Met veel tamtam hebben 22 ‘experts’ een verzoek ingediend om het eerste wetenschappelijke artikel waarin een PCR-test voor het coronavirus wordt voorgesteld in te trekken. Volgens dit clubje, aangevoerd door moleculair bioloog en creationist Pieter Borger, is er van alles mis met deze test. Die test is ontworpen door internationaal vooraanstaande wetenschappers als Christian Drosten en “onze” Marion Koopmans. Dus om aan te tonen dat ie niet deugt zul je met je argumenten van goeden huize moeten komen, maar dat valt hier nogal tegen.
De aandachttrekkerij voor hun actie die op sociale media al geruime tijd aan de gang was voor het daadwerkelijk indienen van hun ‘retraction paper’ heeft in zoverre succes dat het Russische propagandakanaal RT het heeft opgepikt en FvD Tweedekamerlid Wybren van Haga er kamervragen over heeft gesteld. Het Reformatorisch Dagblad, waarin Borger met enige regelmaat creationistische stukjes publiceerde, besteedde er ook aandacht aan, maar niet op een manier waar hij op gerekend had: “PCR-test overleeft stortvloed aan kritiek“. Volgens Borger had de journalist hem er achter de rug van de wetenschapsredactie om ingeluisd.
De kritiek op de ‘Corman-Drosten paper‘ (Victor Corman is de eerste auteur van het artikel) is vrij technisch van aard en voor iemand die geen expertise op het gebied van PCR in huis heeft, vaak lastig op waarde in te schatten. Ik heb die kennis zeker niet, dus zal me bescheiden opstellen. De club van 22 wordt door Borger onomwonden wel als experts voorgesteld (zie zijn tweet hierboven), terwijl dat duidelijk maar hooguit voor enkelen van hen opgaat. Een ondertekenaar, de Nederlandse kwaadsprekende neuroloog Jan Bonte, geeft het ruiterlijk toe op Twitter:
Aan het slot van dit stuk zal ik nog wat namen laten passeren van de lijst, zoals ik ook op Twitter al deed. Kritiek van (veelal anonieme) tweeps op dat commentaar is dat ik angstvalig zou vermijden op de inhoud van de kritiek van Borger c.s. in te gaan. Dat is aantoonbare onzin, maar een blog als deze leent zich wat beter om mijn opmerkingen op een rijtje te zetten.
Kritiek op Corman-Drosten et al. Eurosurveillance 2020
In het retraction paper (waarvoor ze een eigen website hebben ingericht [gearchiveerde kopie]) staan 10 punten van kritiek, ‘major scientific flaws’ in hun woorden. Die variëren van wobbly primers en problemen met annealing temperatures tot het ontbreken van een voorgeschreven afbreekpunt voor het aantal cycles. Het voert te ver om hier in detail uit te leggen hoe zo’n RT-qPCR test precies werkt, lees dat maar na op Wikipedia en lees bijvoorbeeld een interessant draadje van de Australische viroloog Ian Mackay op Twitter die uitlegt hoe je de procedure nu in de praktijk uitvoert.
Veel van de punten van kritiek komen er op neer dat de primers en probes die in het Corman-Drosten artikel worden voorgesteld niet goed gekozen zouden zijn. Het zijn juist die elementen die in de test (delen) van het rna van het coronavirus moeten herkennen en vermenigvuldigen en rna van andere bronnen links moeten laten liggen. Volgens Borger is de test ‘volledig aspecifiek’:
Dat de patiënten in de ziekenhuizen en op de IC’s met Covid-19 eigenlijk griep zouden hebben, is wat vreemd, gegeven het feit dat griep helemaal niet rondgaat op het moment zoals uit de NIVEL surveillance valt op te maken. Dat de Covid test zo aspecifiek zou zijn dat die ook bij influenza positief kan uitslaan, bedoelt Borger volgens mij ook weer niet.
In een eerder stuk op LinkedIn maakte Borger er wel een punt van dat de Corman-Drosten test ook positief uitslaat bij SARS-CoV (het SARS-virus dat in 2002/2003 opdook) en enkele andere (vleermuis)coronavirussen. Waarom dat precies een probleem zou zijn, kon hij mij toen niet uitleggen (screenshot van deel van de discussie, kort hierna werd Borgers LinkedIn-account verwijderd). De test is juist speciaal zo ontworpen dat hij ook positief is bij SARS-CoV, want materiaal van dat virusmateriaal was makkelijk verkrijgbaar voor laboratoria en kon dus als positieve controle gebruikt worden. Fout positieven levert het niet op aangezien dat virus niet meer is aangetroffen bij mensen sinds 2003, en die vleermuisvirussen natuurlijk ook niet. Drosten legde dat ook al eerder dit jaar helder uit in de media:
Andere risico’s op vals positieven?
Een van de primers zou ook precies matchen met een bacterie, Pantoea agglomerans. Die zou je kunnen aantreffen bij personen met een niet goed functionerend immuunsysteem. Is dat dan iets om je zorgen over te maken? Dat lijkt me niet. Als je opzoekt hoe dat zit met die bacterie kom je er al snel achter dat het gaat om een bacterie die bij planten voorkomt. Als je je bijvoorbeeld prikt aan een besmette plant, zou je een lokale infectie kunnen oplopen. Met een slecht functionerend immuunsysteem kan zo’n infectie uit de hand lopen en zelfs tot sepsis lijden. Dit komt echter zelden voor. En voor je de bacterie in neus of keel aantreft, is het met de persoon in kwestie waarschijnlijk al ernstig gesteld [*], zo iemand gaat niet voor een coronatest naar de teststraat.
Nog een probleempje: sommige primers zouden deels op elkaar kunnen plakken. Theoretisch vast ongewenst, maar levert het in de praktijk ook problemen op? Als ik de volgende paragraaf lees in het artikel van Corman, Drosten e.a., dan lijkt me dat ze dat getest hebben en uitgesloten als probleem:
Maar goed, zoals al gezegd, ik ben geen expert op dit gebied. Wat ik er wel uit opmaak is dat eigenlijk al dit soort kritiekpunten erop neerkomen dat de specificiteit van de Corman-Drosten test niet zo hoog zou zijn. Dat zou dan betekenen dat je veel vals positieven vindt. Dat is echter niet zo, zie daarvoor bijvoorbeeld een blog van de eerdere vermelde Mackay: The “false-positive PCR” problem is not a problem.
