarvoor bijvoorbeeld een blog van de eerdere vermelde Mackay: The “false-positive PCR” problem is not a problem.
Een belangrijke makke van het ‘retraction report’ is het ontbreken van elk experimenteel bewijs dat de aangedragen theoretische bezwaren in de praktijk ook echt vals positieven veroorzaken.
‘Unieke vingerafdruk’ – Borgers creationisme sijpelt door?
Ook in het retraction report staat de ‘vondst’ van Borger dat SARS-CoV-2 een verzwakte variant van SARS-CoV zou zijn. Hij schreef dat al in het voorjaar op in een artikeltje in de American Journal of Biomedical Science & Research. Klinkt indrukwekkend, maar het blijkt een predatory journal. Grappig detail: omstreeks dezelfde tijd als dat de journal Borgers stuk publiceerde, accepteerden ze ook een artikel dat zo duidelijk fake was dat het door geen enkele serieuze peer review heen zou kunnen slippen.
Borger meent als eerste gezien te hebben dat in het rna van het huidige coronavirus een reeks codons (setje van 3 baseparen dat voor een eiwit codeert) voorkomt die haast gelijk is aan de overeenkomstige reeks in het SARS virus van 2003, en die zou uniek zijn. Voor Borger het bewijs (naast zijn verkeerde veronderstelling dat SARS en Covid-19 beide goed met chloroquine behandeld kunnen worden), dat het eigenlijk om dezelfde virussen en ziektes gaat. Het huidige coronavirus zou een afgezwakte variant zijn van SARS-CoV, minder dodelijk inmiddels, maar wel makkelijker verspreidbaar.
Het gaat in SARS-CoV om de eiwitreeks KTFPPTEPKKDKKKKTDEAQ. Nu is zo’n reeks sowieso al wat variabel, de afzonderlijke eiwitten kunnen door meerdere codons gecodeerd worden, Lysine (K) bijvoorbeeld door AAA en AAG. Borger haalt een Science artikel uit 2003 aan, waarin staat dat deze reeks uniek is voor SARS-CoV. Het is echter duidelijk dat je dat moet lezen als ‘we hebben het nog nergens anders aangetroffen’. Wie nu in de databases zoekt op die reeks komt erachter dat de reeks inmiddels in coronavirussen van diverse vleermuissoorten is aangetroffen en ook bij civetten. Daarmee valt het verhaal van Borger al grotendeels in duigen, maar er is ook onderzoek dat laat zien dat de evolutionaire ontwikkelingen die tot de twee virussen heeft geleid vanaf een gemeenschappelijke voorganger al aardig lang geleden uit elkaar zijn gaan lopen. Gepubliceerd in Nature Micriobiology, dus daar mogen we toch wel iets meer gewicht aan hechten dan aan Borgers publicatie in zo’n ‘u-betaalt-wij-publiceren’- tijdschrift.
Het ideetje van Borger paste denk ik iets te mooi in zijn versie van het creationisme om het te laten liggen. Gaat mij hier te ver om dat uit te diepen, maar als de lezer daar meer van wil weten, kan ik de uitvoerige bespreking van Bart Klink van Borgers boek Terug naar de oorsprong, of hoe de nieuwe biologie het tijdperk van Darwin beëindigt waarin het ook gaat over rna-virussen, van harte aanraden: De wetenschappelijke dwaalwegen van een creationistisch bioloog.
De lijst ondertekenaars
Over Borger heb ik het al genoeg gehad, maar wie zijn zijn 21 medestrijders? De lijst ‘lekte’ vroegtijdig uit. De website had pas maandag publiekelijk gemaakt moeten worden, maar iemand deelde al eerder een link, waarna de website beheerder en mede-ondertekenaar, 3D kunstenaar Bobby Malhotra, haastig een wachtwoord op de pagina’s zette. Net te laat om te voorkomen dat iemand die al in webarchieven had opgeslagen. Toen ik daarvan screenshots deelde, betichte Malhothra mij er zelfs van dat ik ze gefotoshopt zou hebben en dreigde nauwelijks verholen mij te gaan hacken. Een lekker heerschap.
Iemand anders die nauw betrokken was bij het schrijven van het rapport is prof. dr. Ulrike Kämmerer, die zich in Duitsland al stevig had geroerd in discussie over de PCR-test, maar bijvoorbeeld ook onzinnige diëten bij kanker promoot. Personen die wat nadrukkelijker als expert worden genoemd zijn die van dr. Michael Yeadon en Kevin McKernan. De eerste was iets belangrijks bij Pfizer (en vertelt onterecht dat de pandemie eigenlijk al over is) en McKernan is iemand die betrokken is geweest bij de ontwikkeling van machines om dna te sequencen. Die weet waarschijnlijk van het clubje nog het beste waar hij het over heeft, maar gaat net als Borger en Malhotra nogal lomp te keer op Twitter tegen o.a. Koopmans en Drosten.
Dan hebben we nog Thomas Binder, een Zwitserse cardioloog, die zich vorig jaar in de picture speelde met complottheorieën over de gifgasaanval in Douma. Rondom corona houdt hij ook nog vol dat er mogelijk een verband is tussen covid-19 en 5g. Eerder dit jaar werd hij enige tijd gedwongen opgenomen in een psychiatrische inrichting.
En bij de Italiaanse ondertekenaars treffen we dr. Stefano Scoglio aan. Een homeopaat, gepromoveerd in de filosofie, die meent dat hij genomineerd is geweest voor de Nobelprijs voor geneeskunde en een van die types is die blijft roepen dat het virus nooit is geïsoleerd.
Vul in de comments hieronder uw eigen bevindingen over deze of anderen van de lijst aan. Er is volgens mij nog genoeg interessants over ze vinden!
Besluit
Wat denken ze eigenlijk te bereiken met hun kritiek op de test? Waarom zou het artikel überhaupt ingetrokken moeten worden als de gekozen primers niet optimaal zijn? Die is immers niet gepresenteerd als de meest optimale test, maar als een test die snel ontworpen is, maar toch heel nuttig kan zijn in het begin van de pandemie. En er zijn inmiddels ook andere tests, met andere primers.
De suggestie die ze willen wekken is dat alle maatregelen die genomen zijn om de verspreiding van het coronavirus te beperken in feite afhangen van deze PCR-test, de eerste die officiële wetenschappelijke erkenning kreeg en door de WHO werd omarmd. Zou je dit steentje uit het bouwwerk van de coronabestrijding weten weg te toveren, dan zou alle grond voor die maatregelen wegvallen. Maar dat is natuurlijk flauwekul. De zieken die opgenomen moeten worden, hebben zonder PCR-test niet opeens een andere ziekte. En zonder PCR-test zou je bij verdenking op besmettelijkheid waarschijnlijk veel vaker en langer in quarantaine moeten, want dan zouden we weer aangewezen zijn op viruskweken die lang niet zo vaak lukken en zeker veel meer tijd in beslag nemen.
Op Twitter hebben ook anderen (waaronder Koopmans) al kritiek geleverd die geheel of delen van het ‘retraction paper’ bespreken. En nogmaals: met dit stuk probeer ik dat rapportje allerminst uitputtend te behandelen. Er zijn anderen die daar veel meer voor gekwalificeerd zijn dan ik, bijvoorbeeld de editorial board van Eurosurveillance, die hier vast een stevige reactie op zal formuleren.
(titelafbeelding: thiagolazarino |Pixabay)
[*] Update 3/12/2020: dit stel ik misschien wel iets te stellig. Er zijn wel onderzoeken die laten zien dat de bacterie ook bij een klein percentage gezonde mensen in de mondholte en de tonsillen is gevonden. Het voorkomen van de bacterie is echter niet voldoende om deze PCR-test positief te laten uitslaan, daar is nog wel meer voor nodig. Degene die het als mogelijk ontwerpprobleem opperde, McKernan, gaf op Twitter ook aan dat hij niet echt verwacht dat dit vals positieven zal veroorzaken. Het is dus eerder gemiereneuk over het ontwerp en dat de auteurs dit hypothetische probleem niet in het artikel hebben besproken.
Update 4/2/2012: Eurosurveillance verwerpt het verzoekt tot intrekking. De reactie gaat in op de snelle peer review en stelt na advies van vijf geraadpleegde onafhankelijke deskundigen:
The consulted experts confirmed that the Corman et al. article was scientifically adequate for its purpose and for the limited data and material available at this early stage in the COVID-19 pandemic. Any laboratory deciding to use the primers and protocol suggested in this article would ascertain the assay for its fitness for purpose and compliance with local quality and accreditation requirements; this is what has happened worldwide since the publication of the article. With more data and evolving knowledge, laboratories have since further improved the initial method, as per usual practice.
