Met veel tamtam hebben 22 ‘experts’ een verzoek ingediend om het eerste wetenschappelijke artikel waarin een PCR-test voor het coronavirus wordt voorgesteld in te trekken. Volgens dit clubje, aangevoerd door moleculair bioloog en creationist Pieter Borger, is er van alles mis met deze test. Die test is ontworpen door internationaal vooraanstaande wetenschappers als Christian Drosten en “onze” Marion Koopmans. Dus om aan te tonen dat ie niet deugt zul je met je argumenten van goeden huize moeten komen, maar dat valt hier nogal tegen.
De aandachttrekkerij voor hun actie die op sociale media al geruime tijd aan de gang was voor het daadwerkelijk indienen van hun ‘retraction paper’ heeft in zoverre succes dat het Russische propagandakanaal RT het heeft opgepikt en FvD Tweedekamerlid Wybren van Haga er kamervragen over heeft gesteld. Het Reformatorisch Dagblad, waarin Borger met enige regelmaat creationistische stukjes publiceerde, besteedde er ook aandacht aan, maar niet op een manier waar hij op gerekend had: “PCR-test overleeft stortvloed aan kritiek“. Volgens Borger had de journalist hem er achter de rug van de wetenschapsredactie om ingeluisd.
De kritiek op de ‘Corman-Drosten paper‘ (Victor Corman is de eerste auteur van het artikel) is vrij technisch van aard en voor iemand die geen expertise op het gebied van PCR in huis heeft, vaak lastig op waarde in te schatten. Ik heb die kennis zeker niet, dus zal me bescheiden opstellen. De club van 22 wordt door Borger onomwonden wel als experts voorgesteld (zie zijn tweet hierboven), terwijl dat duidelijk maar hooguit voor enkelen van hen opgaat. Een ondertekenaar, de Nederlandse kwaadsprekende neuroloog Jan Bonte, geeft het ruiterlijk toe op Twitter:
Aan het slot van dit stuk zal ik nog wat namen laten passeren van de lijst, zoals ik ook op Twitter al deed. Kritiek van (veelal anonieme) tweeps op dat commentaar is dat ik angstvalig zou vermijden op de inhoud van de kritiek van Borger c.s. in te gaan. Dat is aantoonbare onzin, maar een blog als deze leent zich wat beter om mijn opmerkingen op een rijtje te zetten.
Kritiek op Corman-Drosten et al. Eurosurveillance 2020
In het retraction paper (waarvoor ze een eigen website hebben ingericht [gearchiveerde kopie]) staan 10 punten van kritiek, ‘major scientific flaws’ in hun woorden. Die variëren van wobbly primers en problemen met annealing temperatures tot het ontbreken van een voorgeschreven afbreekpunt voor het aantal cycles. Het voert te ver om hier in detail uit te leggen hoe zo’n RT-qPCR test precies werkt, lees dat maar na op Wikipedia en lees bijvoorbeeld een interessant draadje van de Australische viroloog Ian Mackay op Twitter die uitlegt hoe je de procedure nu in de praktijk uitvoert.
Veel van de punten van kritiek komen er op neer dat de primers en probes die in het Corman-Drosten artikel worden voorgesteld niet goed gekozen zouden zijn. Het zijn juist die elementen die in de test (delen) van het rna van het coronavirus moeten herkennen en vermenigvuldigen en rna van andere bronnen links moeten laten liggen. Volgens Borger is de test ‘volledig aspecifiek’:
Dat de patiënten in de ziekenhuizen en op de IC’s met Covid-19 eigenlijk griep zouden hebben, is wat vreemd, gegeven het feit dat griep helemaal niet rondgaat op het moment zoals uit de NIVEL surveillance valt op te maken. Dat de Covid test zo aspecifiek zou zijn dat die ook bij influenza positief kan uitslaan, bedoelt Borger volgens mij ook weer niet.
In een eerder stuk op LinkedIn maakte Borger er wel een punt van dat de Corman-Drosten test ook positief uitslaat bij SARS-CoV (het SARS-virus dat in 2002/2003 opdook) en enkele andere (vleermuis)coronavirussen. Waarom dat precies een probleem zou zijn, kon hij mij toen niet uitleggen (screenshot van deel van de discussie, kort hierna werd Borgers LinkedIn-account verwijderd). De test is juist speciaal zo ontworpen dat hij ook positief is bij SARS-CoV, want materiaal van dat virusmateriaal was makkelijk verkrijgbaar voor laboratoria en kon dus als positieve controle gebruikt worden. Fout positieven levert het niet op aangezien dat virus niet meer is aangetroffen bij mensen sinds 2003, en die vleermuisvirussen natuurlijk ook niet. Drosten legde dat ook al eerder dit jaar helder uit in de media:
Andere risico’s op vals positieven?
Een van de primers zou ook precies matchen met een bacterie, Pantoea agglomerans. Die zou je kunnen aantreffen bij personen met een niet goed functionerend immuunsysteem. Is dat dan iets om je zorgen over te maken? Dat lijkt me niet. Als je opzoekt hoe dat zit met die bacterie kom je er al snel achter dat het gaat om een bacterie die bij planten voorkomt. Als je je bijvoorbeeld prikt aan een besmette plant, zou je een lokale infectie kunnen oplopen. Met een slecht functionerend immuunsysteem kan zo’n infectie uit de hand lopen en zelfs tot sepsis lijden. Dit komt echter zelden voor. En voor je de bacterie in neus of keel aantreft, is het met de persoon in kwestie waarschijnlijk al ernstig gesteld [*], zo iemand gaat niet voor een coronatest naar de teststraat.
Nog een probleempje: sommige primers zouden deels op elkaar kunnen plakken. Theoretisch vast ongewenst, maar levert het in de praktijk ook problemen op? Als ik de volgende paragraaf lees in het artikel van Corman, Drosten e.a., dan lijkt me dat ze dat getest hebben en uitgesloten als probleem:
Maar goed, zoals al gezegd, ik ben geen expert op dit gebied. Wat ik er wel uit opmaak is dat eigenlijk al dit soort kritiekpunten erop neerkomen dat de specificiteit van de Corman-Drosten test niet zo hoog zou zijn. Dat zou dan betekenen dat je veel vals positieven vindt. Dat is echter niet zo, zie daarvoor bijvoorbeeld een blog van de eerdere vermelde Mackay: The “false-positive PCR” problem is not a problem.
Een belangrijke makke van het ‘retraction report’ is het ontbreken van elk experimenteel bewijs dat de aangedragen theoretische bezwaren in de praktijk ook echt vals positieven veroorzaken.
‘Unieke vingerafdruk’ – Borgers creationisme sijpelt door?
Ook in het retraction report staat de ‘vondst’ van Borger dat SARS-CoV-2 een verzwakte variant van SARS-CoV zou zijn. Hij schreef dat al in het voorjaar op in een artikeltje in de American Journal of Biomedical Science & Research. Klinkt indrukwekkend, maar het blijkt een predatory journal. Grappig detail: omstreeks dezelfde tijd als dat de journal Borgers stuk publiceerde, accepteerden ze ook een artikel dat zo duidelijk fake was dat het door geen enkele serieuze peer review heen zou kunnen slippen.
Borger meent als eerste gezien te hebben dat in het rna van het huidige coronavirus een reeks codons (setje van 3 baseparen dat voor een eiwit codeert) voorkomt die haast gelijk is aan de overeenkomstige reeks in het SARS virus van 2003, en die zou uniek zijn. Voor Borger het bewijs (naast zijn verkeerde veronderstelling dat SARS en Covid-19 beide goed met chloroquine behandeld kunnen worden), dat het eigenlijk om dezelfde virussen en ziektes gaat. Het huidige coronavirus zou een afgezwakte variant zijn van SARS-CoV, minder dodelijk inmiddels, maar wel makkelijker verspreidbaar.
Het gaat in SARS-CoV om de eiwitreeks KTFPPTEPKKDKKKKTDEAQ. Nu is zo’n reeks sowieso al wat variabel, de afzonderlijke eiwitten kunnen door meerdere codons gecodeerd worden, Lysine (K) bijvoorbeeld door AAA en AAG. Borger haalt een Science artikel uit 2003 aan, waarin staat dat deze reeks uniek is voor SARS-CoV. Het is echter duidelijk dat je dat moet lezen als ‘we hebben het nog nergens anders aangetroffen’. Wie nu in de databases zoekt op die reeks komt erachter dat de reeks inmiddels in coronavirussen van diverse vleermuissoorten is aangetroffen en ook bij civetten. Daarmee valt het verhaal van Borger al grotendeels in duigen, maar er is ook onderzoek dat laat zien dat de evolutionaire ontwikkelingen die tot de twee virussen heeft geleid vanaf een gemeenschappelijke voorganger al aardig lang geleden uit elkaar zijn gaan lopen. Gepubliceerd in Nature Micriobiology, dus daar mogen we toch wel iets meer gewicht aan hechten dan aan Borgers publicatie in zo’n ‘u-betaalt-wij-publiceren’- tijdschrift.
Het ideetje van Borger paste denk ik iets te mooi in zijn versie van het creationisme om het te laten liggen. Gaat mij hier te ver om dat uit te diepen, maar als de lezer daar meer van wil weten, kan ik de uitvoerige bespreking van Bart Klink van Borgers boek Terug naar de oorsprong, of hoe de nieuwe biologie het tijdperk van Darwin beëindigt waarin het ook gaat over rna-virussen, van harte aanraden: De wetenschappelijke dwaalwegen van een creationistisch bioloog.
De lijst ondertekenaars
Over Borger heb ik het al genoeg gehad, maar wie zijn zijn 21 medestrijders? De lijst ‘lekte’ vroegtijdig uit. De website had pas maandag publiekelijk gemaakt moeten worden, maar iemand deelde al eerder een link, waarna de website beheerder en mede-ondertekenaar, 3D kunstenaar Bobby Malhotra, haastig een wachtwoord op de pagina’s zette. Net te laat om te voorkomen dat iemand die al in webarchieven had opgeslagen. Toen ik daarvan screenshots deelde, betichte Malhothra mij er zelfs van dat ik ze gefotoshopt zou hebben en dreigde nauwelijks verholen mij te gaan hacken. Een lekker heerschap.
Iemand anders die nauw betrokken was bij het schrijven van het rapport is prof. dr. Ulrike Kämmerer, die zich in Duitsland al stevig had geroerd in discussie over de PCR-test, maar bijvoorbeeld ook onzinnige diëten bij kanker promoot. Personen die wat nadrukkelijker als expert worden genoemd zijn die van dr. Michael Yeadon en Kevin McKernan. De eerste was iets belangrijks bij Pfizer (en vertelt onterecht dat de pandemie eigenlijk al over is) en McKernan is iemand die betrokken is geweest bij de ontwikkeling van machines om dna te sequencen. Die weet waarschijnlijk van het clubje nog het beste waar hij het over heeft, maar gaat net als Borger en Malhotra nogal lomp te keer op Twitter tegen o.a. Koopmans en Drosten.
Dan hebben we nog Thomas Binder, een Zwitserse cardioloog, die zich vorig jaar in de picture speelde met complottheorieën over de gifgasaanval in Douma. Rondom corona houdt hij ook nog vol dat er mogelijk een verband is tussen covid-19 en 5g. Eerder dit jaar werd hij enige tijd gedwongen opgenomen in een psychiatrische inrichting.
En bij de Italiaanse ondertekenaars treffen we dr. Stefano Scoglio aan. Een homeopaat, gepromoveerd in de filosofie, die meent dat hij genomineerd is geweest voor de Nobelprijs voor geneeskunde en een van die types is die blijft roepen dat het virus nooit is geïsoleerd.
Vul in de comments hieronder uw eigen bevindingen over deze of anderen van de lijst aan. Er is volgens mij nog genoeg interessants over ze vinden!
Besluit
Wat denken ze eigenlijk te bereiken met hun kritiek op de test? Waarom zou het artikel überhaupt ingetrokken moeten worden als de gekozen primers niet optimaal zijn? Die is immers niet gepresenteerd als de meest optimale test, maar als een test die snel ontworpen is, maar toch heel nuttig kan zijn in het begin van de pandemie. En er zijn inmiddels ook andere tests, met andere primers.