Een belangrijke makke van het ‘retraction report’ is het ontbreken van elk experimenteel bewijs dat de aangedragen theoretische bezwaren in de praktijk ook echt vals positieven veroorzaken.
‘Unieke vingerafdruk’ – Borgers creationisme sijpelt door?
Ook in het retraction report staat de ‘vondst’ van Borger dat SARS-CoV-2 een verzwakte variant van SARS-CoV zou zijn. Hij schreef dat al in het voorjaar op in een artikeltje in de American Journal of Biomedical Science & Research. Klinkt indrukwekkend, maar het blijkt een predatory journal. Grappig detail: omstreeks dezelfde tijd als dat de journal Borgers stuk publiceerde, accepteerden ze ook een artikel dat zo duidelijk fake was dat het door geen enkele serieuze peer review heen zou kunnen slippen.
Borger meent als eerste gezien te hebben dat in het rna van het huidige coronavirus een reeks codons (setje van 3 baseparen dat voor een eiwit codeert) voorkomt die haast gelijk is aan de overeenkomstige reeks in het SARS virus van 2003, en die zou uniek zijn. Voor Borger het bewijs (naast zijn verkeerde veronderstelling dat SARS en Covid-19 beide goed met chloroquine behandeld kunnen worden), dat het eigenlijk om dezelfde virussen en ziektes gaat. Het huidige coronavirus zou een afgezwakte variant zijn van SARS-CoV, minder dodelijk inmiddels, maar wel makkelijker verspreidbaar.
Het gaat in SARS-CoV om de eiwitreeks KTFPPTEPKKDKKKKTDEAQ. Nu is zo’n reeks sowieso al wat variabel, de afzonderlijke eiwitten kunnen door meerdere codons gecodeerd worden, Lysine (K) bijvoorbeeld door AAA en AAG. Borger haalt een Science artikel uit 2003 aan, waarin staat dat deze reeks uniek is voor SARS-CoV. Het is echter duidelijk dat je dat moet lezen als ‘we hebben het nog nergens anders aangetroffen’. Wie nu in de databases zoekt op die reeks komt erachter dat de reeks inmiddels in coronavirussen van diverse vleermuissoorten is aangetroffen en ook bij civetten. Daarmee valt het verhaal van Borger al grotendeels in duigen, maar er is ook onderzoek dat laat zien dat de evolutionaire ontwikkelingen die tot de twee virussen heeft geleid vanaf een gemeenschappelijke voorganger al aardig lang geleden uit elkaar zijn gaan lopen. Gepubliceerd in Nature Micriobiology, dus daar mogen we toch wel iets meer gewicht aan hechten dan aan Borgers publicatie in zo’n ‘u-betaalt-wij-publiceren’- tijdschrift.
Het ideetje van Borger paste denk ik iets te mooi in zijn versie van het creationisme om het te laten liggen. Gaat mij hier te ver om dat uit te diepen, maar als de lezer daar meer van wil weten, kan ik de uitvoerige bespreking van Bart Klink van Borgers boek Terug naar de oorsprong, of hoe de nieuwe biologie het tijdperk van Darwin beëindigt waarin het ook gaat over rna-virussen, van harte aanraden: De wetenschappelijke dwaalwegen van een creationistisch bioloog.
De lijst ondertekenaars
Over Borger heb ik het al genoeg gehad, maar wie zijn zijn 21 medestrijders? De lijst ‘lekte’ vroegtijdig uit. De website had pas maandag publiekelijk gemaakt moeten worden, maar iemand deelde al eerder een link, waarna de website beheerder en mede-ondertekenaar, 3D kunstenaar Bobby Malhotra, haastig een wachtwoord op de pagina’s zette. Net te laat om te voorkomen dat iemand die al in webarchieven had opgeslagen. Toen ik daarvan screenshots deelde, betichte Malhothra mij er zelfs van dat ik ze gefotoshopt zou hebben en dreigde nauwelijks verholen mij te gaan hacken. Een lekker heerschap.
Iemand anders die nauw betrokken was bij het schrijven van het rapport is prof. dr. Ulrike Kämmerer, die zich in Duitsland al stevig had geroerd in discussie over de PCR-test, maar bijvoorbeeld ook onzinnige diëten bij kanker promoot. Personen die wat nadrukkelijker als expert worden genoemd zijn die van dr. Michael Yeadon en Kevin McKernan. De eerste was iets belangrijks bij Pfizer (en vertelt onterecht dat de pandemie eigenlijk al over is) en McKernan is iemand die betrokken is geweest bij de ontwikkeling van machines om dna te sequencen. Die weet waarschijnlijk van het clubje nog het beste waar hij het over heeft, maar gaat net als Borger en Malhotra nogal lomp te keer op Twitter tegen o.a. Koopmans en Drosten.
Dan hebben we nog Thomas Binder, een Zwitserse cardioloog, die zich vorig jaar in de picture speelde met complottheorieën over de gifgasaanval in Douma. Rondom corona houdt hij ook nog vol dat er mogelijk een verband is tussen covid-19 en 5g. Eerder dit jaar werd hij enige tijd gedwongen opgenomen in een psychiatrische inrichting.
En bij de Italiaanse ondertekenaars treffen we dr. Stefano Scoglio aan. Een homeopaat, gepromoveerd in de filosofie, die meent dat hij genomineerd is geweest voor de Nobelprijs voor geneeskunde en een van die types is die blijft roepen dat het virus nooit is geïsoleerd.
Vul in de comments hieronder uw eigen bevindingen over deze of anderen van de lijst aan. Er is volgens mij nog genoeg interessants over ze vinden!
Besluit
Wat denken ze eigenlijk te bereiken met hun kritiek op de test? Waarom zou het artikel überhaupt ingetrokken moeten worden als de gekozen primers niet optimaal zijn? Die is immers niet gepresenteerd als de meest optimale test, maar als een test die snel ontworpen is, maar toch heel nuttig kan zijn in het begin van de pandemie. En er zijn inmiddels ook andere tests, met andere primers.