Steun Kloptdatwel
Waardeer je dit artikel? Je kunt onze site steunen met een financiële bijdrage. Dat waarderen wij dan weer! Een donatie kun je doen via dit betaalverzoek (of klik op de afbeelding hiernaast).
NB de rekening staat op naam van Maarten Koller, formeel eigenaar van deze site.
Ook ik ben niet gekwalificeerd op het gebied van virologie, maar huisjesmelker Van Haga op hoge poten nóg minder. Laat-ie zich als uitgepoept VVD-er maar liever druk maken om zijn huidige kwalijke kwakkelclubje.
Ik vind het wel apart, hoe de ondertekenaars dit kennelijk met zoveel bombarie en vies gebekte vuilspuiterij de wereld in moeten slingeren. Bang dat ze anders niet ‘gelooft’ worden. Het heeft veel weg van Trumpiaans populistisch gedrag door een groepje bully’s. Dank voor de debunk en context.
De wijze waarop de auteurs menen hun zaak te moeten bepleiten is hoogst curieus. Hoofdauteur Borger maait wild in het rond naar iedereen die kritiek op hem levert en spuit intussen de grootst mogelijke onzin, zoals dat asymptomatische transmissie niet zou bestaan.
Marjon Koopmans van het OMT en medeontwerper van deze methode geeft onlangs zelf aan dat een positieve PCR-test geen besmetting aantoont. Zie het fragment van het radio 1 interview: https://www.youtube.com/watch?v=_zthGp65LYA
Dit betekent inderdaad dat de PCR test geen valide data oplevert. Het besmettingsbeeld dat wordt gepresenteerd klopt dus niet, want onder de zogenaamde besmetting zitten dus gevallen van mensen die al genezen zijn en dus mogelijk ook immuun zijn.
Het is wel typerend dat jouw hele kritiek op die paper vnl dooddoeners en relativering bevat, gevolgd door ad-hominem gezeik.
Een échte wetenschapper kijkt naar inhoud, en die maalt er niet om wie wat gezegd heeft.
@Daniel Tuijnman: er is nog geen enkel bewijs van asymptomatische transmissie van dit virus.
Allereerst heb ik een aantal vragen aan de hoofdauteur Pieter Borger.
(1): zal deze review ook op een preprint server worden gezet cq. is dit wellicht al gedaan?
(2): zal (een verkorte versie) van deze review ook als commentaar worden geplaatst op Pubpeer?
(3): is er al contact met het ‘American Journal of Biomedical Science & Research’ over de niet werkende DOI van zijn mini-review?
Verder staat op https://web.archive.org/web/20201128002522/http://www.cormandrostenreview.com/ een op 28 november 2020 gearchiveerde versie van de review.
Hierin staat onder andere te lezen dat de review ook namens het “Maasziekenhuis Pantein, Beugen, the Netherlands” is ingediend.
Is dat niet wat vreemd? Zie https://www.maasziekenhuispantein.nl/ voor achtergronden over dit ziekenhuis.
Tot slot refereert Pepijn naar een lijst met ondertekenaars / auteurs. Huisarts Berber Pieksma voert hier de titel ‘Dr’, terwijl ze in de gearchiveerde versie, zie hierboven, de titel ‘Dra’ voert. Iemand die weet hoe dit zit?
Voor de goede orde, de beschermde titel ‘Dra’ werd heel vroeger wel eens gebruikt voor vrouwen die aan een Nederlandse universiteit waren afgestudeerd.
Direct onder de titel van de review staat een lijst met 22 namen. Dit zijn de 22 auteurs van de review. Achter iedere naam staat een nummer. Dit nummer verwijst naar de affiliaties. Ik verwijs gemakshalve naar https://scienceintegritydigest.com/2019/06/04/false-affiliations-and-fake-authors/ voor wat achtergronden. Natuurlijk hoef je niet aan een instituut / universiteit / bedrijf / ziekenhuis o.i.d. verbonden te zijn om dit soort artikelen te schrijven. In die gevallen vermeld je gewoon je huisadres / woonplaats etc.
Helemaal onderaan de review staan deze affilaties. Hierin staat geen informatie over de affiliatie van Bruno H. Dalle Carbonara. Bij de Nederlander (?) Jan Bonte staat ‘Dr. med. Jan Bonte’. Klopt het dat Jan Bonte in Duitsland is gepromoveerd?
Nog verder naar onderen staat een lijst met ‘Author’s Contributions’. Deze lijst telt 21 namen. De auteurs Clare Craig en Bruno H. Dalle Carbonara staan niet op deze lijst. Kennelijk hebben ze geen enkele bijdrage geleverd aan deze publicatie? Daarnaast staat in deze lijst een afkorting (‘RvV’) die ik niet kan herleiden tot een auteur. Tot slot zal de afkorting ‘BWK’ betrekking hebben op auteur Berber W. Pieksma?
Ik baseer me hier dus op de op 28 november 2020 gearchiveerde versie van de review (zie hierboven voor een link).
“geen besmetting aantoont.”
“want onder de zogenaamde besmetting zitten dus gevallen van mensen die al genezen zijn en dus mogelijk ook immuun zijn.”
Genezen van een ‘zogenaamde besmetting’ en immuun zijn tegen het oplopen van dezelfde ‘de zogenaamde besmetting’.
Werkelijk?
Dus de test geeft aan; Op enige moment besmet met SARS CoV-2, daarvan genezen (als in eerder ziek geweest/besmetting overwonnen door immuunsysteem) en nu antilichamen (etc) aangemaakt tegen SARS CoV-2 en immuun tegen her-besmetting met SARS CoV-2 als ik het goed begrijp?
Komt het op terminologie uit, wel besmet (geweest), nu immuun (er zijn een aantal herbesmettingen geconstateerd) maar mogelijk nu niet besmettelijk. Dat laatste komt niet uit de test als resultaat. U zult ‘besmettingEN’ bedoelt hebben?
Er is kennelijk wel verband tussen een lagere Ct en shedding.
Enige punt waar ik het deels met sommigen eens ben is dat men in deze tijden waarin iedereen viroloog is geworden de termen patiënt en besmet niet meer moet verwarren met besmettelijk in overheids publicaties. Zeker nu niet meer gezien er ook zonder ziekteverschijnselen getest mag worden en mogelijk het aandeel ‘eerder besmet geweest, niet meer besmettelijk’ in het totaal aantal positieve testuitslagen hoger zou kunnen worden door ‘prettesters’, reizigers die een negatieve test moeten kunnen overleggen etc. En inderdaad voorzichtig zijn met de term besmettingen gelijk stellen aan het aantal potentiële verspreiders.
Ondanks dat we zien dat dit virus zich verspreidt onder de bevolking, is zelfs onder gecontroleerde omstandigheden besmettelijkheid niet eenvoudig te meten. Een methode om grootschalig besmettelijkheid te testen op een bevolking/symptomatische personen is er niet.
Bij gebrek aan betere (betrouwbare, haalbare en breed inzetbare) meetmethodiek op besmettelijkheid dus zo veel mogelijk symptomatisch testen, positief getesten waarschuwen anderen te mijden en rekening houden met 1. niet geteste symptomatische mensen, 2 niet geteste a-symptomatische mensen (hoe ‘klein’ hun aandeel in de verspreiding ook is), 3 niet geteste pre-symptomatische mensen (waarvan men denkt dat zij een flink aandeel in de verspreiding hebben), en daar een landelijk beleid op maken om verspreiding te vertragen.
En dat laatste is door de 1001 belangen van Jan en alleman een hele lastige puzzel en zal nooit naar tevredenheid zijn van 17 miljoen polderende virologen.
“Een échte wetenschapper kijkt naar inhoud, en die maalt er niet om wie wat gezegd heeft.”
Dat ligt er nogal aan.
Sowieso doen eerdere publicaties op hetzelfde gebied van de auteurs er toe, zeker als die als bron worden gebruikt. Dan nog, willekeurig voorbeeld uiteraard, óf het creationisme van de (hoofd)auteur van invloed is geweest op de inhoud aangezien dit een zeer duidelijke scheidslijn zou kunnen zijn in wat deze als bewijs aanvaard of wat binnen of buiten de onderzoeksgrenzen valt.