De suggestie die ze willen wekken is dat alle maatregelen die genomen zijn om de verspreiding van het coronavirus te beperken in feite afhangen van deze PCR-test, de eerste die officiële wetenschappelijke erkenning kreeg en door de WHO werd omarmd. Zou je dit steentje uit het bouwwerk van de coronabestrijding weten weg te toveren, dan zou alle grond voor die maatregelen wegvallen. Maar dat is natuurlijk flauwekul. De zieken die opgenomen moeten worden, hebben zonder PCR-test niet opeens een andere ziekte. En zonder PCR-test zou je bij verdenking op besmettelijkheid waarschijnlijk veel vaker en langer in quarantaine moeten, want dan zouden we weer aangewezen zijn op viruskweken die lang niet zo vaak lukken en zeker veel meer tijd in beslag nemen.
Op Twitter hebben ook anderen (waaronder Koopmans) al kritiek geleverd die geheel of delen van het ‘retraction paper’ bespreken. En nogmaals: met dit stuk probeer ik dat rapportje allerminst uitputtend te behandelen. Er zijn anderen die daar veel meer voor gekwalificeerd zijn dan ik, bijvoorbeeld de editorial board van Eurosurveillance, die hier vast een stevige reactie op zal formuleren.
(titelafbeelding: thiagolazarino |Pixabay)
[*] Update 3/12/2020: dit stel ik misschien wel iets te stellig. Er zijn wel onderzoeken die laten zien dat de bacterie ook bij een klein percentage gezonde mensen in de mondholte en de tonsillen is gevonden. Het voorkomen van de bacterie is echter niet voldoende om deze PCR-test positief te laten uitslaan, daar is nog wel meer voor nodig. Degene die het als mogelijk ontwerpprobleem opperde, McKernan, gaf op Twitter ook aan dat hij niet echt verwacht dat dit vals positieven zal veroorzaken. Het is dus eerder gemiereneuk over het ontwerp en dat de auteurs dit hypothetische probleem niet in het artikel hebben besproken.
Update 4/2/2012: Eurosurveillance verwerpt het verzoekt tot intrekking. De reactie gaat in op de snelle peer review en stelt na advies van vijf geraadpleegde onafhankelijke deskundigen:
The consulted experts confirmed that the Corman et al. article was scientifically adequate for its purpose and for the limited data and material available at this early stage in the COVID-19 pandemic. Any laboratory deciding to use the primers and protocol suggested in this article would ascertain the assay for its fitness for purpose and compliance with local quality and accreditation requirements; this is what has happened worldwide since the publication of the article. With more data and evolving knowledge, laboratories have since further improved the initial method, as per usual practice.
Steun Kloptdatwel
Waardeer je dit artikel? Je kunt onze site steunen met een financiële bijdrage. Dat waarderen wij dan weer! Een donatie kun je doen via dit betaalverzoek (of klik op de afbeelding hiernaast).
NB de rekening staat op naam van Maarten Koller, formeel eigenaar van deze site.
Hoi Klaas kan je ook zoveel aandacht besteden aan de makers van de Drosten paper? Quid pro quo? beineuwd naar je bevindingen
Altijd dat uiterst zwakke ‘maar hunnie dan!?!!’.
Doe het gewoon zelf indien u daar zo sterk de behoefte aan heeft.
Karel Vermeegen schreef “Hoi Klaas kan je ook zoveel aandacht besteden aan de makers van de Drosten paper? Quid pro quo? beineuwd naar je bevindingen”
Beste Karel,
Leuk dat je meedoet aan de discussie over Borger et al. (2020). Klopt mijn veronderstelling dat uit je reactie opgemaakt kan worden dat je vooralsnog geen gaten hebt weten te schieten in de inhoudelijke opmerkingen alhier van mij en van anderen op de tekortkomingen in Borger et al. (2020)? Daarnaast zou ik je willen adviseren om contact op te nemen met de redactie van Eurosurveillance als je vragen hebt over de achtergronden / hoedanigheden van de auteurs van Corman et al. (2020). Zoals bekend zit ik niet in de redactie van dit tijdschrift en zul je dit soort vragen dus moeten stellen aan de redactie van Eurosurveillance. Iedereen mag vragen stellen aan de redactie van Eurosurveillance over artikelen die in dit tijdschrift zijn verschenen. Dus geen probleem dat jij deze weg gaat bewandelen als je vragen hebt over auteurs van Corman et al. (2020).
Natuurlijk heb ik inhoudelijke argumenten waarom ik alhier aandacht heb besteed aan de achtergronden / hoedanigheden van de 22 auteurs van Borger et al. (2020).
(1): bij artikelen in Eurosurveillance vermelden de auteurs geen (academische) titels en hoedanigheden en staat bij ‘Affiliations’ alleen informatie over de ‘instituten’ waar ze aan zijn verbonden cq. namens wie ze het artikel hebben geschreven. De vraag rijst waarom zulke informatie dan wel staat vermeld in Borger et al. (2020).
(2): meerdere uitlatingen van hoofdauteur Pieter Borger en van anderen uit zijn team dat Borger et al. (2020) door 22 ‘experts’ is geschreven. De vraag kan rijzen wat voor expertise deze mensen allemaal in huis hebben.
(3): een constatering bij punt 10 in Borger et al. (2020): “We find severe conflicts of interest for at least four authors”. De vraag kan rijzen of er bij één of meer van de 22 auteurs van Borger et al. (2020) ook sprake zou kunnen zijn van iets wat in het Engels ‘hidden conflicts of interests’ wordt genoemd en wat je in het Nederlands zou kunnen vertalen tot ‘verstrengelde belangen die niet worden vermeld’.
(4): het uitblijven van heldere antwoorden als er een inhoudelijke reactie wordt gevraagd over beweringen over co-auteur Drosten. Gemakshalve via copy/paste even wat uit een discussie tussen Pepijn en ‘Clegane Roosvelt’ op https://www.pepijnvanerp.nl/2020/12/some-considerations-on-the-retraction-paper-for-the-corman-drosten-pcr-test/
Pepijn schreef: “When you write that Drosten has faked his credentials and even that he isn’t a professor, you are totally out of line. You’ve fallen for the defamatory tricks of his opponents. How you can even think that he fakes being a professor while he is listed as such by his employer is beyond my understanding.” ‘Clegane Roosvelt’ reageert hier als volgt op: “I cannot tell you too much now.”. Daar kun je dus helemaal niets mee.
Hoe zit dat bij hoofdauteur Pieter Borger? Die vermeldt in Borger et al. (2020) de volgende informatie over zijn affiliatie: “1) Dr. Pieter Borger (MSc, PhD), Molecular Genetics, W+W Research Associate, Lörrach, Germany”.
Pieter Borger vermeldt hier dus allerlei informatie over zijn titels / opleidingsniveau (“Dr.” en “MSc” en “PhD”) die hij helemaal niet hoeft te vermelden. Waarom doet hij dat? Wat is de betekenis van “Molecular Genetics”? Is dat een bedrijf ofzo? Of een onderzoeksinstituut? Iemand enig idee? Hoeveel mensen hebben een idee wat “W+W Research Associate, Lörrach, Germany” is? Waarom staat hier niet gewoon voluit de officiële naam “Wort und Wissen” = https://www.wort-und-wissen.org/ in plaats van de afkorting W+W? Gebrek aan ruimte? Een probleem met het maximaal aantal woorden wat je mag gebruiken voor artikelen voor Eurosurveillance? Bij andere artikelen in Eurosurveillance staan dit soort namen gewoon voluit geschreven. En waarom “Molecular Genetics” wel voluit schrijven en “W+W” niet voluit schrijven?
Met andere woorden, zijn er argumenten om te betogen dat hoofdauteur Pieter Borger hier niet heel helder aan de lezers van Borger et al. (2020) heeft verklaard dat hij een hard-core creationist is en dat Borger et al. (2020) daardoor vanuit een hard-core creationistisch wereldbeeld is geschreven?
Ik denk niet dat alle auteurs van het retraction paper creationisten zijn. Wel denk ik dat alle auteurs iets hebben tegen de aanpak van de coronacrisis en tegen de coronawetenschap. Ik weet niet hoe die auteurs zich verzameld hebben. Maar me dunkt dat de heer Borger een breed spectrum wilde aan opposanten wat betreft de coronacrisis en er voor waakte om geen louter creationistisch clubje te formeren. En lang niet elke creationist ageert tegen de corona-aanpak en tegen de coronawetenschap. Neem bijvoorbeeld de tweede-kamerfractievoorzitter van de SGP. Die man is weliswaar tegen verplichte vaccinaties en gelooft wellicht heilig in een zesdaagse schepping maar hij erkent wel dat het coronavirus bestaat, dat het gevaarlijk is, dat er maatregelen nodig zijn en dat vaccinaties op zich goed kunnen werken.
RV, dank voor de nuancering. Ik had ook niet willen betogen dat alle auteurs creationisten zijn.
Op onder andere https://www.dvhn.nl/extra/Experts-OMT-maken-zich-zorgen-over-fake-news-rondom-corona-26271577.html staat een recent bericht dat het OMT erg bezorgd is over visies die in Borger et al. (2020) worden verkondigd. Het Maasziekhuis Patein / Patein komt hierdoor in een lastig parket, want een medewerker van deze organisatie is één van de 22 co-auteurs (en dus ‘experts’) van Borger et al. (2020). Deze medewerker is er bovendien voor verantwoordelijk dat de review mede namens “Maasziekenhuis Pantein, Beugen, the Netherlands” is ingediend bij het tijdschrift Eurosurveillance.
Ondertussen is de communicatie met Patein op gang gekomen. Vanochtend ontving ik een e-mail van Olga ten Wolde, Hoofd Communicatie Pantein. In deze e-mail stond onder andere: “Hierbij berichten wij u dat we in gesprek gaan met de auteur die u noemt en die bij ons in dienst is.”
Ik heb zonet een reactie gestuurd waarin ik voorstel dat het, gezien de grote bezorgdheid van het OMT over de visies in Borger et al. (2020), onontkoombaar is dat Patein / Maasziekenhuis Patein maximaal afstand neemt van Borger et al. (2020), bijvoorbeeld in de vorm van een duidelijk persbericht.
Wordt ongetwijfeld vervolgd.
Op https://twitter.com/MackayIM/status/1336499850586718208 staan wat inhoudelijke kanttekeningen bij Borger et al. (2020). Via copy/paste:
“That website opinion attack piece on the Corman/Drosten RT-rPCR tests has a few confused & sometimes very wrong comments.
I’ll preface this thread with a *presumption* I’m making – these authors haven’t worked on or with this test themselves. And that matters a lot if true.
I’m not going through everything but here’s one from their “Top10 things I hate about this test” list. From Number 5. “nor does it contain any other negative controls”. But Corman et al. are actually very clear that negative controls were included.
“all assays were tested 120 times in parallel with water and no other nucleic acid except the provided oligonucleotides. In none of these reactions was any positive signal detected”
But even better, they tested primer specificity on a lot of human viruses, including CoVs: [met een verwijzing naar Tabel 2 on Corman et al. (2020)].
The outcome was good.
“Additional undiluted (but not quantified) cell culture supernatants were tested as summarised in Table 2. These were additionally mixed into negative human sputum samples. None of the tested viruses or virus preparations showed reactivity with any assay”
These cover all the types of viruses we’d expect to cause problems if since they may also be found in man samples at the same time/season. But they *didn’t* cause problems & this is because they are genetically distinct viruses (yes, even the human CoVs!). PCR is very specific.
Next, I’ll cover the “minor concerns” that the “INTERNATIONAL CONSORTIUM OF SCIENTISTS IN LIFE SCIENCES (ICSLS)” who put together the Corman-Drosten attack piece, had with the Eurosurveillance paper.
These are not about the science or test about editing text. These were issues with Tables and Figures & are actually problems with copyediting (ie the journal missed them). Yes, scientists make errors in writing (like other writersGezicht met tranen van geluk), usually caught by the journal.
1. nanomolar was sometimes incorrectly abbreviated as nm instead of nM. [met hierbij een verwijzing naar Tabel 1 in Corman et al. (2020)]
Scientists in this area kinda know what this should be used & it wouldn’t have had a single one rushing to reconstitute their oligos with a length (instead of a volume) of water. Easy typ0 for @Eurosurveillanc to correct.
2a. The Consortium declared “highly unusual to do [sic] alignment with reverse complementary writing of the primer sequence as the authors did in figure 2”. As stated in Fig title, it depicts oligo “binding regions”. It shows where they land. For 5′-3′ sequence, see Table 1 [met een verwijzing naar Figuur 1]
2b. Consortium: “in addition, a wobble base is marked as “y” without description of the bases the Y stands for.” Yep. Missed by reviewers & journal but in the actual primer sequence one would order, it’s an R (because the landing site is the reverse complement of the Rev primer)
Point 3. Consortium say it’s misleading to not have Tms and GC values in Table 1. Both are easily calculated by the user. However, I *never*, rely on the lab’s published Tm. It’s a guide at best. If I’m trying someone’s oligos, then I’m trying them in my house.