De suggestie die ze willen wekken is dat alle maatregelen die genomen zijn om de verspreiding van het coronavirus te beperken in feite afhangen van deze PCR-test, de eerste die officiële wetenschappelijke erkenning kreeg en door de WHO werd omarmd. Zou je dit steentje uit het bouwwerk van de coronabestrijding weten weg te toveren, dan zou alle grond voor die maatregelen wegvallen. Maar dat is natuurlijk flauwekul. De zieken die opgenomen moeten worden, hebben zonder PCR-test niet opeens een andere ziekte. En zonder PCR-test zou je bij verdenking op besmettelijkheid waarschijnlijk veel vaker en langer in quarantaine moeten, want dan zouden we weer aangewezen zijn op viruskweken die lang niet zo vaak lukken en zeker veel meer tijd in beslag nemen.
Op Twitter hebben ook anderen (waaronder Koopmans) al kritiek geleverd die geheel of delen van het ‘retraction paper’ bespreken. En nogmaals: met dit stuk probeer ik dat rapportje allerminst uitputtend te behandelen. Er zijn anderen die daar veel meer voor gekwalificeerd zijn dan ik, bijvoorbeeld de editorial board van Eurosurveillance, die hier vast een stevige reactie op zal formuleren.
(titelafbeelding: thiagolazarino |Pixabay)
[*] Update 3/12/2020: dit stel ik misschien wel iets te stellig. Er zijn wel onderzoeken die laten zien dat de bacterie ook bij een klein percentage gezonde mensen in de mondholte en de tonsillen is gevonden. Het voorkomen van de bacterie is echter niet voldoende om deze PCR-test positief te laten uitslaan, daar is nog wel meer voor nodig. Degene die het als mogelijk ontwerpprobleem opperde, McKernan, gaf op Twitter ook aan dat hij niet echt verwacht dat dit vals positieven zal veroorzaken. Het is dus eerder gemiereneuk over het ontwerp en dat de auteurs dit hypothetische probleem niet in het artikel hebben besproken.
Update 4/2/2012: Eurosurveillance verwerpt het verzoekt tot intrekking. De reactie gaat in op de snelle peer review en stelt na advies van vijf geraadpleegde onafhankelijke deskundigen:
The consulted experts confirmed that the Corman et al. article was scientifically adequate for its purpose and for the limited data and material available at this early stage in the COVID-19 pandemic. Any laboratory deciding to use the primers and protocol suggested in this article would ascertain the assay for its fitness for purpose and compliance with local quality and accreditation requirements; this is what has happened worldwide since the publication of the article. With more data and evolving knowledge, laboratories have since further improved the initial method, as per usual practice.
Klaas van Dijk says
Thomas Binder, 1 van de 22 auteurs van Borger et al. (2020), is weer terug op Twitter. Zie https://twitter.com/Thomas_Binder Viskweker annex vitaminepillenverkoper Simon Goddek was al wat langer weer terug op Twitter. Simon Goddek https://twitter.com/goddeketal is nogal blokkerig. Daarom ook een link naar een gearchiveerde versie van zijn account, zie https://archive.is/xDp2h
Klaas van Dijk says
Ondertussen is de uitspraak van de kantonrechter over het ontslag op staande voet van Rogier Louwen gepubliceerd, zie https://uitspraken.rechtspraak.nl/#!/details?id=ECLI:NL:RBROT:2022:11606 Zie ook https://www.rtlnieuws.nl/economie/life/artikel/5358639/ontslag-docent-erasmus-kritiek-testen-vaccinatie-corona De complete ontslagbrief van Erasmus MC is daardoor nu voor iedereen te lezen. In de ontslagbrief staan 2 tweets van Pieter Borger (‘persoon 5’ in de uitspraak). Beide tweets zijn van 3 juni 2022.
(1): “Beste mensen, we hebben de PCR test van @ [naam persoon 10] getest, waar ook @ [naam persoon 7] zogenaamd aan meewerkte. Volgende week online. Het kostte een jaar maar ja, wetenschappelijke vooruitgang kost tijd omdat je veel experimenten moet doen.”
(2): “Volgende week ga ik u ook vertellen hoe het Erasmus ons tegenwerkte om de data publiek te maken. Alles zwart op wit. 100% betrouwbare journalistiek. Basel. Rotterdam. Overal dezelfde sciëntisme geest. Science is dead.”
De ontslagbrief schetst een ontluisterend beeld van de teloorgang van Rogier Louwen. Totaal verwapt en totaal niet meer voor rede vatbaar. Het was dus volkomen terecht dat Erasmus MC Rogier Louwen op staande voet heeft ontslagen.
In de uitspraak staat zorgelijke informatie over de beide preprints die Rogier Louwen recentelijk samen met onder andere Pieter Borger heeft gepubliceerd.
Pieter Borger verzwijgt in beide preprints dat hij is verbonden aan Wort und Wissen, https://veranstaltungen.wort-und-wissen.org/referenten/borger/ Alleen al op grond van dit punt is er in beide preprints in strijd gehandeld met een norm in Hoofdstuk 3 van de Gedragscode. Het gaat om norm 44 (“wees open en volledig over de rol van externe belanghebbenden, opdrachtgevers, financiers, mogelijke belangenconflicten en relevante nevenwerkzaamheden.”).
Klaas van Dijk says
Voor zover mij bekend is het voor christenen niet toegestaan om valse getuigenissen af te leggen. Deze week kwam naar voren dat een diepgelovige christen, de welbekende jonge-aarde creationist Pieter Borger (tegenwoordig werkzaam bij Wort und Wissen, een zwaar christelijke organisatie van jonge-aarde creationisten), het geen probleem vindt om willens en wetens valsheid in geschrifte te plegen dan wel om willens en wetens documenten te falsificeren. Falsificeren is een doodzonde voor iedere wetenschapper en heeft als gevolg dat de geloofwaardigheid van een wetenschapper 0 is en 0 blijft. De details zijn na te lezen via https://twitter.com/pjvanerp/status/1628693746014425090 (gearchiveerd op https://archive.is/AEcne en op https://archive.is/LsXA5 ). Opnieuw krijgen we een blik op de achtergronden en op de werkwijze van de auteurs van dit malle retraction request.