En dan de expertise van de diverse auteurs op het onderwerp.Dat laatste is tamelijk belangrijk.
Kan aardig aangeven of het een onderzoek of een mening is namelijk, zeker in een activistisch retractie verzoek.
Dus, de poppetjes doen er wel degelijk toe.
Weet een homeopatische huisarts (een ‘halve’ wetenschapsontkenner dus) voldoende ins en outs van de huidige stand van de wetenschap van dit soort onderzoek om als mede auteur onder dit pamflet te verschijnen is zo maar een vraag die bij mij opkomt bijvoorbeeld.
Jan Klas 3 December 2020
@Daniel Tuijnman: er is nog geen enkel bewijs van asymptomatische transmissie van dit virus.
Geen enkel is overdreven.
https://www.nature.com/articles/d41586-020-03141-3#ref-CR2
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.11.04.20225573v1
https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3677918
De heer Peter Borger is werkzaam bij Wort und Wissen:
https://veranstaltungen.wort-und-wissen.org/referenten/borger/
Een soort Duitstalig Logos Instituut
https://logos.nl
Zowel Wort und Wissen als het Logos Instituut dragen een hardcore creationisme uit: de wereld is zo’n zesduizend jaar geleden geschapen, macro-evolutie is op grond van biochemie totaal onmogelijk, er hebben dankzij de Zondvloed grote geologische catastrofes plaatsgevonden, de wonderen zijn de wereld nog niet uit.
De homepage van Wort und Wissen is:
https://www.wort-und-wissen.org
Wort und Wissen heeft een aantal vakgroepen waaronder filosofie:
https://www.wort-und-wissen.org
Van deze pagina het volgende citaat:
– In weiten Teilen der modernen Naturwissenschaft ist ein naturalistisches Weltbild Grundlage der Theoriebildung. Dieses steht der Möglichkeit, an das Wirken Gottes in der Welt zu glauben, entgegen. Dieser Naturalismus kann daher als nomineller Atheismus gekennzeichnet werden.-
De heer Borger is zeer verstrengeld met het hardcore creationisme. Mijn vragen zijn :
– Heeft dit hardcore creationisme zijn kijk op het artikel van Koopmans e.a. beïnvloed en hoeveel? Wat voor een belang heeft een hardcore creationist om zich te verzetten tegen het artikel van Koopmans e.a.?
– Verkeren de medestanders van Borger ook in hardcore creationistisch vaarwater?
Slotopmerking
Zeer globaal genomen zijn er drie soorten creationisme:
– Hardcore creationisme
– Softcore creationisme met het idee van intelligent design , het ID-idee, als Leitmotiv.
– Het idee van de theïstische evolutie (er is gewoon natuurlijke evolutie maar op de één of andere mysterieuze wijze zit God achter de Darwinistische evolutie).
De drie groepen botsen onderling.
Er zijn pak hem beet wel 1000 verschillende manieren hoe je de literatuurlijst maakt van de bronnen die je voor een wetenschappelijk artikel hebt gebruikt. De meeste wetenschappelijke tijdschriften hebben op hun website vaak zeer gedetailleerde informatie hierover staan. Wel is het tegenwoordig in toenemende mate zo dat je nog niet aan deze stricte voorschriften hoeft te voldoen als je voor het eerst een artikel aanbiedt aan zo’n tijdschrift.
Achter al die zeker wel 1000 manieren zit een hele strikte logica. Het gaat dus onder andere om een bepaalde volgorde van de elementen van de literatuurverwijzing, het al dan niet gebruiken van afkortingen, punten (.), komma’s (,), spaties, en noem maar op. Andere verschillen zijn het al dan niet nummeren van de bronnen en het al dan niet in alfabetische volgorde zetten van de bronnen, etc., etc., etc.,
Hoe gedegen is de literatuurlijst van Borger et al. (2020)? De lijst telt 25 genummerde bronnen. Het oorspronkelijke artikel (Corman et al. 2020) telt 22 genummerde bronnen. Zie https://web.archive.org/web/20201128002522/http://www.cormandrostenreview.com/ en https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045
Vlot zie ik allerlei tegenstrijdigheden in de literatuurlijst van Borger et al. (2020). Volgens mij is het een rommeltje.
De eerste en de derde bron verwijzen beide naar een artikel in een wetenschappelijk tijdschrift. Bij de eerste bron worden alle 24 auteurs genoemd. Bij de derde bron staat alleen de eerste auteur met daarachter et al. Dit artikel telt in totaal acht auteurs. Bij de eerste bron staan bij alle auteurs ook de voornamen genoemd. Bij de derde bron staat alleen een achternaam. Bij de eerste bron staat de naam van het tijdschrift (‘Euro Surveill.’, de afkorting van ‘Eurosurveillance’). Bij de tweede bron staat geen naam van het tijdschrift (is ‘Clinical Infectious Diseases’). Bij de eerste bron staat informatie over het jaar waarin deze publicatie is verschenen, bij de derde bron staat hier niets over vermeld. Etc.
Zucht…. Want vergelijkbare tegenstrijdigheden zie ik ook bij andere bronnen in de literatuurlijst van Borger et al. (2020). Het zou goed kunnen dat een student een onvoldoende zou krijgen als hij een scriptie met zo’n rommelige literatuurlijst zou indienen.
Helemaal onderaan staan 2 namen van personen die een externe peer-review op een eerdere versie van Borger et al. (2020) hebben uitgevoerd. Wonderlijk genoeg staan bij deze experts geen titels.
Saji N Hameed is volgens mij https://www.u-aizu.ac.jp/research/faculty/detail?cd=90027&lng=en en
Howard R. Steen (‘MA Chem. Eng. Cantab (1969-’73), Former Research Manager, UK’) lijkt al redelijk op leeftijd te zijn, maar heeft kennelijk geen publicaties op zijn naam staan?
Mevrouw Doesburg-Van Kleffens, lid van Borgers clubje, schrijft:
– Mijn interesse op het vlak van chemie en gezondheidszorg gaat verder dan de chemie van de moleculen in ons lichaam. Zo vind ik bijvoorbeeld ook dat preventie en zelfhelend vermogen nog niet de (publieke) aandacht krijgen die ze verdienen. De antroposofische visie op de mens, die ik o.a. via het antroposofisch consultatiebureau, de vrije school van onze kinderen en de basisopleiding antroposofische geneeskunde heb leren kennen, biedt hiervoor mooie handvaten.
Dat is één van de belangrijke redenen dat ik Antroposana samen met al haar leden graag mee wil helpen deze visie op gezondheidszorg meer in het collectieve bewustzijn te krijgen.
Wij hebben samen de kracht om het huidige paradigma, de reductionistische, materialistische visie op gezondheid (die ook veel goeds heeft opgeleverd), te transformeren naar een meer geïntegreerde kijk op de mens (met alle daarmee samenhangende gevolgen op gebied van de gezondheidszorg). Dat is mogelijk op het moment dat we ons als (toekomstige) zorgconsumenten verenigen en ons daaraan committeren. Daar ga ik voor! –
Bron: https://www.antroposana.nl/afdelingen/nieuws/9/aspirant-bestuurslid-antroposana-stelt-zich-voor
Handvaten? Waarschijnlijk bedoelt ze: handvatten. We hopen maar dat ze in haar chemisch werk zorgvuldiger is dan in haar spelling, al heb ik ergens van haar hand gelezen dat ze in haar ziekenhuis veel vrijheid geniet om haar werk te doen. Ik zou toch willen pleiten voor strakke werkregels. En ik hoop dat het ziekenhuis waar ze werkzaam is, toch afstand bewaart tot het antroposofisch gedachtegoed van zijn medewerkster. Maar zou Borger als goed christen ook niet enige afstand in acht moeten nemen met betrekking tot het antroposofisch gedachtegoed? Of bestaat geestelijke besmetting niet?
Dit is kenmerkend voor de creationistische denkwijze: (al dan niet vermeende) zwakte van één element is volgens deze lieden al voldoende om het hele bouwwerk omver te kunnen gooien.
Gek genoeg passen ze dit niet toe op henzelf: ondanks dat feitelijk alle argumenten vóór creationisme al lang en breed zijn weerlegd, blijven ze het toch propageren, en verzinnen ze ook aan de lopende band nieuwe argumenten(*) om hun geloof kracht bij te zetten. En dat is niet erg wetenschappelijk(**) …
*: Die vrijwel altijd oude argumenten in een nieuw jasje blijken te zijn.