That means they will need optimisation on my cyclers, in my mix and in my hands. Similarly GC content is part of the design process. You care if you are designing your own (because you cntrl these variables then), but if you’ve decided to try someone else’s, then it is what it is.
So on these minor points – I’d agree. They are bloody minor. At best they are an oversight of the journal’s editing process and at worst, the authors could write to the journal asking for these to be corrected.”
Kunnen de auteurs van Borger et al (2020) hier een inhoudelijk weerwoord op geven?
Ik citeer uit een citaat dat de heer Van Dijk hier plaatste:
– I’ll preface this thread with a *presumption* I’m making – these authors haven’t worked on or with this test themselves. And that matters a lot if true. –
Met andere woorden, het is zinnig te veronderstellen dat Borger en de zijnen zelf geen daadwerkelijk onderzoek hebben gedaan naar de test in kwestie. Al met al hebben zij als voornoemde veronderstelling waar is, dus slechts een theoretische analyse gemaakt van de Corman-Drosten paper. Op zich is het vanzelfsprekend verre van incorrect om nader theoretisch te reflecteren op een paper van anderen. Integendeel. Maar als je fouten in iemands paper aantreft, dan is het wel verstandig om die fouten te illustreren met beter onderzoek dat daadwerkelijk is gedaan. Mocht zulk onderzoek evenwel niet aanwezig zijn, dan dien je eigenlijk zelf zulk onderzoek te verrichten.
Op https://www.dvhn.nl/groningen/UMCG-viroloog-Bert-Niesters-ongerust-over-vele-nieuwe-besmettingen.-Waarom-zei-premier-Rutte-dat-er-geen-extra-maatregelen-met-kerst-komen-Corona-krijgt-vrij-spel-26275102.html staat een recent interview met viroloog Bert Niesters. Deze publicatie is van gister.
De journalist vraagt: “Waar stoort u zich het meest aan?”
Bert Niesters zegt dan: “Je moet eens zien hoeveel kritiek er is op de PCR-test, terwijl die nergens op gestoeld is. Het is zelfs de politiek binnengeslopen. Meneer Van Haga (Kamerlid van Forum voor Democratie, red.) heeft ergens een afslag gemist. Maar zijn kritiek wordt heel breed uitgemeten. Moeten we dan niks doen? Kijk naar Amerika. Hoeveel doden daar zijn. Kijk naar het nieuws. Iedere dag weer. Hoe kun je dan met droge ogen zulke dingen beweren?”
Dit gaat dus onder andere over de review die namens een Nederlands ziekenhuis, te weten het Maasziekenhuis / Pantein, bij Eurosurveillance is ingediend.
Daarnaast staat op https://www.welt.de/wissenschaft/plus222065670/Virologe-Schmidt-Chanasit-Was-ist-dran-an-den-Corona-Geruechten.html een recent interview met https://twitter.com/ChanasitJonas
Welt vraagt aan deze viroloog: “Sie haben sich das Corman-Drosten-Review angesehen, was halten Sie davon?”
JCS zegt dan: “Es handelt sich um eine Mischung, wie man sie bei solchen Desinformationskampagnen häufig findet: Einige korrecte Aussagen, die in dem Zusammenhang aber nicht relevant sind, werden mit Falschaussagen zusammengerührt.”
Opnieuw een harde klap voor het Maasziekenhuis / Pantein.
RV schreef: “Maar als je fouten in iemands paper aantreft, dan is het wel verstandig om die fouten te illustreren met beter onderzoek dat daadwerkelijk is gedaan. Mocht zulk onderzoek evenwel niet aanwezig zijn, dan dien je eigenlijk zelf zulk onderzoek te verrichten.”
Dat klopt helemaal en geldt ook voor een ander onderdeel van Borger et al. (2020) [hier nog niet aan de orde geweest].
Op https://jcm.asm.org/content/early/2020/12/08/JCM.02676-20 staat een eergister gepubliceerd artikel (‘accepted manuscript’ versie) waarin deze stap wel is gezet. De titel van dit artikel luidt: “Variable sensitivity in molecular detection of SARS-CoV-2 in European Expert Laboratories: External Quality Assessment, June – July 2020”. Dit artikel is gebaseerd op onderzoek wat mede door het RIVM is uitgevoerd/ gecoördineerd.
Hoofdauteur Victor Corman van Corman et al. (2020), overigens niet 1 van de auteurs van dit nieuwe artikel, heeft hier een tweet over gemaakt. In deze tweet staat: “External Quality Assessment of SARS-CoV-2 Detection. Quite some diversity in diagnostic workflows.” Bron:
https://twitter.com/vmcorman/status/1337350448001540096
Vanzelfsprekend ben ik razend benieuwd naar een inhoudelijk weerwoord van de experts van Borger et al. (2020).
Viroloog Ian Mackay heeft ondertussen op Twitter meer inhoudelijk commentaar gegeven op Borger et al. (2020). Via https://twitter.com/MackayIM/status/1337252226788511745
“NEXT is the Consortium’s major concern No.1 which revolves around primer and probe (which I’ll call oligonucleotides, or “oligos) design. It’s a multipart point.
1a. Concentrations are “erroneous”.
No. Simple. Experts in use of PCR as an in vitro diagnostic test know that it’s really important to test a range of oligo concentration to find those which produce the best curve shape and earliest Ct values. We can do this with what’s called a chequerboard titration. This tests a range of oligo concentrations, in every permutation & combination.
An example shows concentration matters. If higher concentrations work better, that’s what you use. People unfamiliar with PCR for quality detection of pathogens in human samples may not do this, academia in particular, but its really important. And concs can vary for each test.
[grafiek staat op https://twitter.com/MackayIM/status/1337252248171114496 ]
Once optimal oligo mix is settled on, the validation process that follows will identify if there are any strange results. The concerns of 800nM or 900nM being too high is mostly a carryover from pre-real-time PCR (rPCR) days. It looks like Corman-Drosten did do this workup. [symbool duim omhoog]
Point 1b. The use of degenerate positions in oligos affects reliability. A degenerate position is a nucleotide position in an oligo that could be any of 1, or 2 or 3 or 4 of the nucleotides (A,C,G or T or sometimes a special base). We use a code when ordering the oligo. For e.g. [iets weggevallen / vergeten ?] we add a special code when we *order* the oligo, which tells the company to make a mix of oligos with each of the nucleotides at that position. See codes at https://bioinformatics.org/sms/iupac.html
If we ordered an oligo ACYTG we’d receive, in a tube, a mix of ACcTG and ACtTG oligos. This is used when we know or suspect that at a certain position, there might be viral variants, some of which have one or other (or other or other) sequence at that position. It’s not unusual & any are issues are again watched for during optimisation and validation.
1c. GC content-talked about [symbool van hand met omhoog wijzende wijsvinger]
1d. Not detecting whole genome & secondary structure.
This entire section has some very loose language. Not what I’d expect from experts who are fluent in eth lingo of this field. The suggestion that we should amplify the entire genome by RT-rPCR (“terminal primers on both ends of the viral genome”) is ridiculous. That is for whole-genome sequencing purposes which remains too slow for the sort of turnaround times we need from a pathology lab.
The idea that 3 distinct “primers” (tests?) need to be made to identify SARS-CoV-2 comes from, nowhere.
Two distinct targets would be ideal. More isn’t necessary but of course, if you have time & resources and sample, sure. But not essential.
The Consortium is also concerned that the entire genome is not being detected by 2 or 3 RT-rPCR tests.
It doesn’t have to be for an RT-rPCR to identify the presence of a virus in a person when that presence marks an abnormal presence (=infection). No RT-rPCR does this.
On language: “This is why the RT-PCR Test used in clinical routine for detection of COVID-19 is not indicated for COVID-19 diagnosis on a regulatory basis.”
We don’t detect COVID-19 with RT-PCR, we detect SARS-CoV-2. This highlights, again, a lack of basic understanding.
The Consortium identified a match for one primer with another pathogen but not the probe. The other primer’s nearest match was very distant (400k; & in the wrong orientation).
A non-starter. It takes 3 oligos to tango in an RT-rPCR.”
Raoul J de Groot (een Nederlander?) reageert via
https://twitter.com/raouljdegroot/status/1337350799446294529 als volgt hierop:
“I am in awe that you actually took the time and made the effort to point out the many flaws in this horrible piece. “une mer a boire…”
The authors make a song and dance about what they called unique fingerprints. “SARS-CoV1 and SARS-CoV-2 have two highly specific genetic fingerprints, which set them apart from the other coronaviruses.” It is a load of crock.
Take fingerprint 2: “Both SARS-CoV1 and SARS-CoV2 do not contain the HE protein, whereas all other coronaviruses possess this gene”. HE is in fact unique to a minor clade (embeco’s) within the BetaCoVs. I should know, have been working on HEs for decades.
It seems a such a waste of time to spend even a second on this type of nonsense. However, this “paper” was brought up in the Dutch parlement to disparage PCR testing. Dark times when crackpots cook up pseudoscientific BS with politicians using it for their questionable agendas.”
Ian Mackay reageert hier dan weer als volgt op: “Darker still when this opinion and attack on an expert lab’s staff gets raised in parliament, threatens scientific publications, and is considered of worth by others who call themselves professionals”
Goed, we hebben het hier dan dus over een rapport / review (Borger et al. 2020) wat mede namens Maasziekenhuis / Pantein bij Eurosurveillance is ingediend en waar de Kamervragen van Wybren van Haga op zijn gebaseerd.
Via https://twitter.com/WybrenvanHaga/status/1336932504176103425 : “Vooraanstaande wetenschappers bekritiseren #PCR-test maar het OMT noemt het ‘fake news’…”
Uit Borger et al. (2020): “14) Dr. Marjolein Doesburg-van Kleffens (MSc, PhD), specialist in Laboratory Medicine (clinical chemistry), Maasziekenhuis Pantein, Beugen, the Netherlands”
Het OMT heeft in haar 90e advies aandacht besteed aan (de publiciteit rond) Borger et al. (2020). Dit advies is van 7 december jl. en staat op https://www.rijksoverheid.nl/documenten/brieven/2020/12/08/90e-omt-advies
In dit advies staat op pagina 9: “Berichtgeving COVID-19 Het OMT maakt zich zorgen over berichten in de media dat SARS-CoV-2 niet echt zou bestaan of dat de PCR geen betrouwbare test is. Het OMT vindt het wenselijk dat hierover duidelijk wordt gecommuniceerd en dat hierover stelling wordt ingenomen door de beleidsmakers, waarbij men zich uitspreekt dat bewuste desinformatie onacceptabel is.”
Hier staat dus met zoveel woorden te lezen dat ook het OMT van mening is dat Borger et al. (2020) “desinformatie” bevat. Onder andere het Algemeen Dagblad heeft hier op 9 december aandacht aan besteed, zie
https://www.ad.nl/politiek/experts-omt-maken-zich-zorgen-over-fake-news-rondom-corona~afef142c/
In dit artikel in het AD staat onder andere: “De experts van het Outbreak Management Team zijn er bezorgd over dat nepnieuws over de coronatest en het virus zelf wordt verspreid. Dat schrijven ze in een kabinetsadvies. Sterker nog, de experts willen dat bijvoorbeeld politici duidelijk maken dat ‘fake news’ niet goed is.”
Pieter Borger reageerde op 10 december met een tweet op https://twitter.com/BorgerPieter/status/1336965790684340225 “Geen fake news… maar een fake PCR test! Stoppen met testen en we kunnen meteen terug naar normaal! Genoeg van fake news? Neem kennis van echte kennis: [link naar Borger et al. (2020)]”.
————-
Gister ook bericht van Olga ten Wolde, Hoofd Communicatie van Pantein. In deze e-mail staat onder andere:
“(…) maak ik me zorgen over het feit dat u een andere zienswijze meteen als nepnieuws classificeert.”
“Als ziekenhuis volgen wij de inzichten van het RIVM en de overheid als het gaat om corona. Die aanpak is gebaseerd op adviezen van het OMT.”
Volgens mij bevatten deze beide citaten tegenstrijdige informatie. Het OMT, zie hierboven, heeft namelijk juist vastgesteld dat Borger et al. (2020) nepnieuws bevat.
In deze e-mail staat verder:
“De affiliatie in de review is vermeld omdat dit vereist is bij een dergelijke publicatie.”