Klaas van Dijk says
Er is wat ophef over het onterecht gebruiken van de beschermde academische titel ‘Dr.’ door co-auteur Jan Bonte in het bewuste manuscript over de PCR test wat is aangeboden aan het tijdschrift Eurosurveillance. Daarom hieronder twee links naar gearchiveerde bronnen waarin heel erg duidelijk staat dat Jan Bonte de beschermde academische titel ‘Dr.’gebruikt.
(1): https://web.archive.org/web/20201128002522/http://www.cormandrostenreview.com/
(2): https://web.archive.org/web/20210209000812/cormandrostenreview.com/icsls/
Voor alle duidelijkheid, Jan (G.J.) Bonte is (en was destijds) een BIG geregistreerde neuroloog die niet is gepromoveerd (aan een Duitse universiteit). Hij mag daardoor niet de titel ‘Dr.’ (of ‘dr.’ of ‘Dr. med.’) gebruiken.
In Duitsland, maar ook in Oostenrijk, is het de regel dat artsen die aan een medische faculteit zijn gepromoveerd zich ‘Dr. med.’ mogen noemen. De titel ‘Dr. rer. nat.’ wordt in landen als Duitsland en Oostenrijk verleend aan mensen die aan een Duitse of aan een Oostenrijkse universiteit in de natuurwetenschappen zijn gepromoveerd. Al deze mensen hebben in Nederland het recht om de beschermde academische titel ‘Dr.’ (of ‘dr.’) te gebruiken.
Klaas van Dijk says
Hoofdauteur Pieter Borger blijkt al geruime tijd een “Research Associate” te zijn van LOGOS, zie https://www.logosresearchassociates.org/about-us/dr.-pieter-borger Volgens een gearchiveerde versie was dit in ieder geval al zo op 28 januari 2021. Het is vooralsnog onduidelijk of Pieter Borger deze relevante nevenfunctie / (extra) affiliatie al had op het moment dat hij dit retraction request bij Eurosurveillance heeft ingediend. Wel is duidelijk dat Pieter Borger in alle recente publicaties deze relevante nevenfunctie / (extra) affiliatie heeft verzwegen. Goede vriend G weet gelukkig veel te vinden en het Internet Archief heeft veel bewaard.
Daarnaast wordt opnieuw duidelijk dat het wel degelijk correct is om te stellen dat het verplicht is voor Pieter Borger om altijd te verkondigen dat de Aarde <10.000 jaar oud is. Pieter Borger haalt in debatten op Twitter altijd alles uit de kast om dit niet volmondig toe te geven. De informatie op deze website, onder andere op https://www.logosresearchassociates.org/teachingpoints en https://www.logosresearchassociates.org/convictions is wat dat betreft erg duidelijk.
Ik begrijp er dus niets van dat Pieter Borger altijd alles uit de kast haalt om niet volmondig toe te geven dat het verplicht voor hem is om te verkondigen dat de Aarde <10.000 jaar oud is.
Klaas van Dijk says
In een commentaar van mij uit november 2022 staat dat vier van de zes auteurs van het retraction request, Ulrike Kämmerer, Rainer Johannes Klement, Pieter Borger en Klaus Steger, een preprint hebben gepubliceerd die beschouwd kan worden als een opvolger van dit retration request. De titel ervan was “Major Shortcomings of the First Who-Recommended RT-QPCR to ‘Detect’ SARS-CoV-2 and to ‘Diagnose’ COVID-19”. De subtitel was “NGS Provides Evidence that Successive Waves of SARS-CoV-2 Variants Lack Genomic Relationship”.
Begin april 2023 is deze preprint gepubliceerd in het “International Journal of Vaccine Theory, Practice, and Research”. Dit tijdschrift is niet al te lang geleden opgericht door een stel notoire antivaxxers c.s. Het artikel staat op https://ijvtpr.com/index.php/IJVTPR/article/view/71 en de titel is nu “RT-PCR Test Targeting the Conserved 5′-UTR of SARS-CoV-2 Overcomes Shortcomings of the First WHO-Recommended RT-PCR Test”. De inhoud maakt duidelijk dat het om hetzelfde manuscript gaat.
Auteur Rogier Louwen vermeldt “Department of Medical Microbiology and Infectious Diseases, Erasmus University Medical Center Rotterdam, Rotterdam, Netherlands” als eerste / belangrijkste affiliatie bij zijn naam. Het gaat dus om een Erasmus MC artikel. Dit is een erg vreemde gang van zaken, want auteur Rogier Louwen is in juni 2022 op staande voet ontslagen door het Erasmus MC, zie een eerder commentaar van mij voor de bron met achtergronden over dit ontslag.
Bovendien mogen (voormalige) medewerkers van het Erasmus MC geen artikelen in dit soort tijdschriften publiceren. Dat valt af te leiden uit norm 52 in hoofdstuk 3 van de ‘Nederlandse Gedragscode Wetenschappelijke Integriteit 2018’. Daarin staat: “richt geen wetenschappelijk tijdschrift op dat op publicaties niet de vereiste kwaliteitscontroles toepast en verleen geen medewerking aan zo’n tijdschrift”.
In een draad op https://twitter.com/MarionKoopmans/status/1644018441332858894 staat een korte reactie van professor Koopmans op dit nieuwe artikel.
Daarnaast is er onduidelijkheid over de affiliatie van Pieter Borger. Ik kan niets vinden over een “Independent Research Institute on Information and Origins, Lörrach, Germany”. Het is mij totaal onduidelijk wat dit is. Daarnaast heeft Pieter Borger meerdere affiliaties / relevante (neven)functies verzwegen, zie https://pubpeer.com/publications/FF2FA4AD7C790C3A0DDEDC1B5B0F9E Het verzwijgen hiervan is niet toegestaan volgens de Gedragscode. In norm 44 staat: “wees open en volledig over de rol van externe belanghebbenden, opdrachtgevers, financiers, mogelijke belangenconflicten en relevante nevenwerkzaamheden”. Erasmus MC / Rogier Louwen is volgens norm 33 van deze Gedragscode verantwoordelijk / aansprakelijk voor dit verzwijgen van relevante (neven)functies van Pieter Borger in deze publicatie (“alle auteurs zijn volledig verantwoordelijk voor de inhoud van het wetenschappelijke product, tenzij dit daarin anders is vermeld”).