**: Je zou bijna gaan wensen dat de neus van deze mensen een centimeter groeit, telkens wanneer ze het woord ‘wetenschap’ in de mond nemen …
Hoofdauteur Peter Borger publiceerde eerder dit jaar in het tijdschrift ‘American Journal of Biomedical Science & Research’ https://biomedgrid.com/ (AJBSR) een mini-review met de titel ‘A SARS-like Coronavirus was Expected, but nothing was done to be Prepared’. Het artikel staat in aflevering 5 van jaargang 8 van AJBRS, zie https://biomedgrid.com/volume8-issue5.php
De DOI en de link naar het artikel is al enige tijd kapot, maar de PDF kan worden gelezen via https://web.archive.org/web/20200920034445/https://biomedgrid.com/pdf/AJBSR.MS.ID.001312.pdf
Kan Peter Borger aangeven of hij deze mini-review eerder bij een ander tijdschrift heeft ingediend, zo ja welke, en/of wat de reactie was van dit/deze andere tijdschrift(en)?
Mini-reviews worden onderworpen aan peer-review door externe experts. Kan Peter Borger inzicht geven in de opmerkingen die deze externe reviewers hebben gemaakt?
Op https://biomedgrid.com/associate-editors.php staat een enorme waslijst van ‘associate editors’ van dit tijdschrift. Bovenaan staat de naam Alireza Heidari. Achter zijn naam staat “Department of Chemistry, California South University, USA” als affiliatie.
Dit is slecht nieuws voor Peter Borger.
Op https://pubpeer.com/publications/2E4CF039C81130A6B520C62ADFA604 staat bijvoorbeeld te lezen: “With great sadness I must report that this Heidari opuscule no longer exists at the ‘Medicinal & Analytical Chemistry International Journal’. I can only assume that it was too embarrassing to host, even by the standards of a garbage journal from a predatory publisher (Medwin)”.
Via https://pubpeer.com/search?q=Heidari+ is meer te vinden over publicaties van Alireza Heidari.
Op https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2018/02/21/down-the-rabbit-hole-with-alireza-heidari staat meer achtergrondinformatie over Alireza Heidari.
Was Peter Borger op de hoogte van deze informatie toen hij het besluit heeft genomen zijn mini-review aan dit tijdschrift aan te bieden?
@RV,
“Verder dan de chemie van de moleculen in ons lichaam” schrijft mevrouw Doesburg.
Op welke verdergaande chemie ze dan doelt, laat ze in het midden. Vooralsnog neem ik maar aan dat een dergelijke chemie niet bestaat en het de antroposofische geloofszaken betreft waar ik van gruw.
En ja hoor, prompt komt dan weer een paradigma aan de orde, te weten het reductionistische. Als die twee woorden opduiken, kun je gevoeglijk aannemen dat het niet serieus te nemen valt.
Ik hoop vurig dat ik de rest van mijn leven ver kan blijven van haar “handvaten” (want dat zijn slechts lege vaten en die klinken meestal heel erg hol).
Zodra mensen over antroposofie beginnen, dan krijg ik al de neiging om de vingers in de oren te steken en “la la la” te roepen.
Dr Thomas Binder werd door de politie gearresteerd en in inrichting geplaatst, vanwege afwijkende mening over het coronagebeuren.
Waar is het bewijs dan dat er een isolaat van het virus is?
16) Dr. Rainer J. Klement, PhD. Department of Radiation Oncology, Leopoldina Hospital Schweinfurt, Germany
numero 16 van de club van Borger, is ook een fervente “anti-reductionist” en dus gekant tegen de in zijn ogen reductionistische wetenschap. Hij ziet niet in dat de wetenschap helemaal niet reductionistisch is. Wetenschap richt zich op structuren maar reduceert structuren niet tot hun elementen, wel tot het samenspel tussen die elementen onderling en tussen dat samenspel en zijn omgeving maar dat is geen reductionisme zoals Klement gelooft.
Voorts is Klement al langer bezig met het ageren tegen de coronawetenschap en -maatregelen.
Her en der op internet zijn stukjes van de heer Klement te vinden, zij het in de regel in onze zustertaal het Duits.
Voor mij hoeft dat antecedenten onderzoek niet. Liever bij de feiten houden. In het met veel bombarie aangekondigde retraction paper viel mij het volgende op.
1. Waar is het experimenteel bewijs, of eventueel andere wetenschappelijke publicaties of methodologische kritiek dat aantoont dat de test niet werkt? Er is wel methodologische kritiek, die echter op geen enkele manier wordt ondersteund door bijvoorbeeld publicaties of een evident gebrek in de toegepaste statistiek. Ik lees heel veel kritiek maar zie geen experimenteel bewijs.
2. Waarom krijgt de bakker kritiek dat hij geen vlees verkoopt?
Ik heb het bekritiseerde paper een paar keer gelezen, maar nergens wordt door de auteurs beweerd dat deze test uitsluitend en alleen de aanwezigheid van besmettelijk (intact) virus aantoont. (Argument 3)
Als je een wetenschappelijk artikel aanvalt doe je dat o.a. op wat de auteurs menen te moeten concluderen uit het beschreven onderzoek. Die conclusie kan onjuist zijn omdat het onderzoek niet goed is uitgevoerd, of omdat de conclusie zelf gebaseerd is op een onjuiste interpretatie van het uitgevoerde onderzoek. Aangezien de auteurs nooit gesteld hebben dat zij dat met hun test uitsluitend de aanwezigheid van intact (besmettelijk) virus en aantonen, is deze kritiek volkomen misplaatst.
3. De auteurs van het retraction paper beweren enerzijds dat deze test niet specifiek genoeg is, en daarom heel veel vals positieve test zal moeten genereren, maar verklaren anderzijds niet waarom de test in 270 gevallen toch gewoon negatief scoort. Ik zou dan bij zo’n sloppy test tenminste 50% positieve testen verwacht hebben.
Aan vier fout-positieve testen van die 270, die in het oorspronkelijke artikel verklaard worden, wordt echter wel heel veel aandacht besteed. In plaats van de verklaring van het oorspronkelijke artikel te weerleggen, wat je zou verwachten, wordt een volledige andere insteek gekozen.
Het bestaan van een vals positieve test die gevolgd wordt door een negatieve test is volgens het reaction paper bewijs van intellectuele oneerlijkheid. Hierbij wordt door deze intellectuelen wel voor het gemak verzuimd het onderscheid te maken tussen het volledige testprotocol, dus van monstername tot rapportage én de geschiktheid van de testkit zelf, waarover het artikel gaat. Over intellectuele oneerlijkheid gesproken.
4. De auteurs van het retraction paper besteden heel veel tekst aan het aantal Ct ronden dat gebruikt wordt. De kritiek is samengevat dat het niet duidelijk gemaakt wordt bij hoeveel Ct-ronden de test onbetrouwbaar zou worden. Afgezien van de vraag of deze stelling waar is dat zo’n test echt niets meer zegt als je het aantal cycli fors opvoert, geeft het originele paper als ik het goed begrepen heb, wel degelijk informatie bij welk aantal cycli de test in staat is om de gezochte RNA fragmenten in een referentie monster terug te vinden. Wat is nu het probleem? Het lijkt mij dat het aantal cycli dat nodig is om de RNA fragmenten aan te tonen, ruimschoots binnen normale waarden ligt. Daarmee is aan de eerste vereiste van zo’n test gedaan. Het kan het gezochte fragment aantonen. Daarbij lees ik nergens dat dit artikel bedoeld was om een volledig protocol voor toepassing van de test in een klinische of screening context te beschrijven. Weer een bakker die verweten wordt dat deze geen vlees verkoopt?
@RV
Tja, ik vind nu juist onder andere antroposofie een uiterst reductionistische “visie” op de werkelijkheid. “Visie” vanwege de oogkleppen. Daar “weet” men nl. alle antwoorden al in plaats van plausibele verklaringen te zoeken en te bewijzen. Armzalig.
Beste Marcel
Op zich heb je gelijk dat men moet kijken naar de inhoud van de retraction paper en niet naar de poppetjes achter die paper. Hun huwelijkse staat om maar wat te noemen is niet van belang. En jouw inhoudelijke kritiek op de paper snijdt hout.