“Mevrouw Doesburg-Van Kleffens is bij deze review betrokken vanuit haar onafhankelijke wetenschappelijke achtergrond en niet als werknemer van het Maasziekenhuis.”
Ik heb Olga ten Wolde vandaag een reactie gestuurd waarin ik uitleg dat nergens op de website van Eurosurveillance staat vermeld dat het verplicht is dat bij alle auteurs een affiliatie van de werkgever moet staan. Ik heb Olga ten Wolde daarnaast verwezen naar het onderdeel ‘Author’s Affiliations’ in Borger et al. (2020). Hier staan namelijk diverse auteurs zonder informatie over affiliatie / werkgever / etc.
Voorbeelden hiervan zijn: “4) Dr. Clare Craig MA, (Cantab) BM, BCh (Oxon), FRCPath, United Kingdom; 7) Dr. Paul McSheehy (BSc, PhD), Biochemist & Industry Pharmacologist, Loerrach, Germany; 13) Dr. Stefano Scoglio, B.Sc. Ph.D., Microbiologist, Nutritionist, Italy; 18) Dra. Berber W. Pieksma, General Practitioner, The Netherlands.”
Met andere woorden, je hoeft dus helemaal niet je werkgever (bijvoorbeeld een schoenenfabrikant) te vermelden als je als privépersoon hebt meegewerkt aan Borger et al. (2020). Ik heb Olga ten Wolde er bovendien op gewezen dat op https://www.eurosurveillance.org/for-authors staat te lezen: “Submissions should conform to the Recommendation for the Conduct, Reporting, Editing and Publication of Scholarly work in Medical Journals, detailed by http://www.icmje.org/index.html ” Via deze link kom je op http://www.icmje.org/recommendations/browse/roles-and-responsibilities/author-responsibilities–conflicts-of-interest.html Daar staat in erg heldere taal dat het verplicht is voor alle auteurs om erg open te zijn over al hun achtergronden / bijbanen / overtuigingen, etc.
In Borger et al. (2020) staat momenteel: “14) Dr. Marjolein Doesburg-van Kleffens (MSc, PhD), specialist in Laboratory Medicine (clinical chemistry), Maasziekenhuis Pantein, Beugen, the Netherlands”
Als je de overbodige informatie weglaat staat er: “Marjolein Doesburg-van Kleffens, Maasziekenhuis Pantein, Beugen, the Netherlands”
Borger et al. (2020) is dus volgens mij gewoon een publicatie van Maasziekenhuis Pantein, want dat zijn nu eenmaal de regels van het spel. Wordt ongetwijfeld vervolgd.
– “Mevrouw Doesburg-Van Kleffens is bij deze review betrokken vanuit haar onafhankelijke wetenschappelijke achtergrond en niet als werknemer van het Maasziekenhuis.” –
Vanuit haar onafhankelijke wetenschappelijke achtergrond …. Men leze echter: vanuit haar onafhankelijke antroposofische achtergrond. Antroposofie en wetenschap bijten elkaar.
De antroposofie hanteert een creationisme, weliswaar geen biblicistisch christelijk creationisme maar een vreemd soort creationisme gebaseerd op de esoterische geschriften van Rudolf Steiner, de messias van de antroposofie. Of mevrouw Doesburg-Van Kleffens op orthodoxe wijze het Steineriaans creationisme aanhangt, weet ik niet. Misschien is ze wat betreft dat creationisme liberaal en vat ze het meer symbolisch op dan letterlijk. Maar misschien mengt ze het Steineriaans creationisme met een scheut biblicistisch creationisme zodat ze in de smaak viel bij Borger.
Voorts is de antroposofie tegen vaccinaties. Bij een enge ziekte volstaat een Steineriaans dieet van lucht, licht en meer van die vaagheden en zijn vaccinaties niet alleen overbodig maar ook gevaarlijk aangezien zij het lichaam verontreinigen. Alsof een eng virus het lichaam niet verontreinigt.
Mij dunkt dat een ziekenhuis dat de best wetenschappelijk onderbouwde zorg wil bieden, zich eigenlijk niet kan compromitteren aan een medicus/onderzoeker die tegen vaccinaties is en dus tegen goede medische zorg.
Het lijkt erop dat mevrouw Doesburg-Van Kleffens aan haar ziekenhuis-werkgever incorrecte informatie heeft verstrekt over haar nevenactiviteiten. Die nevenactiviteiten zijn immers geen onafhankelijke wetenschappelijke nevenactiviteiten maar al te eigenzinnige pseudowetenschappelijke activiteiten.
Tot slot ben ik van mening dat een ziekenhuis even gedecideerd tegen pseudowetenschappelijke beunhazen dient op te treden als een universiteit dat dikwijls doet. En dat het ziekenhuis in kwestie de opmerkingen van het OMT/RIVM inzake fake news aangaande corona zeer te harte dient te nemen.
RV, veel dank voor alle bijdragen over de antroposofische achtergronden van co-auteur Doesburg-Van Kleffens. Naar aanleiding hiervan heb ik Borger et al. (2020) weer helemaal doorgelezen. Nergens staat te lezen dat co-auteur Doesburg-Van Kleffens de antroposofische beginselen aanhangt en bestuurslid is van Antroposana. Bronnen: https://www.antroposana.nl/afdelingen/nieuws/9/aspirant-bestuurslid-antroposana-stelt-zich-voor en https://nl.linkedin.com/in/marjolein-doesburg-van-kleffens-14999618
Volgens mij is dit een ernstig probleem.
Want op http://www.icmje.org/recommendations/browse/roles-and-responsibilities/author-responsibilities–conflicts-of-interest.html (zie eerder) staat onder andere: “(…) Perceptions of conflict of interest are as important as actual conflicts of interest. (…) Although the presence of a relationship or activity does not always indicate a problematic influence on a paper’s content, perceptions of conflict may erode trust in science as much as actual conflicts of interest. (….) An author’s complete disclosure demonstrates a commitment to transparency and helps to maintain trust in the scientific process. (…) Other interests may also represent or be perceived as conflicts, such as personal relationships or rivalries, academic competition, and intellectual beliefs. (…). Purposeful failure to report those relationships or activities specified on the journal’s disclosure form is a form of misconduct, as is discussed in section III.B.”
Met andere woorden, co-auteur Doesburg-Van Kleffens had in Borger et al. (2020) moeten aangeven dat ze de antroposofische beginselen aanhangt (“intellectual beliefs”) en had in ieder geval i moeten vermelden dat ze bestuurslid was van Antroposana. In plaats daarvan heeft Doesburg-Van Kleffens de lezers van Borger et al. (2020) de onderstaande informatie over haar achtergronden / hoedanigheden voorgeschoteld.
“Dr. Marjolein Doesburg-van Kleffens (MSc, PhD), specialist in Laboratory Medicine (clinical chemistry), Maasziekenhuis Pantein, Beugen, the Netherlands”
Hoe moet deze gang van zaken worden beoordeeld?
In de e-mail van afgelopen vrijdag van Olga ten Wolde, Hoofd Communicatie van Pantein, staat ook: “Het is een review zoals die gebruikelijk is in het wetenschappelijke veld. Zo’n beoordeling hoort bij goede fundamenten voor wetenschap en beleid.”
Waar is deze uitspraak van Maasziekenhuis / Pantein over Borger et al. (2020) op gebaseerd? Op informatie die ze van Doesburg-van Kleffens hebben gekregen?
—————————————–
Via https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045 kan iedereen zien op wat voor manier informatie over de affiliaties van auteurs moet worden vermeld voor artikelen die aan dit tijdschrift worden aangeboden.
Bij co-auteur Marion Koopmans (en bij 3 andere co-auteurs) staat bijvoorbeeld “Department of Viroscience, Erasmus MC, Rotterdam, the Netherlands”.
Bij co-auteur Chantal Reusken (en bij 5 andere co-auteurs) staat bijvoorbeeld “National Institute for Public Health and the Environment (RIVM), Bilthoven, the Netherlands”.
Daarentegen staat in Borger et al. (2020) de volgende informatie over eerste auteur Pieter Borger:
“Dr. Pieter Borger (MSc, PhD), Molecular Genetics, W+W Research Associate, Lörrach, Germany”.
Daarnaast staat nergens in Borger et al (2020) dat Pieter Borger een hard-core creationist is (“intellectual beliefs”, zie hierboven). Hertaald naar de voorschriften voor artikelen voor Eurosurveillance staat er dan:
“Pieter Borger W+W, Lörrach, Germany”
Ik neig sterk naar de conclusie dat Pieter Borger volstrekt onvoldoende duidelijk heeft gemaakt aan lezers van Borger et al. (2020) dat hij als “Research Associate” is verbonden aan de entiteit Wort und Wissen ( https://veranstaltungen.wort-und-wissen.org/referenten/borger/ ).
[met daarbij de aanname dat “Molecular Genetics” geen entiteit is (bedrijf / stichting / instituut etc.]
—————————-
In commentaren op https://www.aerzteblatt.de/nachrichten/119185/Debatte-ueber-harten-Lockdown-in-den-kommenden-Wochen wordt uitgebreid ingegaan op Borger et al. (2020). Ene ‘André B.’ schrijft daar: (….) “Da sich diese Personen [ = de auteurs van Borger et al. (2020)] nicht selbst verteidigen können, so erlaube ich mir die Namen der beteiligten Forscher nochmals hier aufzulisten, so das sich bei Bedarf jeder selbst ein Bild über deren Qualifikationen machen kann. (….) “Dr. Marjolein Doesburg-van Kleffens, (MSc, PhD), specialist in Laboratory Medicine (clinical chemistry), Maasziekenhuis Pantein, Beugen, the Netherlands” (…)”.
Wie stelde ook alweer dat Maasziekenhuis / Pantein niets te maken heeft met visies die in Borger et al. (2020) worden verkondigd?
Vanzelfsprekend ben ik het volkomen eens met RV dat Maasziekenhuis / Pantein maximaal afstand moet houden van “pseudowetenschappelijke beunhazen”.
RV schreef : “(….) En dat het ziekenhuis in kwestie de opmerkingen van het OMT/RIVM inzake fake news aangaande corona zeer te harte dient te nemen.”
Helaas weigert Maasziekenhuis / Pantein vooralsnog publiekelijk afstand te nemen van Borger et al. (2020). In bovenstaande e-mail aan mij van Olga ten Wolde, het Hoofd Communicatie van Pantein, staat namelijk: “U vraagt ons om een vermelding op onze website te plaatsen. Aangezien het geen publicatie van het Maasziekenhuis is en wij er niet bij betrokken zijn, kunnen wij er ook geen afstand van nemen. Wij zullen dit daarom niet op onze website vermelden.”
Met andere woorden, Maasziekenhuis / Pantein zegt hier volgens mij met zoveel woorden dat ze ‘geen mening’ hebben over (visies in) Borger et al. (2020). Zucht…..
Daarnaast kreeg ik eergister een andere e-mail van Olga ten Wolde, een korte reactie op twee eerdere e-mails van mij aan haar. In deze nieuwe e-mail staat: “Ik zie dat u mij twee uitgebreide berichten heeft gestuurd. Ik ben niet in de gelegenheid om daar per omgaande op te reageren. U ontvangt binnenkort een reactie.”
Tot slot heb ik vanochtend een korte e-mail naar de redactie van Eurosurveillance gestuurd. Hierin staat onder andere: “The review [Borger et al. 2020, KvD] lists “Maasziekenhuis Pantein, Beugen, the Netherlands” as affiliation for this author (“Dr. Marjolein Doesburg-van Kleffens (MSc, PhD), specialist in Laboratory Medicine (clinical chemistry), Maasziekenhuis Pantein, Beugen, the Netherlands”).
Please note that a spokesperson of Maasziekenhuis Pantein, see below, has recently informed me that this hospital has nothing to do with this review. In other words, the review was not submitted on behalf of Maasziekenhuis Pantein to Eurosurveillance.”
Onderaan deze korte e-mail heb ik de complete e-mail wisseling gezet tussen mij en Olga ten Wolde. Ik heb mijn e-mail aan Eurosurveillance in cc aan Olga ten Wolde verzonden. Dat leverde een auto-reply op van het e-mail account van Olga ten Wolde. Hierin staat: “Op dit moment kan ik helaas niet op uw bericht reageren. Ik ben vandaag afwezig.”
Wordt ongetwijfeld wel weer eens vervolgd.