Wordt vast vervolgd.
Klaas van Dijk says
Het broddelwerk van Pieter Borger c.s. is ook opgenomen in de “EUR & Erasmus MC Research Portal” op https://pure.eur.nl/en/ (“Welcome to the Erasmus University Rotterdam & Erasmus MC Research Portal. On this portal you will find information on research output, researchers, research units, and other related content connected to the Erasmus University Rotterdam and Erasmus MC. You can use the search bar above to quickly look for specific publications or use the advanced search or many filter options the portal provides for more detailed information.”). Gearchiveerde versies staan onder andere op https://web.archive.org/web/20230708080442/https://pure.eur.nl/en/publications/major-shortcomings-of-the-first-who-recommended-rt-qpcr-to-detect en op https://web.archive.org/web/20230708080727/https://pure.eur.nl/en/publications/reliable-detection-of-sars-cov-2-rna-using-rt-qpcr-critically-dep
Klaas van Dijk says
Op 20 en op 22 januari 2023 had ik bij de Commissie Wetenschappelijke Integriteit (CWI) van het Erasmus MC een klacht ingediend over bovenstaande twee preprints van Rogier Louwen. Op 7 november 2023 heeft de Raad van Bestuur van het Erasmus MC besloten de beide klachten gegrond te verklaren en het advies van de CWI in zijn geheel op te volgen. Het advies van de CWI is van oktober 2023. De afhandeling van mijn beide klachten heeft dus enige tijd geduurd, maar het resultaat is boven verwachting. De CWI heeft zich erg goed verdiept in deze zaak en uiteindelijk zijn nagenoeg al mijn punten gegrond verklaard. In het advies van de CWI staan zelfs zaken die ik niet had aangevoerd. Een voorbeeld is dit punt over auteurschappen.
“3.3.7 Auteurschappen. De CWI heeft verder opgemerkt dat manuscript 2 [Voogd et al. 2022, KvD] is aangeboden bij een preprint server ondanks bezwaren van één van de oorspronkelijke auteurs. De overige auteurs hebben ervoor gekozen om deze beoogd laatste auteur weg te laten, in plaats van tegemoet te komen aan de door hem, in de ogen van de CWI terechte, ingebrachte bezwaren. Hiermee wordt geen recht gedaan aan zijn inbreng in het onderzoek (norm 29), worden auteurschappen niet eerlijk verdeeld (norm 30) en geven niet alle (beoogd) auteurs goedkeuring aan de definitieve versie van het wetenschappelijk product (norm 32).”
Het uiteindelijk oordeel van de CWI is snoeihard.
“3.5 Weging van het niet-naleven van normen. Of de kwalificatie ‘schending’ van toepassing is op het niet-naleven van normen is afhankelijk van een weging van het handelen van Beklaagden aan de hand van onder meer de in paragraaf 3.1 genoemde factoren. Deze weging leidt naar het inzicht van de CWI tot de conclusie dat er sprake is van een schending van de wetenschappelijke integriteit door Beklaagde 1[= Rogier Louwen, KvD], en wel op basis van de volgende criteria:
* Het niet-naleven is niet beperkt tot één norm, maar omvat in ieder geval 10 van de 11 onderzochte normen [de normen 13, 15, 16, 18, 29, 30, 32, 34, 39 en 52, KvD], bij twee verschillende manuscripten;
* De CWI is van mening dat hier geen sprake is van slordigheid of onwetendheid, maar bewust niet-naleven;
* Er is mogelijk een groot effect op het vertrouwen in de wetenschap (door de samenleving) door de verspreiding van gekleurde en mogelijk onjuiste informatie, waarbij één van de effecten kan zijn dat testen of vaccinatie wordt ontmoedigd.
Uitgaande van het kwalificatiemodel van hoofdstuk 5 van de Gedragscode vallen norm 15, 16, 13, 34, 39, 52, 29 en 32 niet binnen de categorie van ‘duidelijkste schendingen van de wetenschappelijke integriteit’, en zal er slechts bij uitzondering aanleiding zijn dit te kwalificeren als een schending. In dit geval is er naar mening van de CWI echter voldoende grond om deze niet-nalevingen als geheel ook te beschouwen als een schending, nu het gaat om uitgebreide en op meerdere vlakken vastgestelde overtredingen.”
“3.6 Conclusie van de CWI. Gelet op bovenstaande concludeert de CWI dat er sprake is van het onvoldoende naleven van normen en principes zoals geformuleerd in de Gedragscode door Beklaagde 1 [= Rogier Louwen, KvD], en daarmee heeft Beklaagde 1 de wetenschappelijke integriteit geschonden. De CWI adviseert de Raad van Bestuur de klacht tegen Beklaagde 1 [= Rogier Louwen, KvD] op alle ontvankelijke onderdelen gegrond te verklaren. (…). Aangezien Beklaagde 1 niet langer in dienst is van het Erasmus MC, zijn verdere (arbeidsrechtelijke) maatregelen richting Beklaagde 1 niet mogelijk. De CWI adviseert de Raad van Bestuur Beklaagde 1 te vragen zelf een verzoek om terugtrekking van diens beide artikelen in te dienen, en daarbij aan te geven dat als hij dit niet binnen 2 weken doet, het Erasmus MC hiertoe over gaat. De CWI adviseert daarnaast de betrokken afdeling te ondersteunen bij eventuele andere te nemen maatregelen. Hierbij valt te denken aan:
* indien geen actie door Beklaagde 1 wordt ondernomen, een verzoek tot terugtrekking van beide artikelen vanuit de afdeling, aan journal en preprint servers;
* een publiek statement van het Erasmus MC over deze terugtrekking en de redenen
daarvoor;
* het verwijderen van de publicaties / preprints uit de Pure repository.”
Zie https://www.eur.nl/over-de-eur/beleid-en-reglementen/integriteit/wetenschappelijke-integriteit voor een link naar de Gedragscode. De normen staan in Hoofstuk 3.