Maar toch … Die poppetjes … Het zijn niet zomaar poppetjes die op wetenschappelijke wijze hun persoontje tussen grote haken plaatsen en gewoon op zo objectief mogelijke wijze wetenschap willen plegen. Ze hebben als het ware een dubbele agenda. Enerzijds willen ze best proberen om objectieve wetenschap te bedrijven. Maar anderzijds zitten ze toch gevangen in enkele persoonlijke vooroordelen, althans dat lijkt er toch sterk op. En mij dunkt dat je als onderzoekertje ook aandacht moet schenken aan zo’n eventuele dubbele agenda. Nu kan jij, Marcel, mensen als mij ook verwijten dat ze een dubbele agenda hebben. Ik denk niet dat ik een dubbele agenda heb. Maar op zich is de vraag of ik een dubbele agenda heb, een goede vraag, die ik zeker voortdurend aan mezelf dien te stellen.
Dit is geen aanval op jou. Integendeel. Slechts een kanttekening mijnerzijds. En natuurlijk, inhoudelijke kritiek dient op de eerste plaats te staan. Dat is jouw gelijk. De poppetjes zijn eigenlijk maar bijzaak maar misschien soms een relevant bijzaakje. Uiteraard mag je van mening met mij verschillen. En wellicht is dat ook heel goed. Nogmaals bedankt voor je inhoudelijk kritiek op de retraction paper en op mijn aandacht voor de poppetjes. 🙂
Jan Kees Verhulst 3 December 2020
Herstel, wegens vermeende dreigingen en het bezit van een vuurwapen.
“«Diese Sars-CoV-2-Schein-Pandemie ist in der Realität eine 5G-Pandemie». Es finden sich aber auch Einträge wie: «Armee, Polizei, Feuerwehr, schaut sofort wie es Euren Regierungen und den Anstalten der Massenmedien geht und sonst, liebe Bürger, raus, Waffe laden und helfen wir Ihnen!»”
https://virologydownunder.com/sigh-yes-the-covid-virus-is-real/
En nee, uiteraard voldoet dat allemaal aan uw persoonlijke interpretatie van ‘isoleren’, we weten het.
Beste RV,
Ik begrijp jouw punt. Ieder zijn eigen benadering. Het was bovenal een persoonlijke noot.
Antecedenten van een persoon onderzoeken vind ik persoonlijk meer iets voor journalisten in het openbare debat. Moet zeker ook gedaan worden. Maar ik denk dat het op een site als deze uiteindelijk sterker is om bij de inhoud te blijven.
Gister verscheen een nieuwe aflevering van het tijdschrift Eurosurveillance. In een korte ‘editorial note’ wordt ingegaan op Borger et al. (2020), zie https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.48.2012031
In deze ‘editorial note’ staat:
“We have recently received correspondence regarding a paper published this year, questioning both the content and the editorial procedures used to evaluate the article prior to publication. We can assure our readers and authors that we take comments relating to scientific content, the processing of articles and editorial transparency seriously.
All articles published by the journal are peer-reviewed by at least two independent experts in the field (or at least one in the case of rapid communications). The article in question was also peer-reviewed by two experts on whose recommendation the decision to publish was made.
Eurosurveillance is seeking further expert advice and discussing the current correspondence in detail. We will, according to our existing procedures, evaluate the claims and make a decision as soon as we have investigated in full. In the meantime, it would be unfair to all concerned to comment or discuss further until we have looked at all the issues.
Details on the editorial policies and processes are available [at] https://www.eurosurveillance.org/editorial-policy ”
Hier wordt dus gereageerd op een aantal van de punten in Borger et al. (2020). Borger et al. (2020) stellen in de samenvatting (ABSTRACT):
(1): “Further, serious conflicts of interest of the authors are not mentioned.”
(2): “Finally, the very short timescale between submission and acceptance of the publication (24 hours) signifies that a systematic peer review process was either not performed here, or of problematic poor quality.”
In de hoofdtekst wordt dit punt als volgt uitgewerkt: “A final point is one of major concern. It turns out that two authors of the CD paper, Christian Drosten and Chantal Reusken, are also members of the editorial board of this journal [19]. Hence there is a severe conflict of interest which strengthens suspicions that the paper was not peer-reviewed. It has the appearance that the rapid publication was possible simply because the authors were also part of the editorial board at Eurosurveillance. This practice is categorized as compromising scientific integrity.”
Borger et al. (2020) vermelden in de eerste plaats geen bronnen om hun stelling te onderbouwen dat er a priori sprake is van “compromising scientific integrity” als één of meer leden van de redactie auteur zijn van dit artikel cq. dit niet aan lezers kenbaar hebben gemaakt (bijvoorbeeld via de affiliatie). Daarnaast lijkt het er sterk op dat Borger et al. (2020) zich niet goed hebben verdiept in het doel van het tijdschrift Eurosurveillance. Tot slot geven Borger et al. (2020) geen inzicht in de vraag hoe vaak het bij het tijdschrift Eurosurveillance voorkomt dat leden van de redactie ook auteur zijn van artikelen in dit tijdschrift.
Met andere woorden, Borger et al. (2020) hebben in hun artikel verzuimd om op wat voor manier dan ook te onderbouwen dat er voor wat betreft dit punt inderdaad sprake is van “compromising scientific integrity”.
Wat een ongelooflijke sneuneus ben je om op een dergelijk puberale maar vooral populistische wijze, een reactie te schrijven. Je moet overduidelijk iets compenseren.
Tegen wie heb je het, Victor?
Borger et al. (2020) telt in totaal zeven secties, door mij gedefinieerd als namen in hoofdletters van koppen boven onderdelen van het manuscript. In chronologische volgorde gaat het om de volgende onderdelen.
ABSTRACT
CONCISE REVIEW REPORT
MINOR CONCERNS WITH THE CORMAN-DROSTEN PAPER
MAJOR CONCERNS WITH THE CORMAN-DROSTEN PAPER / A) BACKGROUND / B) METHODS AND RESULTS
SUMMARY CATALOGUE OF ERRORS FOUND IN THE PAPER
CONCLUSION
REFERENCES
Het ABSTRACT (de samenvatting) begint met de volgende zin: “In light of all the consequences resulting from this very publication for societies worldwide, a group of independent researchers provide several sections of compelling evidence and reasons for immediate retraction of the said paper due to major scientific inadequacies and flaws.”
Het CONCISE REVIEW REPORT (een uitgebreide samenvatting) begint met de volgende tekst: “This paper will show numerous serious flaws in the Corman-Drosten paper, the significance of which has led to worldwide misdiagnosis of infections attributed to SARS-CoV-2 and associated with the disease COVID-19. We are confronted with stringent lockdowns which have destroyed many people’s lives and livelihoods, limited access to education and these imposed restrictions by governments around the world are a direct attack on people’s basic rights and their personal freedoms, resulting in collateral damage for entire economies on a global scale.”
Het onderdeel A) BACKGROUND van de sectie MAJOR CONCERNS WITH THE CORMAN-DROSTEN PAPER begint met de volgende zin: “The authors [dus Corman et al. 2020] introduce the background for their scientific work as: “The ongoing outbreak of the recently emerged novel coronavirus (2019-nCoV) poses a challenge for public health laboratories as virus isolates are unavailable while there is growing evidence that the outbreak is more widespread than initially thought, and international spread through travelers does already occur”.”
Waren met voortschrijdend inzicht anno 5 December 2020 Corman et al. (2020) hier wartaal aan het uitslaan? Ik denk het niet. Corman et al. (2020) hadden toen al heel goed door wat er aan de hand zou kunnen zijn. Aan de andere kant denk ik dat ik uit bovenstaande inleidende zinnen en uit de vervolgtekst in Borger et al. (2020) kan opmaken dat Pieter Borger en zijn co-auteurs ontkennen dat er momenteel sprake is van een wereldwijde pandemie.
RV, ik neem aan dat het over mij gaat. Voor een weerwoord verwijs ik naar een citaat van Norman Deans van Swelm op https://www.dutchbirding.nl/gallery/detail/21548
Het citaat komt uit een posting van Norman van 22 november 2018 (23:08): “Natuurlijk had het korter gekund mijnheer Wiegant maar het feit dat er mensen zijn die zoete koekjes met de bruten willen bakken dwingt ons tot het geven van voorlichting.”
Deze opmerking slaat onder andere op ellenlange teksten van mij en teksten van mij die vast wel voldoen aan de definitie van “onordelijk geformuleerde tekst”. Vergeet trouwens niet het verhaaltje van Norman van 23 november 2018 (02:06) te lezen.
Aan de heer Van Dijk
Het woord “sneuneus” vind ik op zich wel fraai. 🙂 Maar ik vrees voor Victor dat dit woord toch enigszins op hemzelf slaat en geenszins op bijvoorbeeld u.