Gister aan het eind van de middag een reactie van Olga ten Wolde, Hoofd Communicatie Pantein. In deze reactie staat dat Maasziekenhuis / Pantein weigert om op haar website een bericht te zetten waarbij afstand wordt genomen van (visies en standpunten in) Borger et al. (2020), de door Maasziekenhuismedewerker Doesburg-Van Kleffens bij Eurosurveillance ingediende review.
Zoals iedereen met enige kennis van de Engelse taal zelf kan constateren staat zwart op wit in Borger et al. (2020) dat Maasziekenhuismedewerker Doesburg-Van Kleffens deze review mede namens Maasziekenhuis / Pantein bij Eurosurveillance heeft ingediend.
Olga ten Wolde, Hoofd Communicatie Pantein, herhaalde gister in haar reactie een eerder standpunt van Maasziekenhuis / Pantein: “De review is niet het standpunt van het ziekenhuis.”
Argumenten voor deze visie staan niet in deze e-mail. Met andere woorden: Maasziekenhuis / Pantein is niet in staat mijn gedegen argumentatie, in het bezit van Maasziekenhuis / Pantein, te weerleggen dat Borger et al. (2020) mede namens Maasziekenhuis / Pantein bij Eurosurveillance is ingediend. Met andere woorden, Maasziekenhuis / Pantein stelt wel iets, maar kan haar stelling niet met feiten onderbouwen.
Vanochtend daarom een formele klacht bij de IGJ ingediend over de huidige werkwijze van Maasziekenhuis / Pantein m.b.t. dit dossier en een formele klacht bij Maasziekenhuis / Pantein tegen Doesburg-Van Kleffens. De klacht tegen Doesburg-Van Kleffens telt 11 genummerde punten en “is een gevolg van een weigering van betrokkene om mee te werken aan eerdere voorstellen voor bemiddeling”.
In beide klachten verwijs ik naar een citaat van Marion Koopmans in een recente uitzending van Op1: “Als je gaat proberen om theorieën te verkondigen, waarvan echt evident duidelijk is dat die niet kloppen, dan ben je ondermijnend bezig vind ik. Daar moeten we toch iets op gaan verzinnen.”
Meldingen doen bij de IGJ en een klacht indienen bij de IGJ vallen volgens mij prima bij dit voorstel van Marion Koopmans. Verder stuurt de IGJ standaard een auto-reply met een uniek nummer. Mijn klacht staat dus nu geregistreerd onder nummer 2012 3375. Eerder had ik over deze zaak 2 meldingen bij de IGJ gedaan. Die meldingen staan geregisteerd onder de nummers 2012 2037 en 2012 3122.
Wordt vast wel weer eens vervolgd.
Gister rond het middaguur heeft de Inspectie Gezondheidszorg en Jeugd (IGJ) via Twitter aangekondigd nader onderzoek te gaan doen naar onder andere uitlatingen in Borger et al. (2020).
Op https://twitter.com/IGJnl/status/1340976759240581121 staat hierover: “We hebben meldingen gekregen over uitlatingen over het coronavirus en het vaccin daartegen. Er is mogelijk sprake van desinformatie. Een van de personen die zich hierover uitlaat profileert zich als arts. We nemen contact op met betrokkenen. Indien nodig treffen we maatregelen.”
Zoals bekend zijn minimaal 2 van de 22 auteurs van Borger et al. (2020) artsen met een BIG registratie.
Verder gister aan het eind van de dag een nieuwe e-mail van Olga ten Wolde, Hoofd Communicatie Pantein. Uit de inhoud ervan kan worden geconcludeerd dat Maasziekenhuis / Pantein blijft weigeren afstand te nemen van teksten met nepnieuws over de betrouwbaarheid van de PCR test van Maasziekenhuismedewerker Doesburg-Van Kleffens (Borger et al. 2020).
Verder kan iedereen nog steeds lezen in Borger et al. (2020) dat Maasziekenhuismedewerker Doesburg-Van Kleffens deze review mede namens Maasziekenhuis / Pantein bij Eurosurveillance heeft ingediend. Zie onder andere https://zenodo.org/record/4298004
Olga ten Wolde schrijft in deze e-mail van gister: “we hebben aangegeven dat het geen review van het Maasziekenhuis is.” Ik had eerder al een aantal malen aangegeven dat dit niet als zodanig in Borger et al. (2020) staat en dat Olga ten Wolde tot dan toe niet in staat was geweest om aan te geven waar in Borger et al. (2020) staat te lezen dat het niet mede namens Maasziekenhuis / Pantein bij Eurosurveillance is ingediend. Uit de reactie van gister van Olga ten Wolde komt naar voren dat mijn informatie niet doorkomt.
Ik heb mede naar aanleiding van het Twitterbericht van gister vandaag een nieuwe klacht bij de IGJ ingediend over deze werkwijze van zorgverlener Maasziekenhuis / Pantein. De IGJ stuurt standaard na een paar minuten een auto-reply waarin staat dat ze een klacht / melding in goede orde heeft ontvangen en dat aan de klacht / melding een uniek nummer is toegekend. Mijn klacht van vandaag heeft als nummer 2012 3999.
Wordt ongetwijfeld wel weer eens vervolgd.
Hoi weten jullie waarom het zo lang duurt voor Eurosurveillance de Retraction paper heeft afgekeurd? Pepijn heeft hem al 3 weken geleden als ondeugdelijk bestempeld. Zo moeilijk kan het toch niet zijn?
Hoi dank je dat je het leuk vindt dat ik mee doe aan de discussie. Echter ben ik niet in staat de Retraction Paper te analyseren net zo min als de Drosten paper. Zullen we dat aan de wetenschappers overlaten? Ik denk dat het goed is dat er discussie is. Zo hoort het in de wetenschap. Over 50 jaar zijn er weer andere inzichten. Het is goed om in discussie te blijven en open en transparant te communiceren. Dan is het niet interessant of iemand een creationist is. Sucharit Bhakdi stelt ook dingen ter discussie over dit virus en de manier hoe we het proberen te ‘bestrijden’. Hij is een Bhoeddist. Nou en? Hij heeft ook 30 jaar ervaring en is niet de minste in zijn vakgebied. Of luister eens naar Carl Heneghan (Carl James Heneghan is een Britse huisarts, een klinisch epidemioloog en een fellow van Kellogg College. Hij is directeur van het Centre for Evidence-Based Medicine van de Universiteit van Oxford en hoofdredacteur van BMJ Evidence-Based Medicin). Ik weet niet of hij katoholiek is of iets anders. Doet er niet toe. Het gaat om de inhoud en het gaat om of iemand iets te vertellen heeft omdat hij de nodige expertise heeft opgedaan.
Het gaat mij om dat we moeten uitkijken dat we van een tunnelvisie naar een kokervisie gaan en alles wat niet in ons verhaal past bestempelen als dom.
Vriendelijke groet,. Karel, wetenschappelijk opgeleid en medeburger.
hoi Karel, goed om te lezen dat jij een zeer goede opleiding achter de rug hebt en daardoor getraind bent in het lezen en interpreteren van wetenschappelijke stukken. Het is dus onzin om te beweren dat je op geen enkele manier een inhoudelijk discussie zou kunnen voeren over in ieder geval een aantal van de bedenkingen tegen Borger et al. (2020).
Ik zou je daarom willen aanraden onderstaand citaat uit 1944 van Jean-Paul Sartre goed door te lezen. In dit citaat heb ik een hier niet te noemen term vervangen door [COVID-19 deniers / covidiots].
“Never believe that [COVID-19 deniers / covidiots] are completely unaware of the absurdity of their replies. They know that their remarks are frivolous, open to challenge. But they are amusing themselves, for it is their adversary who is obliged to use words responsibly, since he believes in words. The [COVID-19 deniers / covidiots] have the right to play. They even like to play with discourse for, by giving ridiculous reasons, they discredit the seriousness of their interlocutors. They delight in acting in bad faith, since they seek not to persuade by sound argument, but to intimidate and disconcert. If you press them too closely, they will abruptly fall silent, loftily indicating by some phrase that the time for argument is past.”
Ik zal hierna inhoudelijk ingaan op een aantal andere opmerkingen in je beide postings.
Aan Karel
Mijns inziens bestaat de visie dat de aarde om de zon draait, al bijna 500 jaar. En me dunkt dat men over vijftig jaar nog steeds denkt dat de aarde om de zon draait. Sommige basale visies worden niet meer afgedankt.
Goed, kwantumfysica en relativiteitsfysica bijten elkaar het en der. Maar dat beseft elke fysicus. En dus is men druk doende om beide te verenigen in een soort zwaartekrachtkwantumfysica. Een zeer moeilijk karwei met voorlopig weinig resultaat. Maar hierbij spelen zeker geen tunnelvisies.
Geachte Klaas
Ik weet om welke tekst het gaat. Maar hoe kom jij op Sartre? Persoonlijk vind ik het prachtig als wetenschappers culturele bagage hebben. 🙂
Karel Vermeegen stelt: “Het is goed om in discussie te blijven en open en transparant te communiceren. Dan is het niet interessant of iemand een creationist is.”
Enerzijds heeft Karel gelijk met zijn stelling dat het niet van belang is dat Pieter Borger een hard-core creationist is. Anderzijds heb ik eerder uitgelegd dat het probleem juist is dat Pieter Borger totaal niet transparant heeft gerapporteerd in Borger et al. (2020) dat (a) hijzelf een hard-core creationist is en (b) dat dit weerwoord mede namens een creationistisch instituut bij het tijdschrift Eurosurveillance is ingediend.
De cruq is dus het gebrek aan transparantie / eerlijkheid. Je zou namelijk heel goed kunnen verdedigen dat hoofdauteur Pieter Borger niet eerlijk is geweest in Borger et al. (2020) over deze achtergronden. Daarnaast staat nergens op de website van Eurosurveillance dat dit tijdschrift geen artikelen zou willen publiceren die zijn aangeboden door auteurs die werken vanuit een creationistisch wereldbeeld / verbonden zijn aan een creationistisch instituut etc.
Vergelijk het bijvoorbeeld maar eens met de standpunten van sommige medische tijdschriften over artikelen die worden ingediend door vertegenwoordigers van de tabaksindustrie. In bijvoorbeeld https://www.bmj.com/content/347/bmj.f5193 staat: “As editors of the BMJ, Heart, Thorax, and BMJ Open we have decided that the journals will no longer consider for publication any study that is partly or wholly funded by the tobacco industry.”
Eerlijkheid is 1 van de cruciale kenmerken van wetenschap. (Net als overigens transparantie.) En dat is dus juist het kernprobleem als creationisten mee willen doen wetenschapsbeoefening. Deze creationisten zullen dan namelijk openlijk moeten erkennen, bijvoorbeeld door een duidelijke bronvermelding naar het dikke boek vol verhalen over vroeger, dat ze werken vanuit een creationistische visie. En dan is het meteen afgelopen, want de creationistische werkwijze is geen wetenschap. En daarom moeten creationisten noodgedwongen niet transparant zijn. En dat is nu eenmaal niet toegestaan in de wetenschap.
Wie zich verder wil verdiepen in het wereldbeeld van Pieter Borger raad ik aan om zijn recente publicatie “Free Science from Dogma. or: How the “Pseudogene” Hampered Scientific Progress” te lezen. Dit artikel staat in het ‘American Journal of Biomedical Science & Research’, een predatory journal. Pepijn verwijst in de hoofdtekst naar het niveau van dit tijdschrift. Dit artikel van Pieter Borger staat op http://dx.doi.org/10.34297/AJBSR.2020.08.001239
De eerste zin is meteen al een voltreffer: “That science and ideologically chosen terminology don’t go very well together is the tacit message of a recent article in Nature, which critisized the pseudogene concept [1]”.
Bron [1] is namelijk helemaal geen artikel in het tijdschrift ‘Nature’. Het is een artikel in het tijdschrift ‘Nature Reviews Genetics’. Zie https://www.nature.com/articles/s41576-019-0196-1 Is dit misleiding? Je zegt toch niet dat iets staat in een ‘recent article in Elsevier’, als het gaat om een artikel in 1 van de > 2000 wetenschappelijke tijdschriften van uitgever Elsevier? Het artikel van Pieter Borger bevat een aantal fraaie volzinnen:
“Dogmas can be obstacles to knowing and understanding; they are anti-scientific.”
“In order to obtain real knowledge, dogmas must therefore be kept out of science.”
“It was the darwinian dogma that provided a circular reasoning: evolution is true, so there must be pseudogenes; we perceive pseudogenes, so evolution is true.”
“Due to dogmatic, neodarwinian views of the DNA, the search for the functions of pseudogenes was neglected for more than forty years.”