Hans1263 says
Gefeliciteerd! Bewondering voor uw vasthoudendheid..
Klaas van Dijk says
Beste Hans1263, ik heb er niet eens heel veel extra’s voor hoeven te doen. Ik kan slechts constateren dat er een erg groot verschil is met de gang van zaken bij de christenen van de VU bij meerdere klachten tegen hun mede-christen Ronald Meester. De christenen van de VU vonden en vinden het geen probleem dat Ronald Meester geen data en software op hoeft te hoesten, de christenen van de VU vonden en vinden het geen probleem dat Ronald Meester verwijst naar totaal onbetrouwbare bronnen en de christenen van de VU vonden en vinden het geen enkel probleem dat Ronald Meester samenwerkt met charlatans en datasjoemelaars. De christenen van de VU vonden en vinden het ook geen enkel probleem dat Ronald Meester de meest aperte onzin verkondigt over de coronavaccins. Uiteraard gaat Ronald Meester dan door. Op https://virusvaria.nl/een-analyse-van-de-oversterfte-op-basis-van-leeftijd-en-geslacht-de-mogelijke-rol-van-covid-19-uitgestelde-zorg-en-vaccins/ staat een recent voorbeeld. Ronald Meester zegt hier: “Het is evident dat vaccinatie op geen enkele wijze bij heeft gedragen aan de bescherming van onze gezondheid: de oversterfte stijgt nog steeds.”
Dit is dus een standpunt van de christenen van de VU. Je zult er maar hebben gestudeerd en je zult er maar werken.
Het contrast met de gang van zaken bij het Erasmus MC kan bijna niet groter zijn. Hieronder nog wat citaten uit het advies van de CWI van het Erasmus MC.
“3.3.2 Samenwerking met partners die de gedragscode en de principes van wetenschappelijke integriteit niet onderschrijven. Klager voert aan dat beklaagde bij de manuscripten een samenwerkingsverband is aangegaan met Peter Borger, Ulrike Kämmerer, Rainer Klement en Klaus Steger. Deze auteurs worden door Klager omschreven als pseudowetenschappers en antivaxxers. In dat kader voert Klager diverse bronnen aan. Beklaagde wil geen inhoudelijke reactie geven, maar laat op 24 mei 2023 weten dat de auteurs van de manuscripten overwegen aangifte te doen tegen Klager. (…) Informatie op social media of dergelijke persoonlijke internet sites is niet altijd betrouwbaar, maar zou naar de mening van de CWI wel reden moeten zijn geweest voor Beklaagde 1 om te beoordelen of het in de norm bedoelde vertrouwen aan (enkele van) de samenwerkingspartners kon worden gegeven of misschien had moeten worden heroverwogen. Klager verwijst daarnaast naar de respons van Eurosurveillance ( https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.5.2102041 ) op het verzoek van het ‘International Consortium of Scientists in Life Sciences’ om de publicatie van Corman te herroepen. Dit tijdschrift heeft na grondig
onderzoek in februari 2021 besloten dat niet voldaan is aan de criteria voor herroeping omdat het artikel (waar in de preprints dus opnieuw kritiek op wordt geuit) voldeed aan de wetenschappelijke eisen. (…..). In de tussentijd is één van de manuscripten echter wel gepubliceerd in het International Journal of Vaccine Theory, Practice, and Research, onder een aangepaste titel: “RT-PCR Test Targeting the Conserved 5’-UTRof SARS-CoV-2 Overcomes Shortcomings of the First WHO Recommended RT-PCR Test”. Hiermee zou de CWI kunnen constateren dat dit manuscript de wetenschappelijke toets van peer review heeft doorstaan. In paragraaf 3.3.4 komt de CWI hier op terug waarom zij denkt dat dit toch niet het geval is. (…) Samenvattend is de CWI van mening dat de samenwerking met de auteurs van de manuscripten inderdaad heeft geleid tot een niet-naleven van norm 15. De CWI acht dit klachtonderdeel dan ook gegrond.”
Dit is buitengewoon slecht nieuws voor Pieter Borger.
“3.3.3 Rapportage van onafhankelijk expert. De CWI heeft voor de inhoudelijke beoordeling van de manuscripten een inhoudelijk expert betrokken. Het rapport van de deskundige is hieronder opgenomen (….). Op basis van dit rapport concludeert de CWI dat manuscript 1 inderdaad inhoudelijke tekortkomingen heeft. Daarmee wordt norm 16 onvoldoende nageleefd.” [“16. Wees precies en accuraat bij de uitvoering van hetonderzoek.]
Opnieuw slecht nieuws voor Pieter Borger.
“3.3.4 Het zich laten leiden door buiten-wetenschappelijke belangen, argumenten of voorkeuren. Norm 18 geeft aan dat een onderzoek niet zo mag worden uitgevoerd dat de uitkomst in één of andere richting geduwd wordt. Norm 52 heeft betrekking op het niet publiceren in tijdschriften met een discutabele reputatie. Klager voert aan dat het toevoegen van enkele selecte referenties voorbeelden zijn van de manier waarop Beklaagde, samen met de andere auteurs, aangeven dat ze tegen vaccinatie zijn en verkondigen dat ivermectine en HCQ zouden werken tegen corona, door deze referenties als ‘bewijs’ op te voeren in manuscript 2, gekoppeld aan een stelling in de inleiding die luidt: ‘Moreover, the more reliable a detection test is, the better the development of treatment options can be validated to tackle later stages of the pandemic.’ Klager geeft daarnaast aan dat manuscript 1 ondertussen is gepubliceerd in een tijdschrift met een discutabele reputatie. Beklaagde 1 wil hier geen inhoudelijke reactie op geven. (….) Daarnaast is manuscript 1 gepubliceerd in een tijdschrift dat naar mening van de CWI zou kunnen vallen onder de definitie ‘predatory journal’, een tijdschrift dat zich voordoet als een legitiem Open Access tijdschrift, wel verwerkingskosten vraagt voor publicatie maar zonder hiervoor fatsoenlijke redactionele diensten en peer review te organiseren. Publiceren in dit soort tijdschriften kan reputatieschade tot gevolg hebben. Op de website van het tijdschrift staat een declaration of purpose (….). Daarmee lijkt het tijdschrift ruimte te bieden aan mensen die zich niet kunnen vinden in c.q. wantrouwend staan tegen het beleid van de gebruikelijke wetenschappelijke fora en tijdschriften en zich laten leiden door buiten-wetenschappelijke belangen, argumenten of voorkeuren. Peer review voor dit tijdschrift lijkt niet te worden gedaan door onafhankelijke onderzoekers, maar door twee mensen uit de editorial board, die daarbij de hierboven geciteerde uitgangspunten van het tijdschrift onderschrijven en zich kennelijk niet laten leiden door de Gedragscode. De CWI is daarom van mening dat sprake is van schending van norm 18 en 52 en acht daarom dit klachtonderdeel gegrond.”