Een ‘unrolled’ twitterthread door Mela Eckenfels
https://threadreaderapp.com/thread/1334986953121554444.html
Een interessant stuk van Mela Eckenfels.
Laat al de mensen die denken dat de infectiecijfers niet kloppen, dan maar kijken naar het aantal ziekenhuisopnamen, het aantalCovid-19 patiënten op de IC en het aantal sterfgevallen en dan nog beweren dat het allemaal niet zo veel voorstelt.
RV, Victor Angelier noemt mij een ‘sneuneus’ omdat ik tot nu toe vooral bezig ben geweest met het plukken van wat laaghangend fruit. Een ander voorbeeld van het plukken van laaghangend fruit staat onder het kopje “Author’s Affiliations” (helemaal onderaan).
Hier valt namelijk vlot op dat er opnieuw weinig systematiek valt te ontdekken in de informatie over de opleiding dan wel achtergronden van de auteurs. Zo staat bij auteur Clare Craig dat ze een “MA, (Cantab)” heeft (Master of Arts van Cambridge University in Engeland), een “BM, BCh (Oxon)” heeft (Bachelor of Medicine, Bachelor of Surgery van de Universiteit van Oxford in Engeland) en ‘FRCPath’ is / heeft (zie https://en.wikipedia.org/wiki/Royal_College_of_Pathologists voor achtergronden). Daarentegen staat hier geen informatie op grond waarvan Claire Craig gerechtigd is de titel Dr. te voeren. Is het de Clare Craig van https://uk.linkedin.com/in/clare-craig-48b1b71a ? Die lijkt in ieder geval niet te zijn gerechtvaardigd om de titel ‘Dr’ te voeren. Informatie over een werkgever / affiliatie ontbreekt. Bij hoofdauteur Pieter Borger staat daarentegen niet vermeld dat hij biologie aan de RUG heeft gestudeerd, hier ook is afgestudeerd en hier vervolgens is gepromoveerd. Bron: http://hdl.handle.net/11370/ec2fa6c8-4313-48bd-9acf-7ba8e36c07ef
Etc. Vanzelfsprekend kun je kijken naar recente artikelen in het tijdschrift Eurosurveillance om te zien wat voor informatie daar wordt vermeld bij de affiliatie van de auteurs. Dan valt vlot op dat deze auteurs geen titels vermelden en ook geen informatie over hun opleiding(en), maar wel over hun instituut / werkgever etc.
In de eerste plaats hebben Borger et al. (2020) dus onder het kopje “Author’s Affiliations” informatie over de auteurs verstrekt die ze helemaal niet hoefden te verstrekken. Hier rijst de vraag waarom ze dit hebben gedaan. In de tweede plaats bevat ook dit onderdeel van Borger et al. (2020) onzorgvuldigheden / slordigheden / tegenstrijdigheden. Hier rijst de vraag hoe het kan dat geen van de 22 auteurs deze slordigheden / onzorgvuldigheden / tegenstrijdigheden heeft opgemerkt.
Op https://www.eurosurveillance.org/for-authors staat onder het kopje References te lezen hoe de bronnen in de tekst moeten worden vermeld. Er staat hier: “Citations are numbered in the order of appearance in the text. Reference numbers are placed in square brackets [1] in the text. References cited in a table or figure legend should be numbered after the citations in the text.”
Borger et al. (2020) vermelden in hun literatuurlijst 25 genummerde bronnen. In deze lijst staat verder een ongenummerde bron. [“Nolan T, Huggett J, Sanchez E.Good practice guide for the application of quantitative PCR (qPCR) First Edition 2013”]. Daarnaast staat onder de literatuurlijst nog “Additional literature”. Hier wordt niet verwezen naar een dik boek vol met verhalen over vroeger en ook niet naar bijvoorbeeld https://www.amazon.com/Darwin-Revisited-understand-biology-century/dp/6202315113
Vervolgens ben ik de tekst van Borger et al. (2020) gaan lezen op de bronverwijzingen zoals aangegeven in de aanwijzingen voor de auteurs (zie hierboven). Opnieuw kom ik slordigheden tegen. Opnieuw gaat het om het plukken van laaghangend fruit. In de eerste plaats hebben Borger et al. (2020) verzuimd een verwijzing naar bron [6] op te nemen. In de tweede plaats klopt op een aantal plekken de volgorde van de verwijzingen niet. Bron [23] staat tussen bron [9] en bron [10], bron [25] staat tussen bron [12] en bron [13], bron [22] staat tussen bron [12] en bron [13] en staat na bron [25], bron [23] staat tussen bron [12] en bron [13] en staat na bron [25], en bron [24] staat tussen bron [18] en bron [19]. Ook dit is dus kennelijk geen van de 22 auteurs opgevallen.
Op https://www.eurosurveillance.org/for-authors staat verder onder het kopje “How to submit material”: Submissions should conform to the Recommendation for the Conduct, Reporting, Editing and Publication of Scholarly work in Medical Journals, detailed by http://www.icmje.org/index.html In http://www.icmje.org/index.html staat onder andere op http://www.icmje.org/recommendations/browse/manuscript-preparation/preparing-for-submission.html
“References should not be used by authors, editors, or peer reviewers to promote self-interests. Authors should avoid citing articles in predatory or pseudo-journals.”
Dus waarom staat in Borger et al. (2020) een verwijzing naar een artikel van dezelfde Pieter Borger (alhier Peter Borger genoemd) wat hij heeft gepubliceerd in een predatory journal (zie de tekst van Pepijn van Erp voor achtergronden)? Het artikel van Pieter Borger is bron [15] en de verwijzing staat in onderstaande alinea in Borger et al. (2020).
“The genome of the coronavirus is the largest of all RNA viruses that infect humans and they all have a very similar molecular structure. Still, SARS-CoV1 and SARS-CoV-2 have two highly specific genetic fingerprints, which set them apart from the other coronaviruses. First, a unique fingerprint-sequence (KTFPPTEPKKDKKKK) is present in the N-protein of SARS-CoV and SARS-CoV-2 [13,14,15]. Second, both SARS-CoV1 and SARS-CoV2 do not contain the HE protein, whereas all other coronaviruses possess this gene [13, 14].”
Het antwoord op deze vraag is heel simpel. Hoofdauteur Pieter Borger heeft geprobeerd om via deze weg zijn creationistische schrijfsels als wetenschap te presenteren.
Aan de heer Van Dijk
Onderwijl doet één van de co-auteurs van de heer Borger iets in de evolutionaire geneeskunde. Op het eerste gezicht ziet de evolutionaire geneeskunde er goed uit, dunkt me. Simpel gezegd, de evolutionaire geneeskunde bestudeert (menselijke) ziektes in evolutionair perspectief. Maar hoe raakt deze co-auteur verzeild in de armen van Borger? Neemt deze co-auteur zijn eigen evolutionaire geneeskunde niet al te serieus?
Het plukken van laaghangend fruit is erg makkelijk en leidt in ieder geval tot de conclusie dat er allerlei kanttekeningen zijn te zetten bij de zorgvuldigheid waarmee Borger et al. (2020) te werk zijn gegaan. Het is volgens mij veel moeilijker om helder onder woorden te brengen dat Borger et al. (2020) een creationistisch schrijfsel is cq. geschreven is vanuit de visie van viruswaanzintypjes.
Borger et al. (2020) hebben er volgens mij veel energie in gestoken om te verhullen dat hun review helemaal geen wetenschappelijk betoog is.
Wat vermelden Borger et al. (2020) bijvoorbeeld over de theoretische achtergrond van waaruit ze hun betoog opzetten? Welke bronnen gebruiken ze hiervoor?
Een deel van het antwoord op deze vraag staat volgens mij in de eerste zin van het hoofdstuk CONCISE REVIEW REPORT. Deze zin is: “This paper will show numerous serious flaws in the Corman-Drosten paper, the significance of which has led to worldwide misdiagnosis of infections attributed to SARS-CoV-2 and associated with the disease COVID-19.”
Er zijn een aantal opmerkingen te maken over deze zin. In de eerste plaats ontbreken bronnen bij alle uitspraken / constateringen in deze zin. In de tweede plaats constateren Borger et al. (2020) hier zonder enige bronvermelding dat er daadwerkelijk sprake is van een “worldwide misdiagnosis of infections attributed to SARS-CoV-2 and associated with the disease COVID-19.” Waar in de wetenschappelijke literatuur staat dit cq. waarom vermelden Borger et al. (2020) geen (duidelijke) bronnen bij deze constateringen? En waarom beginnen Borger et al. (2020) al bij de eerste zin van hun (theoretische) inleiding met het noemen van hun belangrijkste bevindingen?