Geen van deze citaten wordt vergezeld van bronnen. Het is een schrale troost dat donateurs van “The Independent Research Initiative on Information & Origins, 79540 Loerrach, Germany” (m.i. een andere term voor het creationistisch instituut Wort und Wissen) $1179 hebben moeten neertellen om dit soort teksten gepubliceerd te krijgen in een predatory journal.
Borger is nog altijd zijn theorie aan het verspreiden via twitter. O.a. hier
https://twitter.com/BorgerPieter/status/1341450337912311808
Dag Klaas, ik zal het dedain en de toon van je reactie negeren. Ook zal ik negeren dat ik wordt geassocieerd met een Covid19 ontkenner. Ik ben overigens fan van Sartre. Het is leuk wat je probeert, maar staat buiten deze context. Het zelfde zou je kunnen doen met het woord coronist. (zie verderop)
Er is zeker wel wat te doen over de PCR test. Laten we er van uit gaan de Retraction paper wordt afgekeurd. Dat lijkt er wel op toch? Dus geen zorgen daarover.
Dan nog is deze test niet geschikt voor het testen van een hele groep mensen met wat vage klachten. Hij moet ingezet worden in combinatie met een klinische diagnose. Daarvoor is de test ook bedoeld. Het WHO kwam 14 december ook met dit advies. Marion Koopmans en van Dissel beamen beiden dat de test geen besmettelijkheid aan kan tonen. Het aantal CT waarden is wel degelijk belangrijk om mee rekening te houden.
Er is een hele grote middengroep van mensen die terecht vragen stellen bij het beleid. Er is over veel zaken nog geen consensus in de wetenschap. Er wordt met oude inzichten gewerkt. Zoals grote druppels die de hoofdroute zouden zijn met alle gevolgen van dien. In april al is ingezet op een vaccin als enige redder. Ik vind dat nogal wat. Net doen of u alleen de waarheid in pacht heeft vind ik wat gek. Alsof u allen een nieuw soort religie aanhangt. Peter Borger een creationist, mag ik u dan een coronist noemen? Dit met een knipoog. Ik probeer hier te spiegelen.
Mij gaat het echt alleen om de inhoud. Ondertussen neem ik waar dat Covid19 een seizoensvirus is, zich verspreidt via de lucht en voor 99% van de mensen eigenlijk redelijk onschadelijk is. Gewoon cijfers van Euromomo en RIVM. De mensen die er erg ziek aan worden blijken veelal een slecht immuunsysteem te hebben (uitzonderingen daar gelaten). De landen die het zwaarst zijn getroffen hebben een relatief hoog aandeel van de bevolking met obesitas. Ook fijnstof in de lucht lijkt niet mee te werken. . Erwin Kompanje probeert in zijn blog een en ander in perspectief te zetten. Ook Jan Bonte…met zijn scherpe pen. Zelf woon ik in een gemeente in NL waar 0 (!) mensen in het ziekenhuis hebben gelegen. Pittige pandemie.
Maar goed ik trek mijn blauwe onderbroek aan en ga in de tuin de andere wappies besmettten. (ga er van uit dat u wel humor hebt?).
met vriendelijke groet Karel , medeburger
RV, het citaat van Sartre kwam ik tegen in een tweet van gister van iemand die ik regelmatig volg. De tweet verbond de huidige activiteiten van oa covidiots met het citaat van Sartre.
In deze tweet werd ook verwezen naar een citaat uit 1946 van George Orwell: “We are all capable of believing things which we know to be untrue, and then, when we are finally proved wrong, impudently twisting the facts so as to show that we were right. Intellectually, it is possible to carry on this process for an indefinite time: the only check on it is that sooner or later a false belief bumps up against solid reality, usually [in a hospital],”
Ook in dit citaat van George Orwell staat een andere term op de plaats van ‘[in a hospital]’.
Karel Vermeegen schreef: “Net doen of u alleen de waarheid in pacht heeft vind ik wat gek.” Nergens staat te lezen dat ik pretenteer de waarheid in pacht te hebben. Zou je daarom een beredeneerd weerwoord op mijn inhoudelijke kanttekeningen alhier bij Borger et al. (2020) kunnen geven om te onderbouwen dat het inderdaad klopt dat ik ‘doe of ik de waarheid in pacht heb’?
Karel Vermeegen schreef: “Net doen of u alleen de waarheid in pacht heeft vind ik wat gek. Alsof u allen een nieuw soort religie aanhangt.” Dit is een valse vergelijking, want het geloof in een schepping is gelijk aan het geloof van Nederlandse kinderen in Sinterklaas. Beide geloven zijn aangeleerd gedrag en hebben dus niets te maken met wetenschapsbeoefening.
Verder heb ik gemerkt dat mensen verbaasd waren over vrouwonvriendelijke uitspraken van Pieter Borger over onder andere OMT-lid Marion Koopmans, als hoogleraar verbonden aan de EUR en 1 van de vele co-auteurs van Corman et al. (2020). Ik ben totaal niet verbaasd over deze uitspraken. Pieter Borger baseert zich namelijk op citaten uit het dikke boek vol verhalen over vroeger. Hier staat onder andere:
“Een vrouw dient zich gehoorzaam en bescheiden te laten onderwijzen; ik sta haar dus niet toe dat ze zelf onderwijst of gezag over mannen heeft; ze moet bescheiden zijn.”
“Bovendien zullen ze er een gewoonte van maken hun tijd te verdoen door overal op bezoek te gaan; en dat niet alleen, in hun bemoeizucht praten ze ook over dingen die geen pas geven.”
Karel Vermeegen schreef: “Hoi weten jullie waarom het zo lang duurt voor Eurosurveillance de Retraction paper heeft afgekeurd? Pepijn heeft hem al 3 weken geleden als ondeugdelijk bestempeld. Zo moeilijk kan het toch niet zijn?”
Corman et al. (2020) kon binnen een dag inhoudelijk worden beoordeeld door minimaal 2 externe experts (dat is dus peer-review) omdat:
(a): de redactie van Eurosurveillance wist dat het manuscript eraan zat te komen en op grond van deze voorkennis afspraken had gemaakt met minimaal 2 van zulke experts dat die meteen aan de gang zouden gaan met hun beoordeling zodra het manuscript was ingediend;
(b): het niet uitgesloten is dat er in het voortraject met de redactie van Eurosurveillance en met anderen contact / overleg is geweest over eerdere versies van het manuscript;
(c): dit de normale gang van zaken is als er sprake zou kunnen zijn van snel om zich heen grijpende infectieziekten (bij mensen). Met andere woorden, het gaat hier niet om een wetenschappelijke publicatie over de interpretatie van tekens op oude papyrusrollen, maar om een nieuwe infectieziekte met potentieel zeer ernstige gevolgen. Met andere woorden, de werkwijze in het werkveld ’emerging diseases’ is anders dan die in bijna alle andere werkvelden.
Dit alles is niet het geval met Borger et al. (2020). Borger et al. (2020) staat namelijk vol met troep. Daardoor is er bij Eurosurveillance geen prioriteit voor het geven van een inhoudelijk oordeel over Borger et al. (2020). Daarnaast is er momenteel sprake van een wereldwijde pandemie en moeten alle zeilen worden bijgezet om deze pandemie te bestrijden. De deskundigen van Eurosurveillance hebben dus momenteel andere prioriteiten. Niet in de laatste plaats hebben een aantal van deze deskundigen Twitter en andere media gebruikt om Borger et al. (2020) tot de grond toe af te branden. Ook daarom is er totaal geen haast bij.
Ik denk dat het veel beter is dat Pieter Borger c.s. erkennen dat ze een manuscipt met vooral troep hebben ingediend bij Eurosurveillance en ik stel daarom voor dat Pieter Borger c.s. een open brief aan Eurosurveillance sturen waarin staat dat ze op grond van de vernietigende kritieken van externe deskundigen (op Twitter) hebben besloten de indiening van hun manuscript in te trekken.
Het onderdeel “B) METHODS AND RESULTS” van Borger et al. (2020) telt 9 genummerde onderdelen.
Onderdeel 8 heeft als titel: “8. The Corman-Drosten paper was not peer-reviewed”.
Dit is een zeer stellige uitspraak. ‘Was not peer-reviewed’ betekent dat Borger cs. stellen dat het artikel niet bijvoorbeeld een heel klein beetje en/of onvoldoende is onderworpen aan het oordeel van 1 of meer externe deskundigen. Niet = niet = nul = o. Dekt de titel de inhoud van de tekst van onderdeel 8? Hier staat:
“Before formal publication in a scholarly journal, scientific and medical articles are traditionally certified by “peer review.” In this process, the journal’s editors take advice from various experts (“referees”) who have assessed the paper and may identify weaknesses in its assumptions, methods, and conclusions. Typically a journal will only publish an article once the editors are satisfied that the authors have addressed referees’ concerns and that the data presented supports the conclusions drawn in the paper.” This process is as well described for Eurosurveillance [16].
The Corman-Drosten paper was submitted to Eurosurveillance on January 21st 2020 and accepted for publication on January 22nd 2020. On January 23rd 2020 the paper was online. On January 13th 2020 version 1-0 of the protocol was published at the official WHO website [17], updated on January 17th 2020 as document version 2-1 [18], even before the Corman-Drosten paper was published on January 23rd at Eurosurveillance.
Normally, peer review is a time-consuming process since at least two experts from the field have to critically read and comment on the submitted paper. In our opinion, this paper was not peer-reviewed. Twenty-four hours are simply not enough to carry out a thorough peer review. Our conclusion is supported by the fact that a tremendous number of very serious design flaws were found by us, which make the PCR test completely unsuitable as a diagnostic tool to identify the SARS-CoV-2 virus. Any molecular biologist familiar with RT-PCR design would have easily observed the grave errors present in the CD paper before the actual review process. We asked Eurosurveillance on October 26th 2020 to send us a copy of the peer review report. To date, we have not received this report and in a letter dated November 18th 2020, the ECDC as host for Eurosurveillance declined to provide access without providing substantial scientific reasons for their decision. On the contrary, they write that “disclosure would undermine the purpose of scientific investigations.” [24].”
De drie bronnen zijn: “[16] Eurosurveillance paper evaluation / review process. [17] Official recommendation of the Corman-Drosten protocol & manuscript by the WHO,published on January 13th 2020 as version 1.0 of the document. [24] ECDC reply to Dr. Peter Borger, 18th November 2020.”
Bovenstaande tekst komt uit https://web.archive.org/web/20201128002522/http://www.cormandrostenreview.com/ (een gearchiveerde versie van 28 november 2020).
Eerder heb ik uitgelegd dat er valide argumenten op tafel te leggen zijn dat de peer-review van Corman et al. (2020) wel degelijk volgens de regels van het spel is verlopen. Ik kan daaraan toevoegen dat iemand als Andrew Gelman meerdere malen op zijn blog https://statmodeling.stat.columbia.edu/ heeft gesteld dat het voor hem geen enkel probleem is om als peer-reviewers binnen een paar uur een manuscript te beoordelen. Meerdere auteurs van Borger et al. (2020) hebben dit soort kennis ook. Toch staat dit punt niet in Borger et al. (2020).
Zijn er argumenten dat Borger et al. (2020) hier bezig zijn geweest met het toeredeneren naar een vooraf vastgesteld doel?
Daarnaast voeren Borger et al. (2020) geen bronnen / eigen onderzoek aan om te onderbouwen dat het inderdaad erg uitzonderlijk is dat deze peer-review slechts 24 uur duurde. Opnieuw komt de vraag op of men hier bezig is geweest met het toeredeneren naar een doel.
Wouter Aukema heeft deze handschoen wel opgepakt. Die heeft via een script informatie van de website van Eurosurveillance gehaald, zie oa https://twitter.com/waukema/status/1340239145101365251 (de originele posting staat een stuk eerder).
Opnieuw komen vragen op. Waarom is niemand van de 22 auteurs van Borger et al. (2020) op het idee gekomen om dit te doen? Dan heb je in ieder geval data om je beweringen te ondersteunen. Nu roepen Borger c.s. maar wat.
Wel komt uit de gegevens van Wouter Aukema naar voren dat de tijdsduur van de peer-review van Corman et al. (2020) inderdaad uitzonderlijk kort was. Tegelijkertijd kun je daar tegen overstellen dat we toen te maken hadden met zeer gerede vermoedens dat er sprake was van een wereldwijde pandemie die op het punt van uitbreken stond (en dat er dus haast bij was).