Opnieuw zeer slecht nieuws voor Pieter Borger.
“3.3.5 Het niet transparant zijn over de manier waarop de data voor het onderzoek is verkregen.Klager stelt dat de data voor het onderzoek niet rechtmatig is verkregen, en dat over de wijze van verkrijgen niet transparant is gecommuniceerd in de manuscripten. Hierbij draagt Klager documenten aan die volgens Klager aantonen dat er geen toestemming is gegeven voor het gebruik van de data/samples voor het onderzoek zoals beschreven in de manuscripten. (….) Aanvullend daarop is het voor de CWI echter wel duidelijk dat de beheerder van de samples zoals deze gebruikt zijn, Star-shl, niet op de hoogte was van het feit dat deze samples niet (alleen) voor het STAMINA project gebruikt werden, maar voor de twee hier bedoelde manuscripten. Daarmee heeft Star-shl niet de gelegenheid gehad om te controleren of de samples voor dit doel gebruikt mochten worden, waardoor er geen juridische c.q. ethische toets heeft plaatsgevonden. Dit heeft het vertrouwen tussen wetenschappers onderling geschaad.De CWI is om die reden van mening dat de samples inderdaad zijn gebruikt zonder de juiste toestemming (namelijk in ieder geval zonder toestemming van STAR–shl), wat een niet-naleven van norm 13 is, en acht dit klachtonderdeel daarom gegrond.”
Dit is dus de werkwijze van Pieter Borger. M.i. weinig christelijk om op deze manier te werken. De christenen van de VU vonden het overigens ook geen enkel probleem dat er geen duidelijkheid was over het al dan niet naleven van norm 13 voor wat betreft gegevens in een preprint van Ronald Meester.
Hans1263 says
@Klaas van Dijk
Geloof is een schone zaak en schenkt het mensdom veel vermaak.
En, zoals ik al vaker heb geschreven: ik zie weinig tot geen verschil tussen geloof, complotdenken en kwakzalverij. Dat blijkt in deze kwestie ook weer. Gesjoemel, per definitie.
Klaas van Dijk says
Beste Hans1263, het geloof is inderdaad een schone zaak. Ronald Meester is helaas dusdanig verstrikt geraakt in zijn geloof dat hij en zijn vrouw op een gegeven moment niet langer welkom waren bij bijeenkomsten van hun kerk. Wat achtergronden staan in een bizarre uitzending op https://dwarsnieuws.nl/professor-ronald-meester-omtzigt-moet-paar-miljoen-vrijmaken-voor-autopsie-onderzoek-naar-oversterfte-video/ Ronald Meester is al zover weggezakt, dat hij in deze uitzending fabrikant Pfizer in ronde bewoordingen beschuldigt van fraude.
Verder schrijf je: “ik zie weinig tot geen verschil tussen geloof, complotdenken en kwakzalverij. Dat blijkt in deze kwestie ook weer. Gesjoemel, per definitie.” Een recent voorbeeld staat op https://virusvaria.nl/een-analyse-van-de-oversterfte-op-basis-van-leeftijd-en-geslacht-de-mogelijke-rol-van-covid-19-uitgestelde-zorg-en-vaccins/ (een Engelstalige versie staat op https://www.researchgate.net/publication/375774174 ). Niemand wil nog langer samenwerken met Ronald Meester. Daarom schrijft hij zulke stukken nu met andere hardcore antivaxxers. In dit geval zijn de data wel beschikbaar. Pepijn van Erp had daardoor meteen in de gaten wat Ronald Meester hier had gedaan (“(…) … volgens Meester cs zijn er van 2020-2022 ruim 22.500 coronadoden te betreuren, terwijl het in werkelijkheid om ruim 48.000 gaat.(…)”). Dat is dus de werkwijze van antivaxxers en van Ronald Meester. Het wordt steeds duidelijker waarom Ronald Meester maar geen inzage in data in andere publicaties wil geven. Het wordt ook duidelijk waarom niemand nog langer wil samenwerken met Ronald Meester. Helaas vindt het College van Bestuur van de VU dit tot op de dag van vandaag geen enkel probleem. Het gevolg is uiteraard dat hun hoogleraar Ronald Meester op volle kracht doorgaat met het verkondigen van levensgevaarlijke onzin over de coronavaccins. Ik kan niet voorspellen of en wanneer het College van Bestuur van de VU zal ingrijpen. Ronald Meester is per slot van rekening een zwaar christelijke christen en de VU heeft per slot van rekening zwaar christelijke wortels.
Hans1263 says
@Klaas van Dijk
Ik moest bij het lezen van uw reactie denken aan kardinaal Becciu die werd veroordeeld tot ruim vijf jaar gevangenis, niet zomaar een van de vele kardinaals, maar eentje uit de directe nabijheid van de paus. Waarom moet ik nu ik dit opschrijf, plotseling denken aan het toneelstuk Der Stellvertreter? Zwaar christelijke wortels inderdaad, evenals bij de VU, per definitie verrotting alom. Gesjoemel per definitie. Het gaat altijd ordinair om geld.