Volgens mij proberen Borger et al. (2020) hier via een omweg hun niet-wetenschappelijke visie in hun review te smokkelen.
Vanzelfsprekend zijn er andere elementen in Borger et al. (2020) die kunnen worden gebruikt om te betogen dat het hier feitelijk gaat om een creationistisch schrijfsel cq. een tekst die is geschreven vanuit de visie van viruswaanzintypjes. Ik noem twee punten:
(1): de bronvermelding naar een artikel in een predatory journal met een creationistisch uitgangspunt;
(2): het benadrukken van allerlei kwalificaties / achtergronden / opleidingen van de auteurs en het vermelden van allerlei titels bij de namen van auteurs.
Het is inderdaad een goed idee om te kijken naar de achtergronden van auteurs van Borger et al. (2020). Zo heeft auteur Rainer J. Klement (Dr. Rainer J. Klement, PhD. Department of Radiation Oncology, Leopoldina Hospital Schweinfurt, Germany) een profiel op https://www.researchgate.net/profile/Rainer_Klement
Rainer Klement blijkt een gepromoveerde sterrenkundige te zijn. Hij heeft ook een eigen website, zie http://rainerklement.com/ Op http://rainerklement.com/?page_id=2 staat: “Nutrition is a commonly and often emotionally discussed topic in relation to cancer prevention and treatment. Unfortunately, the scientific facts often get mixed up with personal opinions or currently held beliefs that might be outdated.” Oef, wat vervelend…
Op https://www.researchgate.net/profile/Rainer_Klement/research staat een overzicht van zijn publicaties. Borger et al. (2020) staat op deze lijst en is geklassificeerd als preprint. Via dit overzicht kom ik vlot op https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpubh.2020.585229/full Dit is een andere recente publicatie van Rainer Klement over COVID-19.
In dit artikel staat zinnen als: “Unfortunately, we live in an age in which fewer and fewer scholars have serious competence beyond their own increasingly narrow field of research” en “Furthermore, the public is rarely informed that an optimally functioning immune system requires the presence or absence of certain factors. Some of these factors are studied within the transdisciplinary field of nutritional immunology.”
Ook staat er: “The “collective statistical illiteracy” of health care professionals, journalists and politicians (51, 52) is nothing more than a lack of transdisciplinary knowledge in mathematics and statistics. It is contributing to incorrect information about the spread of the SARS-CoV-2 with the effect of increasing both the public fear and impulsive actions from governments (paths F and G in Figure 1).”
Dit is dus allemaal erg vervelend. Goed nieuws voor Klement dat het tijdschrift ‘Frontiers in Public Health’ hem alle ruimte gaf om zijn visie via een mooi artikel in hun tijdschrift aan de wereld mee te delen. Het artikel staat geklassificeerd als “OPINION ARTICLE”. Bij het artikel staat de naam van het lid van de redactie van dit tijdschrift die hierover een inhoudelijk oordeel heeft gegeven en de namen van drie (3) peer-reviewers die als externe reviewer ook een inhoudelijk oordeel hierover hebben gegeven.
Wie stelde ook alweer buitengewoon stelling dat een “OPINION ARTICLE” nooit aan peer-review wordt onderworpen?
Zie https://forbetterscience.com/2018/12/20/frontiers-a-danger-for-public-health/ en https://forbetterscience.com/2016/04/14/frontiers-bread-madness/ en https://forbetterscience.com/2016/09/14/beall-listed-frontiers-empire-strikes-back/ voor wat achtergronden over de uitgever die dit artikel van Rainer Klement heeft gepubliceerd.
Het artikel van Rainer Klement bevat diverse opmerkingen over de relatie tussen Vitamine D en COVID-19. Achtergronden hierover staan bijvoorbeeld op
https://forbetterscience.com/2020/09/28/we-reached-the-stage-where-vitamin-d-is-the-cure-for-covid-19/
Hmmmm…… Vergeet vooral ook niet de opmerking van Linda Benskin te lezen (helemaal onderaan het artikel van Klement).
Vanochtend een mailtje gestuurd naar Pantein en het Maasziekenhuis Pantein om te vragen hoe het kan dat Marjolein Doesburg-van Kleffens namens “Maasziekenhuis Pantein, Beugen, the Netherlands” deze review heeft ingediend bij het tijdschrift Eurosurveillance.
Ik heb in deze e-mail ook gevraagd of Marjolein Doesburg-van Kleffens tijdens haar werkzaamheden voor deze review (“Proofreading the analyses and research” volgens het manuscript) ook heeft teruggekoppeld met anderen die werkzaam zijn bij Pantein / het Maasziekenhuis Pantein.
Tot slot heb ik Pantein en het Maasziekenhuis Pantein in deze e-mail de vraag voorgelegd of Marjolein Doesburg-van Kleffens zich heeft afgevraagd wat de gevolgen kunnen zijn voor de goede naam van Pantein en van het Maasziekenhuis Pantein toen ze dit broddelwerk mede namens “Maasziekenhuis Pantein, Beugen, the Netherlands” bij Eurosurveillance heeft ingediend.
Paul McSheehy is één van de 22 auteurs van Borger et al. (2020). In het onderdeel “Author’s Affiliations” staat over deze auteur: “Dr. Paul McSheehy (BSc, PhD), Biochemist & Industry Pharmacologist, Loerrach, Germany”. Wat zoeken via Google levert https://www.researchgate.net/profile/Paul_Mcsheehy en https://ch.linkedin.com/in/paul-mcsheehy-92a60323 op. Volgens ResearchGate een medewerker van Novartis in Basel (Zwitserland). Volgens Linkedin een medewerker van Basilea Pharmaceutica = https://www.basilea.com/ in Basel en oud-medewerker van Novartis.
Loerrach ligt vlak bij Basel en zal wel de woonplaats zijn van Paul McSheehy. De omschrijving “Dr. Paul McSheehy (BSc, PhD), Biochemist & Industry Pharmacologist, Loerrach, Germany” betekent dus dat Paul McSheehy in zijn hoedanigheid als privépersoon een co-auteur is van Borger et al. (2020).
Er rijzen een aantal vragen.
(1): wat vindt het bedrijf Basilea Pharmaceutica ervan dat één van hun medewerkers in zijn vrije tijd dit soort reviews aanbiedt aan het wetenschappelijk tijdschrift Eursurveillance?
(2): heeft Paul McSheehy vooraf overleg gevoerd met zijn werkgever hoe die er tegenaan kijkt dat hij in zijn vrije tijd in dit soort samenwerkingsverbanden zit cq. dit soort reviews aanbiedt aan Eurosurveillance?
(3): welke visie over de PCR test verkondigt Paul McSheehy met zijn pet op als medewerker van Basilea Pharmaceutica? Is dat een andere visie dan in Borger et al. (2020)? Is dit niet erg verwarrend?
Etc.
https://web.archive.org/web/20201207101932/https://www.researchgate.net/profile/Paul_Mcsheehy
Schitterend dit. Pepijn die zijn uiterste best doet om een retraction paper onderuit te halen. En vervolgens is het Koopmans zelf die bevestigd dat de PCR test een farce is. Ben je dan corrupt of niet?
Waar bevestigt met een T en geen D mevrouw Koopmans dat de test een farce is? Er zijn echt meer mensen die flink hun wenkbrauwen fronsen bij de retraction paper van Borger c.s.. En Pepijn is voor jou de heer Van Erp. En als je wil, dan spreek ik zelfs jou aan met u. Wat is uw agenda in de coronacrisis?
Nog geen reactie van het Maasziekenhuis / Patein en daarom vanochtend een reminder gestuurd. Tot heden geen reactie. Ik vond daarnaast op
https://www.maasziekenhuispantein.nl/stel_uw_vraag_digitaal een contactformuliertje. Dat zonet ook even ingevuld en verzonden. Dat levert in ieder geval een auto-reply op met een ontvangstbevestiging en met de tekst die ik via dat formuliertje heb verzonden.
Heb gevraagd hoe het kan dat er momenteel namens het Maasziekenhuis / Patein allerlei onzin de wereld wordt ingeslingerd over de betrouwbaarheid van de PCR test en welke stappen ondertussen zijn gezet om dit te herstellen.