Met andere woorden, goede wetenschappers zorgen er dus voor dat ze (a) eerst data genereren uit eigen onderzoek dan wel uit de literatuur, (b) op grond hiervan alle argumenten pro en contra op de inhoud tegen elkaar afwegen, (c) daarmee een tot de op dat moment meest waarschijnlijke verklaring op tafel leggen.
Borger et al. (2020) hebben zich daarentegen bediend van het klassieke argument van William Paley, zie https://en.wikipedia.org/wiki/The_Blind_Watchmaker Kort door de bocht, Borger et al. (2020) zijn in onderdeel 8 bezig geweest met het toeredeneren naar een vooraf vaststaand doel: het is zo onwaarschijnlijk dat 2 of meer experts binnen 1 dag een grondige beoordeling hebben kunnen uitvoeren van Corman et al. (2020) dat het niet anders kan zijn dat het correct is te stellen dat “The Corman-Drosten paper was not peer-reviewed”.
Ik probeer hier dus niet te betogen dat het zeker is dat de peer-review van Corman et al. (2020) goed is verlopen. Ik stel hier alleen maar dat Borger et al. (2020) een klassieke wijze van redeneren van creationisten hebben gebruikt voor hun bovenstaande conclusie.
Het onderdeel “METHODS AND RESULTS” van Borger et al. (2020) telt 9 genummerde onderdelen. Onderdeel 8 heb ik gister onder de loep genomen (zie hierboven).
Onderdeel 9 heeft als titel “Authors as the editors”. De tekst ervan luidt:
“A final point is one of major concern. It turns out that two authors of the CD paper, Christian Drosten and Chantal Reusken, are also members of the editorial board of this journal [19]. Hence there is a severe conflict of interest which strengthens suspicions that the paper was not peer-reviewed. It has the appearance that the rapid publication was possible simply because the authors were also part of the editorial board at Eurosurveillance. This practice is categorized as compromising scientific integrity.”
Bron [19] is “Eurosurveillance Editorial Board, 2020” en verwijst naar een gearchiveerde url van https://www.eurosurveillance.org/board Bovenstaande informatie staat in een op 28 november 2020 gearchiveerde versie van Borger et al. (2020) op https://web.archive.org/web/20201128002522/http://www.cormandrostenreview.com/
Ik heb hierover de volgende opmerkingen.
(1): de eerste zin bevat een niet-neutraal woord (“major”) en bevat geen achtergrondinformatie (bronnen dan wel eigen onderzoek) om vast te kunnen stellen dat het al dan niet terecht is dat hier “major” staat.
(2): de eerste zin is een stellige conclusie en bevat geen achtergrondinformatie (bronnen dan wel eigen onderzoek) om vast te kunnen stellen dat deze stellige conclusie al dan niet gerechtvaardigd is. Met andere woorden, Borger et al. (2020) roepen hier maar wat.
(3): de derde zin begint met een stellige conclusie (“Hence their is a severe conflict of interest”) die niet wordt onderbouwd dan wel wordt voorzien van kanttekeningen. Want is het wel zo dat er inderdaad standaard sprake is van “a severe conflict of interest” als twee auteurs ook lid van de redactie zijn? Ook hier kom ik tot de conclusie dat Borger et al. (2020) maar wat aan het roepen zijn.
(4): hetzelfde geldt voor het woord “strengthens” in het tweede deel van deze zin.
(5): het tweede deel van deze zin (“suspicions that the paper was not peer-reviewed”) komt niet overeen met de tekst van de titel van onderdeel 8 (“The Corman-Drosten paper was not peer-reviewed”). Het komt niet sterk over als je op de ene plek stellig beweert dat het A is en op een andere plek (flink wat) slagen om de arm houdt dat het A is.
(6): eerder heb ik uitgelegd dat er goede argumenten op tafel zijn te leggen dat het juist handig was dat een aantal van de auteurs van Corman et al. (2020) ook in de redactie van Eurosurveillance zaten. Met andere woorden, Borger et al. (2020) suggereren met hun tekst “It has the appearance that the rapid publication was possible simply because the authors were also part of the editorial board at Eurosurveillance.” iets wat ze niet hebben onderbouwd. Zie ook mijn eerdere opmerkingen.
(7): de laatste zin “This practice is categorized as compromising scientific integrity” komt daardoor uit de lucht vallen. Opnieuw geldt dat Borger et al. (2020) hier maar wat aan het roepen zijn cq. ook in onderdeel 9 bezig zijn geweest met het toeredeneren naar een vooraf vaststaand doel. En dat is dus niet hoe je een wetenschappelijk betoog opstelt.
Nogmaals, ik stel dus niet dat ik met zekerheid uitsluit dat bij de beoordeling van Corman et al. (2020) door de redactie van Eurosurveillance alles volgens de regels is gegaan. Wel kom ik opnieuw tot de conclusie dat Borger et al. (2020) ook in dit onderdeel vooral bagger bevat.
Borger et al. (2020) hebben dus wel een punt dat de namen en de teksten van de externe experts tot heden niet openbaar zijn. Dit hoeft dus ook niet volgens de regels van Eurosurveillance. Wel zijn er ondertussen voldoende (medische) tijdschriften waarbij deze informatie standaard naast het artikel staat. Bekende voorbeelden zijn de tijdschriften BMJ en BMJ Open. Wel blijft staan dat Borger et al. (2020) hun betoog over dit punt hadden moeten onderbouwen met goede voorbeelden en goede bronnen. Nu geldt opnieuw dat Borger et al. (2020) maar wat aan het roepen zijn geweest.
Karel Vermeegen schreef op 24 December 2020: “Dag Klaas, ik zal het dedain en de toon van je reactie negeren. Ook zal ik negeren dat ik wordt geassocieerd met een Covid19 ontkenner.”
Ik heb mijn vaccinatieboekje al klaarliggen en ik sta vooraan als het gaat om gevaccineerd te worden tegen het coronavirus. Daarnaast roep ik iedereen op om zich zo snel mogelijk te laten vaccineren.
Vanzelfsprekend ben ik bereid hier mijn excuses aan te bieden voor mijn taalgebruik als jij me hier laat weten dat jij eveneens vooraan staat om je tegen het coronavirus te laten inenten en daarnaast iedereen in je omgeving oproept om dit ook te doen. Jij hebt hier verteld dat je bent opgeleid aan een Nederlandse universiteit (‘wetenschappelijk opgeleid’). Je kunt je dus niet beroepen op onkunde. Het is jammer maar helaas, maar voor jou is het dus A of B. Meer smaken zijn er dus niet. Geen bericht is goed bericht, OK?
Verder heb ik erg goed geluisterd naar Neely Smit-Kroes in de meest recente uitzending van Buitenhof. Neely Smit-Kroes had een erg heldere boodschap en het is iemand die niet meer met meel in de mond hoeft te spreken.
Ken je overigens https://nl.wikipedia.org/wiki/Mary_Mallon ? (“Haar bekendheid is deels te danken aan haar felle ontkenning van haar rol in de besmettingen en haar weigering om te stoppen met werken als kok. Dit leidde uiteindelijk tot haar gedwongen internering.”)
Die Mary Mallon is een tijdje terug nog het onderwerp geweest van een vraag in ‘2 voor 12’. Er werd toen gevraagd welke ziekte ze verspreidde. Ik wist dat het typhes was, maar het antwoord bleek toch nog specifieker te moeten zijn.
Ik had helemaal geen antwoord geweten op die vraag, Renate. En dat terwijl ik toch vaak redelijk score op dat spelletje. Zo zie je maar, al weet je het één en ander, je weet lang niet alles. En vragen over eten, weet ik veel, al ben ik wat ik eet. 🙂 Vandaag gare rapen in de soep.
Die Mary Mallon is ook nog wel eens aangehaald door Orac, dus zo wist ik het. Ik heb een goed geheugen, dus veel van wat ik lees onthoud ik wel. Ik scoorde ook altijd wel aardig op dit spel. Alleen bij het woord moest ik verstek laten gaan.
Neelie Kroes heet sinds 1991 al niet meer Smit-Kroes, meneer van Dijk.
Op http://www.integralworld.net/visser194.html heeft skepticus Frank Visser (FV) een erg lezenswaardig verhaal over Borger et al. (2020) geschreven. Op Twitter ontstond hierover een discussie met Pieter Borger (PB).
PB: “Besides denialism and opinions of proponents (friends) of the Corman-Drosten Test, there is nothing in this “rebuttal” that qualifies as science.”
PB: “The conclusion of this essay: “…that the original Corman/Drosten PCR protocol was sub-optimal in certain respects, but excellent in others.” Indeed suboptimal! It shows the author does not understand the PCR method, and how suboptimalities affect the outcome and number of false positives. Be aware that this test is used as diagnostic test and that it is used to justify lockdowns, curfews, and quarantines. It must once more be emphasized, therefore, that such a test must be designed optimally, NOT suboptimally before release.”
PB: “Thanks for admitting that the Corman-Drosten test was suboptimal and thus a potential danger. Bad science requires reproach, not justification and defence. “Professing to be wise they became fools.””
FV: “”Of the seven different primer-probe sets and one testing kit that we evaluated, all were found to be highly specific with no false-positive results”. This study included the Corman primer-probe sets. Apparently you can only think in black & white terms.”
PB: “This again demonstrates you do not understand what you discuss. Just like @pjvanerp”
FV: “You are just reading with confirmation bias. In the next sentence it says: “All over the world different protocols are now used, and some PCR tests for SARS-CoV-2 perform better than others—but most do quite well.” You are fixated on an early test, disconnected from real science.”
Er staat in deze draad ook een reactie van VerpleegMan = https://twitter.com/vpknerd VerpleegMan reageert op het bovenste citaat van PB: “If that is the case, nothing in your letter qualifies as science either. Gotta love the irony there, Pieter.”
Renate1, dank voor je aanvullingen. Een vriend wees me gister op haar bestaan, daarvoor had ik nog nooit van haar gehoord.
Hans1263, klopt inderdaad, had het beter moeten formuleren, mijn excuses hiervoor.
Het creationistisch wereldbeeld van Pieter Borger (PB) blijkt o.a. uit onderstaande tweets. Deze tweets zijn van 22 en 24 december 2020 en zijn een reactie op https://www.sciencemag.org/news/2020/12/mutant-coronavirus-united-kingdom-sets-alarms-its-importance-remains-unclear
PB: “Er doen verhalen de rond dat er een gevaarlijke nieuwe SARS-CoV-2 mutant in de UK de ronde doet. Daarvoor bestaan echter geen wetenschappelijke aanwijzingen. De mutant heeft zich vrij snel verspreid, met name in London, maar aanwijzingen dat’ie ook gevaarlijker is, zijn er niet.”
PB: “De mutant heeft 17 extra mutaties, waarvan er 8 in het Spike gen zijn opgetreden. Een daarvan is een deletie-mutatie, waardoor er een aantal aminozuren uit het spike eiwit verdwijnen. Het virus is dus gewoon aan het vervallen.”
PB: “Door de wet van de genetische entropie (informatieverval) worden virussen door mutaties altijd zwakker, nooit sterker. De verwachting is dat ook het SARS-CoV-2 uiteindelijk zal muteren tot een griep-achtig verkoudsheidsvirus (zoals verschillende andere Coronavirussen).”
Een vervolg is er op 24 december 2020 in een discussie met Ruud Brouwer (RB):
RB: “Dit soort onzin komt er van @BorgerPieter Het sprookje van de “wet van genetische entropie” is bedacht voor John C. Sanford, een creationist die denkt dat de aarde jong (minder dan 10.000 jaar) is. Totale pseudowetenschap.”
PB: “(….) Genetische entropie is echt en Kondrashov bewijst het. Als je wilt weten wat evolutie is en hoe het werkt: [link naar boek van PB]”
RB: “Haha, een creationist die mij iets wil leren over evolutie? What’s next? Een flat earther die mij iets gaat vertellen over geografie?”
Zie https://en.wikipedia.org/wiki/John_C._Sanford voor achtergronden over John Sanford.
In een tweet van 29 december 2020 op https://twitter.com/BorgerPieter/status/1343964543404404737 gaat Pieter Borger opnieuw in op het verwijderen van zijn LinkedIn account.
“En daarom moet je de data altijd normaliseren! Waarom komt @MarionKoopmans nu met deze raad, vraag je je af? Past in haar angstverhaaltjes? Ik werd van Linkedin verband omdat genormaliseerde data (doden/positieve tests) geen reden tot paniek toonden.”