Klaas van Dijk says
Beste Hans1263, het gaat inderdaad altijd om geld. Zo is Ronald Meester momenteel bezig om via https://stichtingdemenselijkemaat.nl/academisch-onderzoek-naar-een-mogelijke-relatie-tussen-vaccinatie-en-oversterfte/ geld in te zamelen voor een onzinnig ‘onderzoek’ naar negatieve effecten van de coronavaccins. Nogal wat mensen kregen BPOC2020 visioenen toen ze dit hoorden. Met de Kuitjes en met BPOC2020 is het slecht afgelopen https://www.sikkom.nl/actueel/Pieter-Kuit-van-BPOC-heeft-bijna-400.000-euro-van-andersdenkenden-afgepakt-28595641.html
De website van deze Stichting is vaag en onduidelijk. Gelukkig vond ik https://www.cbg-meb.nl/documenten/publicaties/2023/04/12/beslissing-op-bezwaar-stichting-de-menselijke-maat Het gaat dus om een clubje antivaxxers. Dat is geen wonder, want Ronald Meester himself is ook een antivaxxer en Ronald Meester werkt tegenwoordig uitsluitend samen met andere antivaxxers.
Hans1263 says
@Klaas van Dijk
Wat mij bij die kwestie rondom die zogenaamd christelijke sjoemelKuitjes verbaast, is dat er geruime tijd flinke bedragen omgaan met bestemmingen die al op het eerste gezicht dubieus overkomen.
De banken hebben toch verplicht toezicht op “ongebruikelijke transacties”? Maar deze overboekingen voerden ze gewoon uit?
Over het onderzoek naar vaccins: Meneer Meester heeft geen vertrouwen in het College ter Beoordeling van Geneesmiddelen? Zo gemakkelijk is het nu ook weer niet een geneesmiddel geregistreerd te krijgen. Dan moet je als producent echt van goeden huize komen en helpt geloof bitter weinig om de eindstreep te halen.
Klaas van Dijk says
Beste Hans1263, het is mij op dit moment niet duidelijk op wat voor manier de zaak tegen de inderdaad zwaar christelijke Kuitjes en BPOC2020 is gaan rollen. Het is daardoor volgens mij (lang) niet uitgesloten dat de ING bank ongebruikelijke transacties zag en dat de zaak op die manier in gang in gezet. Ik denk dat dit op de openbare rechtzaak wel duidelijk wordt. Een ander alternatief kan zijn dat donateurs argwaan kregen en dat dit geleid heeft tot een aangifte. Ik heb daar wel eens iets over gelezen, maar ik kan de betrouwbaarheid van die informatie niet goed inschatten. Ook hiervoor geldt dat er tijdens de rechtzaak meer duidelijkheid over zal komen.
Verder was, voor zover mij bekend, Ronald Meester niet (direct) betrokken bij de klacht van de Stichting De Menselijke Maat tegen het CBG. Op https://stichtingdemenselijkemaat.nl/organisatie/ staat te lezen dat er 3 mensen in het bestuur van deze Stichting zitten: Sebastiaan Willemsen, Bernd van der Meulen en Roland van der Meijden. Op https://www.berndvandermeulen.eu/ staan achtergronden over Bernd van der Meulen.
Klaas van Dijk says
Opnieuw zeer slecht nieuws voor Pieter Borger en zijn clubje, want hun Heliyon preprint uit oktober 2022 (“Major shortcomings of the first WHO-recommended RT-qPCR to “detect” SARS-CoV-2 and to “diagnose” Covid-19. NGS provides evidence that successive waves of SARS-CoV-2 variants lack genomic relationship”) is vandaag teruggetrokken. Op http://dx.doi.org/10.2139/ssrn.4248632 staat nu te lezen: “This paper has been removed from SSRN at the request of the author, SSRN, or the rights holder.” Zie ook https://pubpeer.com/publications/5C95C893A9DE5C731E03C293D9786B
Klaas van Dijk says
Ondertussen is de teruggetrokken preprint ook verwijderd uit de “EUR & Erasmus MC Research Portal” https://pure.eur.nl/en/ (zie mijn bericht van 8 juli 2023). Op https://pure.eur.nl/en/publications/major-shortcomings-of-the-first-who-recommended-rt-qpcr-to-detect staat nu te lezen: “Page not found. Sorry, we can’t find the page you requested. It may have been moved or no longer exists, or the link used is incorrect.” Een gearchiveerde versie van deze url staat op https://web.archive.org/web/20230708080442/https://pure.eur.nl/en/publications/major-shortcomings-of-the-first-who-recommended-rt-qpcr-to-detect
Klaas van Dijk says
Er is opnieuw zeer slecht nieuws voor Pieter Borger. Zenodo heeft vandaag een antivax preprint (‘working paper’) van Pieter Borger c.s. teruggetrokken (‘retracted’). Het gaat om “Reliable detection of SARS-CoV-2 RNA using RT-(q)PCR critically depends on primer design and PCR test parameters: an evaluation study of novel primers”, zie https://pubpeer.com/publications/40CDD949CAC2DD7A5E2016383BC9C8 voor wat achtergronden.
Op https://zenodo.org/records/7492630 staat nu te lezen: “Gone. The record you are trying to access was removed from Zenodo. The metadata of the record is kept for archival purposes. Reason for removal: Misconduct. Removed by: Admin. Removal note: Retracted due to misconduct (in particular personal data issues and disputed authorship) based on conclusion in the report “Rapportage CWI 23_0122 preprint” by the Scientific Integrity Committee of Erasmus MC (#33666). Date of removal: April 23, 2024. Citation: Voogd, Liampa, Borger, Dourou, Arhondakis, & Louwen. (2022). Reliable detection of SARS-CoV-2 RNA using RT-(q)PCR critically depends on primer design and PCR test parameters: an evaluation study of novel primers (First version). Zenodo. Identifier:10.5281/zenodo.7492630″.
Op https://www.rtl.nl/economie/life/artikel/5358639/ontslag-docent-erasmus-kritiek-testen-vaccinatie-corona staan wat achtergronden over auteur Rogier Louwen. Het ontslag op staande voet had mede te maken met de monsters die voor deze publicatie zijn gebruikt.
Klaas van Dijk says
Ondertussen is ook dit broddelwerk van Pieter Borger c.s. verwijderd uit de database van PURE https://pure.eur.nl/en/
Op https://pure.eur.nl/en/publications/major-shortcomings-of-the-first-who-recommended-rt-qpcr-to-detect staat nu te lezen: “Page not found. Sorry, we can’t find the page you requested. It may have been moved or no longer exists, or the link used is incorrect.”.