Dag Pepijn zou je ook zo’n stuk kunnen schrijven over de Drosten paper zelf? Waarom heb je dat nog niet eerder gedaan? Waarom wel zoveel aandacht voor deze retraction paper? Is het niet wat vreemd dat de Drosten paper in 1 dag goedgekeurd werd? Succes ik lees graag je commentaar.
Sinds kort is er een Buitenparlementaire Onderzoekscommissie 2020. Verdiept zich in de coronacrisis. Met de titel Buitenparlementaire Onderzoekscommissie probeert men zich een officieel tintje te geven. Je kunt dit echter overal voor plakken, dus ook voor KloptDatWel. Wat is echter het doel en achtergrond van deze lieden? Jan Bonte (Hommel) en Peter Borger zijn daar ook al verschenen.
Pepijn schreef: “In een eerder stuk op LinkedIn maakte Borger er wel een punt van dat de Corman-Drosten test ook positief uitslaat bij SARS-CoV (het SARS-virus dat in 2002/2003 opdook) en enkele andere (vleermuis)coronavirussen. Waarom dat precies een probleem zou zijn, kon hij mij toen niet uitleggen (screenshot van deel van de discussie, kort hierna werd Borgers LinkedIn-account verwijderd).”
Gister kwam Pieter Borger hierop terug. Hij schreef op https://twitter.com/BorgerPieter/status/1336030310803402770
“I showed the same curve for the Netherlands early November on Linkedin and…was banned! It was the incentive to check the Corman-Drosten RT-PCR test, which is used to justifiy all sort of inhumane actions: quarantaine, lockdowns, economic disasters.”
De grafiek (‘the same curve’) waar Pieter Borger in deze tweet naar verwijst gaat over ‘weekly excess deaths by date of registration, London’ en staat in een tweet op https://twitter.com/MarkReady47/status/1335994645717848069
Betekent bovenstaande uitspraak dat er argumenten zijn om te betogen dat Pieter Borger wegens het verspreiden van desinformatie van LinkedIn is verwijderd? Of begrijp ik het allemaal niet goed?
Heeft Pepijn en/of iemand ander wellicht een screenshot bewaard van deze “the same curve for the Netherlands early November” cq. staat deze grafiek nog ergens op het internet? Ik begin best nieuwsgierig te worden naar deze grafiek.
Ik heb volgens mij geen screenshot of anderszins gearchiveerde versie van de posts van Borgers LinkedIn account. Om welke hij precies verwijderd werd, weet ik ook niet. Staat mij eigenlijk niet bij dat hij zo’n grafiek met oversterfte in NL deelde.
https://bpoc2020.nl
Let ook op de lijst van weigeringen om deel te nemen aan dat onderzoek. Onder meer Baudet heeft medewerking geweigerd. Toch wel opmerkelijk. Is Baudet toch bang om teveel geassocieerd te worden met een zoveelste groep gekkies?
Dat Rutte weigert, ligt echter voor de hand. En zoals hij nader uitlegde, er wordt al veel onderzoek gedaan. Bijvoorbeeld door het RIVM en het OMT.
Maar de BPOC wantrouwt het RIVM en het OMT en dus zo ongeveer de hele wetenschap. Wel is de BPOC naarstig op zoek naar al te eigengereide wetenschappers, die inzake de coronacrisis liever op hun subjectief kompas navigeren dan op het meer objectieve kompas van de wetenschap.
En om een vraag van de BPOC te beantwoorden: jawel, de coronamaatregelen, die zeker niet perfect zijn en her en der een beetje rammelen, zetten wel degelijk zoden en zelfs zware zoden aan de dijk. Zij dammen de epidemie in. Maar dit antwoord wil men niet, vooringenomen als de BPOC is, horen.
Nummer 8 op de lijst van 22 auteurs is “Dr. Lidiya Angelova, MSc in Biology, PhD in Microbiology, Former researcher at the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), Maryland, USA”. Dit is https://twitter.com/angelovalidiya en andere informatie staat op https://genuineprospect.wordpress.com/
Oef, een “former scientist” (maar nog wel opgevoerd door Pieter Borger als ‘expert’, kan dat wel?) en iemand die ook al van LinkedIn is gegooid (“I previously used the LinkedIn blog platform but my account was deleted after I wrote an article which questions the World Health Organisation credibility.”).
Mevrouw Angelova schrijft science fiction, schrijft ze. En best wel goed, schrijft ze zelf. Misschien is dat haar makke, veel fiction, weinig science. Meegesleept door haar verbeelding zodat ze niet meer precies weet wat verbeelding is en wat werkelijk is.
Op https://retractionwatch.com/2020/12/07/public-health-journal-seeking-further-expert-advice-on-january-paper-about-covid-19-pcr-testing-by-high-profile-virologist/ wordt ook aandacht besteed aan Borger et al. (2020). Vreemd genoeg lijkt het erop dat RW geen contact heeft opgenomen met één van de auteurs van Borger et al. (2020). Daarnaast was RW er -toen- kennelijk nog niet van op de hoogte dat er ook een preprint is van Borger et al. (2020). Die preprint staat op https://zenodo.org/record/4298004 en heeft als datum 30 november 2020.
Iemand enig idee of het commentaar van ‘Marion Koopmans’ is geschreven door de echte Marion Koopmans? Zo op het eerste gezicht lijkt het commentaar van “GlobalExpertReview2” redelijk doortimmerd te zijn.
“GlobalExpertReview2 says: December 8, 2020 at 6:58 am; Addressing those 10 points because I am curious what others think.
1) Primer concentration too high: Following the link they gave where allegedly a concentration of 100-200 nM is optimal, I cannot find that in there at all. It either says “The ideal primer concentration can be anywhere from 100 to 600 nM, while probe concentrations can be between 100 nM and 400 nM.” or “Optimal results may require a titration of primer concentrations between 50 and 500 nM. A final concentration of 200 nM for each primer is effective for most reactions.” Concentrations in the paper go up to 800 nM, not that much higher than 600 mentioned above. They are criticizing small errors harshly themselves, well please do your own research as thoroughly too then.
2) Wobbly positions: Could be a valid point to criticize as I am not familiar with how often such wobbly bases are used in primers. However if you want to say these cause unspecific reactions, why not make several combinations with specific base pairs and show it experimentally? It is ok to bring this up, but they did not test it either, it might not be a problem after all.
3) Not quite sure why they are so fixed at the “whole viral vs viral fragments” bit. Quite frankly they want the paper to be more precise when they themselves are not. Of course this does not detect the whole virus, it detects transcripts of the virus. Is there a published paper that shows parts of transcripts “floating” into people? If you can detect part of it, then at some point there has been an intact virus present. How else would that transcript be there? You cannot get half a virus in, can you? They mention somewhere even “dead virus” as a term. Viruses are neither alive or dead. No scientist I know would describe a virus as “dead”. Does not add to their credibility.
4) Sounds like a valid concern. However if the annealing temperature is not within acceptable range, how are we getting so many positive measurements? The gist of this review is that there are too many false positives and too many people are diagnosed positive. This would rather go the other way, you would not detect anything because the primers do not anneal correctly. So what is it? Too many detections or too few?
5) True, Ct not supplied as reference. I’d argue though setting it lower than necessary so that you don’t miss weakly asymptomatic people might be better than the other way round. Also at the time of writing there were not many observations of this and it would be difficult to define a “final” value that remains correct over the next months. Overall the Ct thresholds have been defined, just not in this paper. So why are too low values the authors faults?
6) Maybe valid too, however once again, you say they are not valid, run the experiment and show they are not. This is again just speculation they might be. The authors should have shown this, yes, but if you argue against it you need proof too.
7) Valid concern. It would need positive and negative control. Are the authors here sure that none of the tests based on the paper implement any? I would think not, but am happy to be corrected. They should have been included here, I agree.
8) This is not a point at all. You just summarized all previous concerns in another point. Test not valid. Not standardized. Ok, maybe, but not an additional point at all.
9) Peer review is not the end all of everything as we have seen, but I agree that the journal needs to release if there has been peer review or not for this paper.
10) Conflicts of interest are important as well, if those have not been declared properly it is a problem. Should it be enough to trigger retraction? Not sure.
Also the RT.com article mentions 70% of all tests world wide are conducted based on this protocol. Where does that number come from? And did they make the effort to see if the protocol has been copied 1:1 or if additions have been made, such as the proper controls?
Overall some valid points but mostly blown up for… publicity? Good luck to them, I guess. Why did they have to make their own website to publish this? Not even a predatory journal wanted to touch this?”