Pieter Borger reageert hier op onderstaande tweet van Marion Koopmans. Ook deze tweet is van 29 december 2020.
“Let op bij de dalende aantallen nieuwe besmettingen: er is duidelijk minder getest dan vorige week. https://www.rivm.nl/sites/default/files/2020-12/COVID-19_WebSite_rapport_wekelijks_20201229_1229.pdf Niet te vroeg juichen. We moeten het nog echt even volhouden met elkaar.”
Als genetische entropie zou bestaan in de mate die Borger zich voorstelt, dan waren er allang geen virussen meer. Het spul was dan allang weggeëntropiseerd.
Maarten Keulemans gaat ook nog even in op de betrouwbaarheid van de PCR-test.
https://www.volkskrant.nl/wetenschap/deugt-die-pcr-test-eigenlijk-wel~b193863c/
In het stuk staat overigens ook een link naar deze pagina.
Je schrikt er van, als je op de Borger-link klikt die Klaas van Dijk noemt. Vooral al je even verder scrollt. Wat een gore stinkende bagger! Woon ik in dít land vol tokkies? Ik prijs me gelukkig dat ik Twitter niet gebruik.
Ja, Hans,
ik zat ook even perplex toen ik al die gebrekkige “argumentaties” las. Alsof in die hoofden enkel kretologie en bagger zit. En twitter verleidt velen tot kretologisch gebagger. 🙂
Het hoofdstuk “METHODS AND RESULTS” van Borger et al. (2020) telt 9 genummerde onderdelen. Met andere woorden, de hoofdstukken ‘methoden’ en ‘resultaten’ zijn samengevoegd. Dit is wat vreemd, want bijna altijd zijn het gescheiden hoofdstukken in wetenschappelijke publicaties met resultaten uit onderzoek. Ik heb niet kunnen achterhalen waarom Borger et al. (2020) zijn afgeweken van deze gangbare werkwijze.
Na dit hoofdstuk volgt “SUMMARY CATALOGUE OF ERRORS FOUND IN THE PAPER”. Anderen hebben er al op gewezen dat het vreemd is dat dit onderdeel 10 genummerde punten telt. Het komt in ieder geval bij mij onlogisch over. Kennelijk heeft niemand van de 22 auteurs en de 2 ‘additional proof-readers’ dit gezien?
Daarnaast staat in onderdeel 10 van deze “SUMMARY CATALOGUE OF ERRORS FOUND IN THE PAPER” informatie die niet in het onderdeel “METHODS AND RESULTS” staat. Dat is een beginnersfout, want in een samenvatting na afloop van het hoofdstuk resultaten moet je niet informatie presenteren die niet in het hoofdstuk resultaten staat.
Opnieuw komt de vraag op hoe zorgvuldig en hoe nauwkeurig de 22 auteurs en de 2 ‘additional proof-readers’ van Borger et al. (2020) het manuscript hebben doorgelezen. De vele titels bij de namen van de auteurs en de achtergronden van hun (voormalige) werkgever geven aan dat in ieder geval deze auteurs geacht worden te weten dat ze op al dit soort details moeten letten bij het doorlezen en beoordelen van een manuscript waar hun naam aan wordt verbonden.
Met andere woorden, ik heb hier in een heel stel bijdragen laten zien dat je zonder enige inhoudelijke kennis van de PCR techniek allerlei tekortkomingen / gebreken kunt vinden in deze review, en dat het punten zijn die iedereen eruit kan halen die weet hoe je zulke manuscripten moet beoordelen.
Dus wat hebben al die 22 auteurs dan voor bijdrage aan dit manuscript geleverd? Van diverse auteurs is ondertussen bekend dat ze geen / weinig kennis hadden van de PCR test in de tijd toen dit manuscript werd geschreven.
Bron: https://web.archive.org/web/20201128002522/http://www.cormandrostenreview.com/ (de versie van 28 november 2020 van Borger et al. 2020).
Pepijn schrijft in zijn hoofdtekst: ” (…) er is ook onderzoek dat laat zien dat de evolutionaire ontwikkelingen die tot de twee virussen heeft geleid vanaf een gemeenschappelijke voorganger al aardig lang geleden uit elkaar zijn gaan lopen. Gepubliceerd in Nature, dus daar mogen we toch wel iets meer gewicht aan hechten dan aan Borgers publicatie in zo’n ‘u-betaalt-wij-publiceren’- tijdschrift.”
Bij “gepubliceerd in Nature” wordt verwezen naar https://www.nature.com/articles/s41564-020-0771-4 Deze link verwijst naar een publicatie in het tijdschrift “Nature Microbiology” https://www.nature.com/nmicrobiol/
Dat is wat anders dan een publicatie in het tijdschrift ‘Nature’. Artikelen in het tijdschrift Nature kun je vinden via https://www.nature.com/ Ik geef wel toe dat het verwarrend is dat uitgever “Springer Nature Limited” twee websites heeft voor de wetenschappelijke tijdschriften van deze uitgever:
(1): https://www.springer.com/gp
(2): https://www.nature.com/siteindex
Verder heb ik een aantal jaren geleden een drieweekse rondreis door het oosten van Turkije gemaakt. Ik kan daardoor met eigen ogen bevestigen dat de Ararat zo hoog is, dat deze berg van grote afstand zichtbaar is en dat de Ararat werkelijk overal bovenuit torent. Ik kan me dus goed voorstellen dat de Ararat is gebruikt bij de verhaaltjes over een boot vol dieren. Hoe zat het eigenlijk met planten op die boot? Zaten er ook virussen op die boot?
Later hebben we een bezoek gebracht aan Diyarbakır. Die stad ligt aan de Tigris. Ik heb daar een aantal uren rondgedwaald bij de stadsmuur. Je kon over een deel van die oude stadsmuur heenlopen. Dat heb ik natuurlijk gedaan. Vanzelfsprekend moest ik toen denken aan een bekende tekst in Deuteronomium 21: 18-21. Hierin staat wat ouders moeten doen met een “opstandige, onhandelbare zoon” die “ook na hardhandige bestraffing niet wil gehoorzamen”. Pieter Borger leest iedere avond een aantal uren in het dikke boek vol verhalen over vroeger en weet dus wel waar het om gaat.
Vanochtend had ik in de papieren versie van de Volkskrant al het artikel van Maarten Keulemans gelezen. Erg leuk dat in de digitale versie wordt verwezen naar deze blogpost.
In de Bijbel staat nergens dat God ook het primitieve leven schiep, wel dat hij het plantaardig en het dierlijk leven schiep. Ik vermoed derhalve dat er direct na de Zondvloed een soort herschepping plaats vond waarin de Himalaya, de virusjes en de bacterietjes ontstonden. Flauw? Ja en nee. Jonge-aardecreationisten gaan uit van een jonge aarde van zo’n 10.000 jaar. Om alle geologische formaties te verklaren hanteren ze de zogeheten zondvloedgeologie: tijdens de Zondvloed ontstonden de bergen en de continenten. Ze persen miljarden jaren aan geologische processen in veertig dagen. Ze persen de tijd ineen. En dat zie je ook terug in hun biologische artikeltjes. En misschien ook een beetje in het artikel van Borger contra de PCR-test. Misschien want ik weet het niet.
@RV
Je kunt natuurlijk beter alle religieuze sprookjes helemaal weggooien als zijnde totaal onbetrouwbaar en nutteloos en vervolgens alleen echt wetenschappelijk uitgevoerd onderzoek gebruiken. Gebruikmaken van beide, is als een gerecht bestaande uit haring en chocolade.
@Klaas van Dijk
Als ik hier even terzijde mag?
Uit eveneens eigen ervaring weet ik dat de Ararat een gigantische berg is. Je bent echt wel “even” bezig er langs te rijden.
Diyarbakir ken ik ook. Een week of 2 nadat ik daar over een stuk muur had gelopen, stortte precies daar een deel in. Toch zag het er allemaal best massief en stevig uit. Maar nee…
Helaas zijn die gebieden tegenwoordig onveilig resp. niet toegankelijk. Jammer, want oostelijk Turkije is prachtig.
Ik houd zowel van haring als chocolade, ik zou bijna zeggen twee dingen die ik heel erg lekker vind en waartussen ik niet zou kunnen kiezen, maar dat wil nog niet zeggen dat ik de combinatie smakelijk zou vinden. Hooguit een stuk chocolade in de vorm van een haring.
Clare Craig is 1 van de 22 auteurs van Borger et al. (2020). Ze heeft volgens het onderdeel “Author’s Contributions” geen enkele bijdrage aan deze review geleverd. Met andere woorden, Clare Craig is er kennelijk ongelezen mee akkoord gegaan dat haar naam aan de lijst met co-auteurs kon worden toegevoegd. Clare Craig zegt op 3 januari 2020 in een tweet over een recente grafiek met een exponentieel verloop van de situatie in het VK:
“This ain’t natural:”
Clare Craig zegt hier dus met zoveel woorden dat het niet anders kan dat er een niet-natuurlijke verklaring is voor het exponentiële verloop van deze grafiek. Niet-natuurlijke verklaringen zijn bijvoorbeeld activiteiten van gremlins.
Pouria Hadjibagheri is volgens zijn Twitter account ‘Technical and development lead of the UK COVID-19 Dashboard. Researcher in neuroscience, biomedical data science, and bioinformatics.’ Hij reageert dezelfde dag via https://twitter.com/Pouriaaa/status/1345882096636747777 op deze uitspraak:
PH: “It is dividing positivity by the value of one day. Such patterns are not unusual in an exponential growth. This is the graph using raw data: [met een grafiek, zie de tweet]”
X reageert: “But they are still all rising at the same rate post dec 21st. Why?”
PH: “They’re not rising at the same rate, but they’re all growing exponentially. This is consistent with an R number greater than one.”
X reageert: “They appear to all be growing with the same R number”
PH: “They are not. The differences are subtle. They’ll likely get more pronounced as more data are added.”
Clare Craig gebruikt op Twitter https://twitter.com/ClareCraigPath/ de naam ‘Dr Clare Craig’ en heeft in haar bio staan: “Diagnostic pathologist, lover of data, digital pathology and AI, sceptical but optimistic. Views my own not the RCPath’s.” Wellicht heeft Clare Craig onvoldoende kennis van statistiek / wiskunde en verkondigt ze daardoor dat het verloop in deze grafiek een niet-natuurlijke oorzaak moet hebben?
Yardley Yeadon is een andere co-auteur van Borger et al (2020) en doet op Twitter op de ochtend van 5 januari 2020 over dit soort grafieken de volgende uitspraak:
“I have never in almost 40y of looking at complex biological data seen anything less natural than this. Thus, the entire data series is suspect”.
Alweer iemand die verklaringen zoekt in niet-natuurlijke oorzaken voor exponentiële ontwikkelingen die er momenteel gaande zijn in het VK.
Gelukkig hebben wappies onlangs met elkaar afgesproken dat ze elkaar online herkennen aan de gele smilies bij hun profielen. Clare Craig en Yardley Yeadon hebben allebei een gele smily bij hun profiel staan. Iedereen weet daardoor meteen uit welke hoek de wind waait.
https://twitter.com/MichaelYeadon3 (“BSc biochem tox, PhD respiratory pharmacol. 32y new meds research. Left Pfizer 2011 as VP Respiratory. 2012 founded biotech Ziarco, sold to Novartis 2017.”).
Pieter Borger heeft ondertussen via Twitter gereageerd op het artikel van Maarten Keulemans in de Volkskrant.
“Vandaag bereikte mij een verhaaltje van een Volkskrant verslaglegger: @mkeulemans Zijn stukje staat bij de VK onder “Wetenschap”. Als wetenschapper probeerde ik voor de vele beweringen van Keulemans wetenschappelijk bewijsvoering te vinden. Maar er is niks. Zijn verhaaltje leest leuk, vlot zelfs, maar waarom wordt het bij de VK onder “wetenschap” gepubliceerd? Wat Keulemans schrijft is geen wetenschap, maar PCR apologetica. Had u ooit gedacht dat er zoiets als PCR apologetiek zou bestaan? Van een wetenschapper verwacht ik eigenlijk dat onze wetenschappelijke bezwaren tegen de Corman-Drosten Test worden behandeld. Van een PCR apologeet verwacht ik niks. Ja, PCR apologetiek. Van een historikus/anthroploog verwacht ik natuurlijk al helemaal niet dat’ie iets zinnigs over RT-PCR kan schrijven. Er is een passend nederlands gezegde: “Schoenmaker houdt u bij uw leest.”” Bron: https://twitter.com/BorgerPieter/status/1346120513492541442